|
|
Regulace funkce proteinu STING během infekce myším polyomavirem
Šnejdarová, Aneta ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Pimková Polidarová, Markéta (oponent)
Stimulator of interferon genes (STING) je adaptorovým proteinem signalisační dráhy vrozené imunity, účastnící se detekce dvouvláknové DNA (dsDNA) v cytoplasmě buňky, která ústí v expresi prozánětlivých genů včetně produkce interferonu I. typu. Během infekce dsDNA virem, myším polyomavirem (MPyV), sice dochází k aktivaci proteinu STING, ale výsledná produkce interferonu je pouze mírná. Lze tedy předpokládat, že v buňkách infikovaných MPyV je funkce proteinu STING regulována. Cílem této diplomové práce bylo prozkoumat tři mechanismy, kterými může k regulaci docházet, a to prostřednictvím proteinových interakčních partnerů, posttranslačních modifikací, nebo změny vnitrobuněčné lokalisace proteinu STING. Pro usnadnění výzkumu byla ustanovena linie myších fibroblastů stabilně exprimující proteinu STING fúzovanou s HA-kotvou. Dále byly připraveny dva plasmidy kódující protein STING fúzovaný se zeleným fluorescenčním proteinem, usnadňující sledování lokalisace proteinu v buňce, či s kompositní kotvou obsahující in vivo biotinylovanou značku BioEaseTM tag umožňující efektivní isolaci proteinu STING. Výsledky pozorování kolokalisace v buňce a koimunoprecipitace naznačují, že by protein STING mohl interagovat s virovým středním T antigenem. Byla nalezena i neočekávaná interakce s virovým velkým T antigenem....
|
|
|
Study of exosomes in polyomavirus infection
Hyka, Lukáš ; Šroller, Vojtěch (vedoucí práce) ; Saláková, Martina (oponent)
Exosomy jsou extracelulární váčky endosomálního původu. Původně se myslelo, že exosomy slouží pouze k vylučování buněčného odpadu, avšak se ukázalo, že slouží i ke komunikaci mezi buňkami a hrají roli i ve virových infekcích. Exosomy jsou využívány viry např. k přenosu virového proteinu či jejich RNA/DNA. Jedním z virů, u kterého není role exosomů při infekci objasněna je myší polyomavirus. Myší polyomavirus patří do čeledi Polyomaviridae, do které spadá i řada lidských virů, jako je např. JC virus či virus Merkelova karcinomu. Myší polyomavirus kóduje malý, velký a střední T antigen a tři kapsidové proteiny. O středním T antigenu je známo, že se váže na buněčné membrány. Vzhledem k tomu, že exosomy jsou membránově odvozené struktury, zaměřili jsme se možný přenos středního T antigenu. K tomuto cíli bylo potřeba nejdříve zvládnout metody izolace exosomů a jejich charakterizace. Exosomy byly izolovány pomocí ultracentrifugace a dále purifikovány na hustotním gradientu OptiPrep. Charakterizovány byly pomocí elektronové mikroskopie, přístroje NanoSight a proteinových exosomových markerů. Mezi tyto markery patří například Alix, či flotillin-1. Dále byly buňky transfekovány, aby exprimovali střední T antigen. Bylo ukázáno, že exosomy izolované z těchto buněk skutečně obsahovali střední T antigen....
|
|
|
Chemically modified Murine Polyomavirus-like particles and their interaction with Prostate-Specific Membrane Antigen (PSMA)
Blažková, Kristýna ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Rakovina prostaty patří mezi nejčastější nádorová onemocnění u mužů a je tedy velká poptávka po cílené léčbě. V této diplomové práci popisuji využití Glutamát karboxypeptidázy II (GCPII) jako vhodného cíle pro možné cílení. GCPII je transmembránový protein, který internalizuje po navázání ligandu, a jeho exprese v nádorech prostaty je významně zvýšená. Virům-podobné částice z myšího polyomaviru (VLPs) jsou vhodným nosičem pro vizual- izaci a léčbu. Zde popisuji modifikace VLPs inhibitory GCPII a charakterizaci jejich vazby na GCPII pomocí povrchové plasmonové rezonance a vazby na buňky exprimující GCPII pomocí konfokální mikroskopie. VLPs s inhibitory GCPII vykazují specifickou vazbu GCPII na povrchové plasmonové re- zonanci, bohužel se tato specificita ztrácí při vazbě na buňky. Jedním přístupem, jak tuto ne- specifitu odstranit, byla substituce v BC smyčce kapsidového proteinu VP1 na vnějším povrchu VLPs, která by měla být spoluodpovědná za vazbu kyseliny sialové. Tato substituce však neomezila nespecifitu částic. Dalším testovaným přístupem bylo obalení VLPs velkými poly- mery nesoucími fluorescenční značku i inhibitor GCPII. Po obalení VLPs vykazovaly tyto čás- tice v předběžných experimentech specifickou vazbu a internalizaci v buňkách exprimujících GCPII. Tyto výsledky...
