|
|
Interakce plasmidových DNA se sloučeninami lanthanoidů
Budko, Kateryna ; Horák, Daniel (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
V poslední době je věnována značná pozornost lanthanoidům a jejich komlexům jako vynikajícím katalyzátorům štěpení nukleových kyselin. Diplomová práce byla zaměřena na štěpení plasmidové a bakteriální DNA ionty Nd3+ a Y3+ a různými nosiči obsahujícími sloučeniny lanthanoidů. Vznik jednořetězcových a dvouřetězcových zlomů v molekule plasmidové DNA byl sledován pomocí agarózové gelové elektroforézy. Ověření štěpení bakteriální DNA bylo provedeno pomocí polymerázové řetězové reakce s použitím primerů specifických pro doménu Bacteria a rodově a druhově specifických primerů. Výsledky budou použity při vývoji metody, která umožní ověření dokonalosti pokrytí nosičů s magnetickým perovskitovým jádrem, a dalších nosičů obsahujících sloučeniny lanthanoidů.
|
|
|
Předzpracování obrazu 1D gelové elektroforézy
Hlavatý, Matej ; Harabiš, Vratislav (oponent) ; Vítek, Martin (vedoucí práce)
Projekt sa zaoberá automatickým spracovaním výsledkov 1D gélovej elektroforézy. Študuje základné princípy elektroforézy a druhy šumu a chýb ovplyvňujúcich výsledok. Navrhovaný program slúži na automatickú detekciu stĺpcov v obraze. Z čiernobielych digitálnych snímkov elektroforézy vytvára sumačnú projekciu na vodorovnú os. Po vyhladení profilu hľadá lokálne minimá pomocou derivácie projekcie. V týchto miestach určuje hranice medzi stĺpcami dát.
|
|
|
Effect of crowding agents on DNA-surfactant interaction
Sovová, Šárka ; Hurčíková, Andrea (oponent) ; Pekař, Miloslav (vedoucí práce)
The diploma thesis focuses on DNA-surfactant interaction in crowding environment. DNA of 4017 base pair size was prepared using polymerase chain reaction and template plasmid pSB-E1g. The crowding environment was mimicked by polyethylene glycol and its effect on the interactions of DNA-surfactant system was investigated by dye exclusion study, electrophoretic mobility shift assay and DNase protection assay. Also the effect of ionic strength on DNA-surfactant interaction in crowding environment, using NaBr, was investigated. Data were evaluated and discussed in this work. The effect of crowding agent on surfactant CMC was studied using high resolution ultrasonic velocity. It was found that there is no significant effect of PEG on surfactant CMC. This work is going to be part of the scientific publication with title Combined role of macromolecular crowding and cationic surfactant in efficient DNA condensation.
|
|
|
Klasifikace vzorků 1D gelové elektroforézy
Krupka, Ondřej ; Škutková, Helena (oponent) ; Vítek, Martin (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá klasifikací vzorků 1D gelové elektroforézy. Popisuje teoretické informace týkající se gelové elektroforézy, různým druhům rušení, zpracování obrazu a jeho klasifikace pomocí shlukové analýzy. Jeden z hlavních úkolů je vytvoření databáze obrazů s ohledem na jejich co nejvyšší obrazovou kvalitu. Je realizována metoda předzpracování a detekce hranic jednotlivých vzorků v prostředí MATLAB. A konečně, je realizována klasifikace na základě shlukové analýzy vzorků, které je posléze statisticky ohodnocena.
|
|
|
Interakce hyaluronanu s DNA
Sklenářová, Renáta ; Krouská, Jitka (oponent) ; Hurčíková, Andrea (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá studiem možných interakcí mezi hyaluronanem (HA) a plasmidovou DNA (pDNA). Plasmidová DNA byla izolována z E. coli JM 109 (pUC19) a resuspendována v TE pufru stejně jako vysokomolekulární hyaluronan. Jednotlivé vzorky pDNA, HA a pDNA-HA byly charakterizovány pomocí gelové elektroforézy, CD spektroskopie a ultrazvukové spektroskopie s vysokým rozlišením. Elektroforézou na agarózovém gelu byl zkoumán vliv přídavku hyaluronanu k plasmidové DNA na migraci vzorků ke kladné elektrodě. Pomocí CD spektroskopie byly zkoumány strukturní změny u vzorků pDNA-HA. Jednotlivá CD spektra popisují závislost rozdílu absorpčních koeficientů pro levotočivé a pravotočivé elipticky polarizované světlo na vlnové délce. Ultrazvuková spektroskopie s vysokým rozlišením byla využívána pro studium interakcí. Je to analytická metoda, která je založena na měření ultrazvukové rychlosti a zeslabení. Tuto techniku řadíme mezi nedestruktivní metody, neboť procházející vlny neovlivňují strukturu analyzovaného vzorku.
|
|
|
Účinky vybraných peptidů na jednobuněčnou řasu Chlamydomonas reinhardtii
Avdeeva, Olga
V předložené práci byla prováděna aplikace modifikovaných novicidinových peptidů NVCAA a NVCHH na jednobuněčnou řasu Chlamydomonas reinhardtii. Cílem studie bylo zjistit minimální inhibiční koncentrace testovaných peptidů na bakterie Escherichia coli s následnou aplikací na jednobuněčnou řasu Chlamydomonas reinhardtii. Posouzení vlivu testovaných peptidu na řasu bylo prováděno pomocí spektrofotometrických analýz: obsahu chlorofylu A a chlorofylu B, celkového obsahu flavonoidů, celkové antioxidační kapacity a pomocí metody DPPH ASSAY. Molekulární změny Chlamydomonas reinhardtii byly stanoveny sledováním množství izolované RNA a exprese genů APX1, APX2, CAT1, CAT2 pomocí metody Real-time PCR. Statisticky zpracovaná data ukázala, že aplikace peptidů NVCAA a NVCHH vyvolaly značný stres řasy a tím zvýšila exprese genů zodpovědných za snížení oxidačního stresu.
