|
|
Genetické mapování u rodu Xenopus
Seifertová, Eva
Mezi nejvýznamnější modelové organizmy v oblasti vývojové biologie patří bezesporu obojživelník Xenopus tropicalis. Jeho dřívější využití především v embryologickém výzkumu je v současnosti vytlačováno studiemi genetického a genomického charakteru. X. tropicalis má deset párů chromozómů v diploidním genomu a proto je pro tento typ výzkumu velmi vhodný. V posledních deseti letech byl jeho genom osekvenován, několikrát sestaven, vznikla provizorní genetická mapa a byla vytvořena i BAC knihovna mnohonásobně pokrývající genom. Přes veškeré úsilí se u tohoto druhu doposud nepodařilo sestavit kompletní mapu genomu. Ten i nadále zůstává organizován ve formě scaffoldů, které mají často neznámou polohu a i jejich sestavení zůstává i nadále sporné. Náš výzkum byl zaměřen na kompletaci genomu u druhu Xenopus tropicalis a na nové přístupy, které by bylo možné využít i u jiných druhů. Nejprve byla na základě vazebné analýzy a zjištěné fyzické polohy markerů sestavena genetická mapa. Ta nebyla zcela kompletní- nezahrnovala krátké raménko chromozómu 2 a rovněž 15 cM z p raménka chromozómu 7. Protože bylo zaplnění těchto oblastí klasickými metodami velmi obtížné, nebo ještě pravděpodobněji zcela nemožné, byla vynalezena nová metoda pro genetické mapování. Ta zahrnuje mikrodisekci zvolené oblasti, celogenomovou...
|
|
|
Genetické mapování u rodu Xenopus
Seifertová, Eva ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce) ; Ráb, Petr (oponent) ; Marec, František (oponent)
Mezi nejvýznamnější modelové organizmy v oblasti vývojové biologie patří bezesporu obojživelník Xenopus tropicalis. Jeho dřívější využití především v embryologickém výzkumu je v současnosti vytlačováno studiemi genetického a genomického charakteru. X. tropicalis má deset párů chromozómů v diploidním genomu a proto je pro tento typ výzkumu velmi vhodný. V posledních deseti letech byl jeho genom osekvenován, několikrát sestaven, vznikla provizorní genetická mapa a byla vytvořena i BAC knihovna mnohonásobně pokrývající genom. Přes veškeré úsilí se u tohoto druhu doposud nepodařilo sestavit kompletní mapu genomu. Ten i nadále zůstává organizován ve formě scaffoldů, které mají často neznámou polohu a i jejich sestavení zůstává i nadále sporné. Náš výzkum byl zaměřen na kompletaci genomu u druhu Xenopus tropicalis a na nové přístupy, které by bylo možné využít i u jiných druhů. Nejprve byla na základě vazebné analýzy a zjištěné fyzické polohy markerů sestavena genetická mapa. Ta nebyla zcela kompletní- nezahrnovala krátké raménko chromozómu 2 a rovněž 15 cM z p raménka chromozómu 7. Protože bylo zaplnění těchto oblastí klasickými metodami velmi obtížné, nebo ještě pravděpodobněji zcela nemožné, byla vynalezena nová metoda pro genetické mapování. Ta zahrnuje mikrodisekci zvolené oblasti, celogenomovou...
|
|
|
Molekulárně-cytogenetická analýza adaptivní radiace gekonů rodu Paroedura (Squamata:Gekkota)
Koubová, Martina ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Šťáhlavský, František (oponent)
Rod Paroedura tvoří 17 dosud popsaných druhů endemických na Madagaskaru a Komorských ostrovech, kde prodělali výraznou adaptivní radiaci. Rod je monofyletický a existuje pro něj dobře podpořená hypotéza o fylogenetických vztazích. Jednotlivé druhy se podstatně liší velikostí i tvarem těla a typem habitatu, některé druhy se vyskytují sympatricky. Rod Paroedura patří do cytogeneticky málo prozkoumané čeledi Gekkonidae, která vykazuje vysokou variabilitu ve způsobech určování pohlaví a na rozdíl od bazálních linií gekonů značnou variabilitu v počtu a morfologii chromozomů. Dosud byly publikovány karyotypy pouze dvou druhů rodu (P. picta, P. sp.). Cílem mé diplomové práce bylo popsat karyotypy obou pohlaví všech dostupných zástupců rodu pomocí klasických i molekulárně cytogenetických metod, provést fylogenetickou analýzu karyotypové evoluce a chromozomálních přestaveb v rámci rodu za účelem posouzení významu těchto přestaveb během adaptivní radiace, a snaha detekovat pohlavní chromozomy. Podařilo se mi získat karyotypy obou pohlaví u devíti druhů, zastupujících většinu hlavních fylogenetických linií rodu. Na základě výsledků můžeme rozdělit druhy do tří skupin podle diploidního počtu chromozomů a vzájemné podobnosti v morfologii makrochromozomů. U šesti druhů (P. masobe, P. karstophila, P. oviceps, P....
