|
|
Předzpracování obrazu 1D gelové elektroforézy
Svozilová, Veronika ; Škutková, Helena (oponent) ; Vítek, Martin (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je navržení algoritmu v prostředí MATLAB, který by umožňoval zpracování a vyhodnocení obrazu z 1D gelové elektroforézy. Jako první je popsána detekce vzorků vycházející z horizontální segmentace obrazu gelové elektroforézy, následuje detekce minimálních hodnot intenzity obrazu, dále vertikální segmentace a stanovení hranic vzorku v obraze. Závěrečná fáze zahrnuje testování metody na veřejně dostupných obrazech a zhodnocení výsledků.
|
|
|
Aplikace pro zpracování dat z oblasti genového inženýrství
Brychta, Jan ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Očenášek, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce má několik cílů. Jedním z nich je seznámit s problematikou genového inženýrství, zejména pak s fragmentací DNA, makromolekulou DNA, metodami pro purifikaci a separaci nukleových kyselin, enzymy používanými k úpravám těchto kyselin, amplifikací a také seznámit se shlukovou a gradientovou analýzou. Dalším cílem je pak prostudovat existující nástroj a srovnat ho s návrhem vlastní aplikace, což si klade jako cíl třetí. S návrhem úzce souvisí poslední z cílů. Je jím samotná implementace a zápis, jak byla aplikace otestována s reálnými daty. Získané výsledky budou diskutovány, stejně jako možnosti dalšího rozšíření.
|
|
|
Kompenzace geometrického zkreslení obrazu gelové elektroforézy
Dvořáček, Tomáš ; Vítek, Martin (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá problematikou vzniku a kompenzace geometrických zkreslení u 1D elektroforézy na agarózovém gelu. Diplomová práce rozebírá problematiku příčin vzniku těchto deformací a shrnuje teorii, nutnou k jejich kompenzaci. Na základě takto získané teorie a vytvořených elektroforetických fantomů, obsahuje práce několik návrhů algoritmů pro kompenzaci vzniklých deformací. Tyto návrhy jsou dále přetvořeny do funkcí, které jsou spojeny do funkčního uživatelského rozhraní, sloužící k analýze obrazu gelu a pro kompenzaci geometrických deformací.
|
|
|
Nanotransportéry pro teranostické aplikace
Dostálová, Simona ; Adam,, Vojtěch (oponent) ; Kizek, René (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá využitím bakteriofága jako nanotransportéru léčiv v teranostice. Tímto termínem se označují v posledních letech velmi studované systémy, umožňující spojit diagnostiku, cílenou dopravu léčiv a monitorování odezvy pacienta na podanou léčbu. Tyto systémy jsou velmi vhodné zejména pro léčbu heterogenních onemocnění, jako je rakovina. Současné možnosti léčby jsou totiž často zatěžující pro celý organismus pacienta a snižují tak schopnost jeho boje s touto chorobou. Teoretická část práce je zaměřena na popis možností virových kapsid, proteinů a anorganických sloučenin jako nanotransportérů léčiv. V praktické části jsou srovnány různé metody kultivace bakteriofága v tekutém i tuhém médiu a s různými koncentracemi cukru maltózy, na jehož receptory na hostitelské buňce se bakteriofág váže. Jako optimální byla zvolena kultivace v tuhém médiu s 0,2% maltózou. Praktická část je zaměřena zejména na využití bakteriofága jako nanotransporétru cytostatického léčiva doxorubicinu. Byla sledována enkapsulace léčiva po aplikaci 0; 12,5; 25; 50; 100 a 200 g/ml doxorubicinu s použitím fluorescenční detekce. Bakteriofág byl prokazatelně schopen enkapsulovat všechny aplikované koncentrace doxorubicinu. Byly sledovány různé doby enkapsulace léčiva (2; 4; 8 a 12 hodin), přičemž jako optimální byly zvoleny 2 hodiny, jelikož při delší době nebylo enkapsulováno větší množství léčiva. Na závěr byly porovnány schopnosti enkapsulace léčiva bakteriofága a proteinu apoferritinu. Bakteriofág byl schopen enkapsulovat 4× větší koncentrace doxorubicinu a ten z něj byl uvolňován během promývání 10× méně než v případě apoferritinu. V práci tak bylo potvrzeno, že bakteriofág je vhodnou platformou pro cílené dopravování léčiv v teranostice.