|
|
|
Vliv doby skladování potravin rostlinného původu na stanovení jejich autenticity
Trödlerová, Martina ; Šislerová, Lucie (oponent) ; Fialová, Lenka (vedoucí práce)
Dětské příkrmy a pyré patří mezi falšované potraviny, kvůli cenám složek pro výrobu. Dražší složky se nahrazují těmi levnějšími, často málo kvalitními. Tato bakalářská práce se zabývá vlivem doby skladování na stanovení autenticity vzorků. Teoretická část se zabývá chemickým složením ovoce (obzvlášť jablek a broskví), technologii výroby a metodami stanovení autenticity. V experimentální části byly připravené modelové vzorky a z nich izolovaná DNA. Ta byla pomocí dvou různých primerů amplifikována v real-time PCR. Specifické produkty byly detekovány pomocí analýzy křivek tání. Pomocí gelové elektroforézy bylo možné potvrdit přítomnost specifických produktů. Poslední metodou byla HPLC, díky které byly analyzovány fenolické látky.
|
|
|
Detekce alely HLA-B27 pomocí komerční soupravy
VOLKOVÁ, Simona
Hlavním tématem předkládané práce je detekce alely HLA-B27 pomocí komerčně dodávaného kitu od firmy BAG HEALTH CARE. Molekula HLA-B27 bývá spojována s některými onemocněními. Nejznámější je asociace s ankylozující spondylitidou neboli Bechtěrevovou chorobou. Ankylozující spondylitida je celoživotní onemocnění, projevující se zánětlivou reakcí hlavně v místě obratlů páteře a velkých kloubů jako kyčle, ramena a kolena. Díky asociaci je možné detekci alely HLA-B27 využít jako molekulární marker pro včasnou diagnózu, zmírnění následků a zlepšení průběhu léčby ankylozující spondylitidy. V teoretické části práce je specifikována ankylozující spondylitida a hlavní histokompatibilní komplex s důrazem na klíčovou molekulu HLA-B27. Praktická část bakalářské práce je zaměřena na sběr vzorků, izolaci DNA a amplifikaci DNA. Následovanou částí samotné laboratorní detekce alely HLA-B27 pomocí komerčního kitu s využitím gelové elektroforézy pro vizualizaci DNA fragmentů. Takto bylo vyšetřeno 20 anonymizovaných vzorků DNA od dobrovolníků. Z 20 vyšetřovaných vzorků, se pozitivita na alelu HLA-B27 prokázala u 6 vzorků dobrovolníků, kteří měli různé klinické projevy Bechtěrevovy choroby.
|
|
|
Porovnání gelové a kapilární elektroforézy bílkovin
Krbec, Michal ; Franěk, Tomáš (vedoucí práce) ; Kotaška, Karel (oponent)
Elektroforéza sérových proteinu je jednou z metod užívaných v laboratorní diagnostice patologických stavu, ale i k výzkumným úcelum. Jde o jednostupnovou metodu, pri níž dochází k izolaci jednotlivých proteinu ze smesi (nejcasteji krevních bílkovin) v elektrickém poli v prítomnosti vhodného pufru a na vhodném nosici na základe jejich ruzné pohyblivosti, závislé na jejich povrchovém náboji a molekulové hmotnosti. Puvodne býval nosicem papír, pozdeji acetátcelulózová membrána a nyní již témer výhradne agaróza (cištený agar s nízkou endoosmózou), prípadne polyakrylamid (PAA). Mým úkolem v této práci bylo analyzovat sérii vzorku metodou gelové elektroforézy a následne analyzovat stejnou sérii i metodou kapilární elektroforézy. Výsledky získané obema metodami jsem zpracoval numericky, vzájemne porovnal a statisticky zhodnotil. Výstupem mojí práce je porovnání gelové a kapilární elektroforézy, zhodnocení výhod, nevýhod a zejména rozdílu mezi obema metodami.
|
|
|
Effect of crowding agents on DNA-surfactant interaction
Sovová, Šárka ; Hurčíková, Andrea (oponent) ; Pekař, Miloslav (vedoucí práce)
The diploma thesis focuses on DNA-surfactant interaction in crowding environment. DNA of 4017 base pair size was prepared using polymerase chain reaction and template plasmid pSB-E1g. The crowding environment was mimicked by polyethylene glycol and its effect on the interactions of DNA-surfactant system was investigated by dye exclusion study, electrophoretic mobility shift assay and DNase protection assay. Also the effect of ionic strength on DNA-surfactant interaction in crowding environment, using NaBr, was investigated. Data were evaluated and discussed in this work. The effect of crowding agent on surfactant CMC was studied using high resolution ultrasonic velocity. It was found that there is no significant effect of PEG on surfactant CMC. This work is going to be part of the scientific publication with title Combined role of macromolecular crowding and cationic surfactant in efficient DNA condensation.
|
host ::
RSS.