|
|
|
Studium vlastností minoritních strukturních proteinů myšího polyomaviru
Bílková, Eva ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Němečková, Šárka (oponent)
Myší polyomavirus (MPyV) je jedním z modelových zástupců čeledi Polyomaviridae. Kapsida MPyV se skládá z hlavního kapsidového proteinu VP1 a minoritních proteinů VP2 a VP3. Minoritní kapsidové proteiny pravděpodobně napomáhají přesunu virového genomu přes membránu endoplasmatického retikula na cestě do jádra v časné fázi infekce. Přesný mechanismus však není znám. Pro studium interakce proteinů VP2 a VP3 MPyV s membránou byly v minulosti vytvořeny expresní plasmidy, kódující mutované VP2 nebo VP3 fúzované s EGFP. Tyto proteiny mají delece v předpokládaných hydrofobních doménách. V této práci byla sledována lokalizace mutovaných proteinů v buňkách. Ukázalo se, že pro asociaci VP2 a VP3 s membránou je nejdůležitější hydrofobní doména 2, zatímco domény 1 a 3 jsou spíše postradatelné. Studium VP2 a VP3 pokračovalo dále analýzou charakteru jejich isoforem. Byly separovány isoformy obou proteinů o různé elektroforetické mobilitě pomocí SDS-PAGE. Následná analýza hmotnostní spektrometrií ukázala, že tyto isoformy se liší v důsledku deamidace na asparaginu společném oběma proteinům (pozice 253 pro VP2 a 137 pro VP3). V minulosti byla také identifikována acetylace N-koncového alaninu VP3. Pro studium funkce nalezených modifikací byly vytvořeny mutované viry se substitucemi těchto aminokyselin. Pilotní...
|
|
|
Vývoj experimentálního systému založeného na Cre/LoxP rekombinaci pro produkci polyomavirových mutant.
Hron, Tomáš ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Šroller, Vojtěch (oponent)
Myší polyomavirus je významným zástupcem čeledi Polyomaviridae s potenciálním využitím v genové terapii a imunoterapii. Práce s virovými mutantami je důležitou součástí jeho studia, ale současné metody jejich produkce jsou pracné a poskytují nízký výtěžek. Tato práce se zabývá vývojem nového experimentálního sytému, který umožňuje pomocí Cre/loxP rekombinace generovat intaktní polyomavirový genom z rekombinantního plazmidu in vivo. Během rekombinace dochází k nevyhnutelnému vložení jednoho loxP místa do vzniknuvšího virového genomu. Byly připraveny dvě varianty produkčních plazmidů, které vytvářejí virový genom divokého typu s loxP místem vloženým mezi poly(A) signální sekvence časných a pozdních genů, nebo v intronové oblasti časných genů. Inzerce loxP místa mezi poly(A) signální sekvence měla dramatický dopad na expresi virových genů a vedla k úplné ztrátě infektivity viru. Naopak, substituce loxP místa v intronové oblasti časných genů produkci infekčního viru umožnila. Pro zajištění exprese Cre rekombinázy jsem také vytvořil stabilně transfekované buněčné linie, které mohou přípravu viru zjednodušit. Tato práce ukazuje, že nově navržený systém poskytuje uspokojivý výtěžek viru, řeší omezení vyskytující se u běžně používaných metod a může být využit pro produkci málo infekčních virových mutant. Powered by...
|
host ::
RSS.