|
|
|
Evoluce vybraných karyotypových znaků u tetrapulmonátních pavoukovců
Jílková, Klára ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Marec, František (oponent)
Pavoukovci nejsou z cytogenetického hlediska příliš probádanou skupinou. Dosavadní studie naznačují vysokou diverzitu karyotypů i způsobů určení pohlaví pavoukovců. Předložená práce se zabývá evolucí pohlavních chromozomů, nukleolárních organizátorů (NOR) a telomerických repetic u tetrapulmonátních pavoukovců, a to především u vývojově původnějších skupin. Pohlavní chromozomy se nám podařilo detekovat u dvou řádů. Detekcí NORů u většího souboru druhů byla získána data podporující hypotézu, že ancestrální karyotyp pavoukovců obsahoval NOR na jednom páru autozomů. U některých skupin pedipalpidů docházelo v evoluci ke zvyšování počtu NORů. NORy se nachází u většiny tetrapulmonátních pavoukovců v terminálních nebo subterminálních oblastech. U zástupců všech tetrapulmonátních pavoukovců s výjimkou pavouků jsme potvrdili výskyt "hmyzího" telomerického motivu. S výjimkou jednoho druhu jsme neprokázali přítomnost intersticiálních telomerických repetic. Klíčová slova: pavoukovci, meióza, pohlavní chromozomy, telomery, nukleolární organizátor, heterochromatin
|
|
|
Evoluce pohlavních chromozomů a karyotypů u gekonů (Squamata: Gekkota)
Koubová, Martina ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Gekkota je početná a velmi rozmanitá skupina šupinatých plazů (Reptilia: Squamata) s téměř globálním rozšířením. O fylogenezi skupiny byla stanovena řada hypotéz, tradičně založených na morfologických poznatcích. Klíčový přerod ve fylogenetických vztazích skupiny nastal s příchodem molekulárních analýz, jejichž výsledky se oproti tradičnímu pojetí výrazně liší, a to i postavením základních vnitřních linií. Tento fakt má klíčový význam pro studium karyotypové evoluce skupiny. Za ancestrální karyotyp je považován karyotyp 2n=38 se všemi chromozomy akrocentrickými. U některých druhů zůstal tento karyotyp zachován, u jiných je prokazatelný vliv chromozomových přestaveb, kterým dominují Robertsonovské fúze a pericentrické inverze. Diploidní počet chromozomů v sadě se pohybuje od 16 k 46, ale nejběžnější je karyotyp o 38 chromozomech, převážně akrocentrických, postupně klesajících ve velikosti. Zajímavou charakteristikou skupiny je nebývalá variabilita ve způsobech určování pohlaví. Najdeme zde druhy s teplotně určeným pohlavím i druhy s genotypicky určeným pohlavím, a to obou typů XX/XY a ZZ/ZW. Data o pohlavních chromozomech jsou dosud známá pouze u 17 druhů. Pohlavní chromozomy se velmi liší v morfologii a dosud nebyla prokázána jejich homologie u žádných sesterských druhů. Vše nasvědčuje tomu, že ke vzniku...
|
|
|
Evoluce pohlavních chromozomů a karyotypů u leguánů (Squamata: Iguanidae sensu lato)
Altmanová, Marie ; Kratochvíl, Lukáš (vedoucí práce) ; Symonová, Radka (oponent)
Leguáni jsou značně diverzifikovanou skupinou šupinatých plazů (Reptilia, Squamata). Ačkoliv existuje dostatek fylogenetických studií, vztahy mezi hlavními liniemi jsou stále nejasné. Z cytogenetického hlediska je skupina poměrně konzervativní a vysoká karyotypová diverzita se vyskytuje pouze u tří druhově bohatých rodů: Anolis, Liolaemus a Sceloporus. Diploidní počet se pohybuje mezi 19 a 48 chromozomy. Za ancestrální je považován karyotyp 2n=36, s 12 makrochromozomy a 24 mikrochromozomy. Tvar makrochromozomů je převážně metacentrický, vzácněji se vyskytují akrocentrické či telocentrické chromozomy. Při přestavbách patrně dominují Robertsonovské přestavby, kdy počet ramének zůstává zachován. Byla zaznamenána nejen mezidruhová, ale i mezipopulační variabilita. Určení pohlaví se zdá být pro celou skupinu genotypické (GSD). Napříč skupinou pravděpodobně došlo několikrát nezávisle k diferenciaci pohlavních chromozomů. U 75 druhů z 219 karyotypovaných byly detekovány pohlavní chromozomy typu XX/XY nebo odvozený neopohlavní typ X 1X 1X 2X 2/X 1X 2Y. U jednoho druhu se vyskytl přechod z neopohlavních chromozomů zpět k typu XX/XY. Chromozom Y vykazuje morfologickou variabilitu ve velikosti i tvaru, od mikrochromozomu až po velký metacentrický makrochromozom. Homologii pohlavních chromozomů by bylo potřeba...