|
|
| |
|
|
Hodnocení základních ukazatelů termálních vod pomocí separačních metod
Skálová, Lucie ; Mravcová, Ludmila (oponent) ; Vávrová, Milada (vedoucí práce)
Jedním z kritérií posuzování termálních vod je přítomnost anorganických iontů. K nejdůležitějším aniontům, které mají vliv na kvalitu těchto vod a umožňují jejich využití k terapeutickým účelům, patří např. sírany, chloridy, dusičnany a hydrogenuhličitany. Z významných kationtů jsou to např. ionty sodné, draselné, vápenaté a hořečnaté. K separaci těchto látek je využívána iontová chromatografie a některé metody založené na elektroforetické migraci iontů v elektrickém poli. Pro stanovení vybraných iontů, ve vzorcích vody odebrané z termálních vrtů v Pasohlávkách, byla vybrána elektromigrační metoda - izotachoforéza.
|
|
|
Kvasinky a víno
Palíková, Petra ; Vadkertiová, Renata (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací vinných kvasinek izolovaných z bobulí a moštu vinné révy. K izolaci byla použita bílá odrůda vína Sauvignon, které bylo pěstováno a vyráběno podle požadavků ekologického zemědělství. Odebrané vzorky byly zpracovány v laboratoři a pomocí zřeďovací metody byly získány čisté kultury jednotlivých kvasinek. Z těchto čistých kultur byla pomocí komerčního kitu UltraCleanTM Microbial DNA Isolation Kit vyizolována DNA, která byla použita k další analýze. Izolovaná DNA byla naamplifikována metodou PCR, za použití ITS1 a ITS4 primerů. PCR produkty byly detekovány elektroforeticky v agarozovém gelu. Naamplifikované vzorky, následně přečištěné, byly podrobeny restrikční analýze, ke které bylo použito pět restrikčních endonukleáz: HaeIII, HinfI, TaqaI, AluI a MseI. Vzorky po restrikční analýze byly opět elektroforeticky detekovány, vizualizovány pod UV detektorem a porovnány s obrazem štěpení sbírkově zařazených kvasinek. Dále byla srovnána similarita těchto izolátů a to za použití programu BioNumerics, kde jako kritérium podobnosti byly zvoleny Pearsonovy koeficienty a UPGMA klastrová analýza. Výsledkem je potom dendrogram genetické podobnosti izolovaných kvasinek.
|
|
| |
|
|
Compensation Of Smile Effect Distortion In Electrophoretic Gel Image
Dvořáček, T.
This paper is engaged in the issue of automatic detection and removal of smile effect geometrical distortion in agarose gel electrophoresis images. Based on created databank of electrophoretic phantoms, an algorithm that is able to repair mentioned smile effect distortion was created. In this paper, two gel images with applied removal algorithm are shown with percentage description of reparation level.
|
|
|
Modifikované peptidy ve spojení s kvantovými tečkami
Janů, Libor
V této práci byly připraveny CdTe kvantové tečky (CdTe QDs) s různou vlnovou délkou emisního záření. K jejich přípravě byla použita mikrovlnná syntéza, přičemž povrchová modifikace byla provedena pomocí merkaptopropionové kyseliny (MPA). MPA zajišťuje biokompatibilitu a dobrou rozpustnost kvantových teček ve vodě, což umožňuje jejich přímé použití v bioanalytice. Dále byly připraveny CdTe QDs modifikované biotinylovaným glutathionem (GSH). V tomto případě se jedná využití peptidu, který se pomocí sulfanylové skupiny (--SH) váže na povrch kvantové tečky. Zárověň je peptid modifikován biotinem, což umožňuje vysoce specifickou reakci s analytem, který je optřem streptavidinem, avidinem nebo neutravidinem. Následně byly připraveny QDs, které byly modifikovány peptidem HWRGWVC. Hexamer HWRGWV vykazuje vysokou afinitu k Fc doméně lidského imunoglobulinu. Tímto způsobem byly připraveny protilátkou modifikované kvantové tečky.
|
host ::
RSS.