|
|
|
Vznik, degenerace a detekce pohlavních chromozomů
Jílková, Klára ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Kratochvíl, Lukáš (oponent)
Pohlavní chromozomy jsou většinou odvozeny z páru autozomů a diferencují v důsledku suprese rekombinace. Tento proces vede k postupné degeneraci nepárového pohlavního chromozomu a tato část genomu se stává geneticky inertní. Mezi nejdůležitější mechanismy degenerace alozomu patří Mullerova rohatka, genetické svezení se a selekce na pozadí. Přímý vliv na degeneraci mají transponovatelné elementy a akumulace konstitutivního heterochromatinu. Tyto procesy se podílejí jak na degeneraci Y chromozomu, tak na degeneraci W chromozomu. Existují ale selekční tlaky, které vedou k tomu, že se rychlost degenerace těchto alozomů liší. Rozdíly v degeneraci se vyskytují i mezi alozomy živočichů a rostlin, a to zejména proto, že některé rostliny jsou ve značné fázi svého životního cyklu v haploidním stavu. Mezi jiné způsoby vzniku pohlavních chromozomů patří přestavby mezi autozomy a gonozomy, nondisjunkce a rozpad původních pohlavních chromozomů, vznik z B chromozomů nebo nenáhodná segregace autozomů s pohlavními chromozomy. Další možností evoluce pohlavních chromozomů je tranzice mezi systémy XY/XX a ZW/ZZ popř. tranzice mezi chromozomovým a epigamním určením pohlaví. Je možné, že se přechod mezi systémy XY/XX a ZW/ZZ odehrál i během vzniku savců z plazího předka. Pohlavní chromozomy jsou tedy evolučně velmi dynamické....
|
|
|
Analýza karyotypu u vybraných bičovců řádů Amblypygi a Uropygi
Sember, Alexandr ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Ráb, Petr (oponent)
Karyotype analysis of selected species from arachnid orders Amblypygi and Uropygi Whip spiders (Amblypygi) and whip scorpions (Uropygi) represent relict arachnid orders which has been found already at Upper Carboniferous strata. Although cytogenetic data from amblypygids and uropygids might be important to reconstruct karyotype evolution of arachnids, cytogenetics of these orders is almost unknown. Presented study is aimed in analysis of karyotype and meiosis in 16 species of Amblypygi and 4 species of Uropygi. Both groups are characterized by considerable range of diploid chromosome numbers (2n = 24 - 86 in Amblypygi and 36 - 66 in Uropygi). Analysed species does not exhibit morfologically differentiated sex chromosomes. Differentiation of sex chromosomes on molecular level was revealed in amblypygid Paraphrynus mexicanus by comparative genome hybridization. Obtained data indicate XY/XX sex chromosome system in this species. Comparison of karyotype data indicates reduction of chromosome numbers during evolution of both orders. In Amblypygi, this reduction was accompanied by increase of number of biarmed chromosomes. This trend is not apparent in Uropygi. Karyotypes of most analysed amblypygids and uropygids are also characterized by low amount of heterochromatin. Most studied species exhibit two pairs...
|
|
|
Určení pohlaví ptáků analýzou DNA
Rádsetoulalová, Iva
Ve své bakalářské práci -- Určení pohlaví ptáků analýzou DNA, jsem se zabývala zpracováním informací o způsobech určování pohlaví u ptáků. Zaměřila jsem se na molekulární metody, zvláště na určování pohlaví analýzou DNA metodou PCR, která je založena na amplifikaci CHD1 genu. CHD1 gen se nachází na obou pohlavních chromozomech téměř u všech ptačích druhů. DNA se získává ze vzorků krve, pírek nebo podskořápečných membrán. Popsala jsem ptačí pohlavní soustavu, pohlavní chromozomy, nejčastější metody určování jejich pohlaví, metodu PCR a geny determinující pohlaví a geny využitelné pro určování pohlaví u ptáků.
|
|
|
Pohlavní chromozomy v hybridní zóně myši domácí
DUFKOVÁ, Petra
Porozumění genetickému základu reprodukčních izolací je klíčem k pochopení speciace. V této práci prezentuji výsledky studia toku genů a jeho bariér u pohlavních chromozomů v Evropské hybridní zóně myši domácí (mezi poddruhy Mus musculus musculus a M. m. domesticus). Identifikovali jsme značnou introgresi chromosomu Y typu musculus do areálu domesticus spojenou s vychýlením rovnovážného poměru pohlaví. Dále jsme ověřili, že charakter hybridní zóny mouhou výrazně ovlivňovat nesystematické procesy, které mohou skutečné výsledky v hybridních zonách zkreslovat. Potvrdili jsme značný podíl pohlavních chromozomů na tvorbě reprodukčních bariér a jejich hlavní roli v procesu speciace.
|
host ::
RSS.