|
|
Analysis of retinal nerve fiber layer in fundus images utilizing local binary patterns
Doležal, Petr ; Harabiš, Vratislav (referee) ; Odstrčilík, Jan (advisor)
This work describes LBP (Local Binary Pattern) method in its various forms as a tool for distinguishing images with and without texture. The first part of the essay looks into the retinal nerve fiber layer, loss of the nerve fiber and especially into possibilities of retinal images with help of the fundus camera and into properties of this way received data. Second part of the essay describes and explains the LBP method which uses local binary operators for description of texture by help of histograms. From this way brought force of histograms is possible to gain a complex of features. Due to different classification approaches can then determine if new samples were selected from an image loss of retinal nerve fiber layer (RNFL). This solves the next part of the essay. And then is evaluated the correlation of features of LBP histograms of these images with the thickness of the RNFL in the same place. The methods described in this essay have been tested on a set of images in Matlab program and received results show, that the method can be useful for the diagnosis of glaucoma diseases.
|
|
|
Extraction of texture features aimed to detect glaucoma defects
Daněk, Daniel ; Kolář, Radim (referee) ; Odstrčilík, Jan (advisor)
The thesis deals with an automatic method of texture analysis using Markov random fields texture modeling. The main aim of this work is to find out relevant textural features, which can be used for appropriate classification of the degree of retinal nerve fiber layer loss. The model of Markovian statistic uses a circular symmetric neighborhood structure and a least square error estimation of the model's parameter. Obtained textural features were quantitatively evaluated using correlation analysis. The results show, that there is a significant correlation between proposed textural features and RNFL thickness measured by OCT. Thus, the features can potentially serve for glaucoma diagnosis.
|
|
|
Intelligent features classification aimed to support diagnosis of glaucoma
Vykoupil, Pavel ; Čmiel, Vratislav (referee) ; Odstrčilík, Jan (advisor)
This bachelor thesis deals with inteligent features classification aimed to support diagnosis of glaucoma. First part focuses on eye anatomy and disease called glaucoma. In next part is briefly described texture analysis and how do we get attributes for classification. In last part it is dealt with attribute classification with the aid of neural networks and algorithm HoKashyap and AdaBoost. This thesis is therefore focused on comparing effectivity of these classifiers on the field of optical diagnostics which was managed successfully.
|
|
|
Creation of Database and Classification of Diatoms
Svoboda, Jan ; Nötzel, Ralf (referee) ; Drahanský, Martin (advisor)
Výsledná aplikace pracuje s vytvořenou databází, obsahující obrázky jednotlivých rozsivek a informace o nich uložené v XML dokumentu. Nad touto databází jsou zajištěny základní operace přidávání, úpravy, mazání a vyhledávání. Vyhledávání může probíhat třemi způsoby, a to pomocí textových vstupů, obrázkových vstupů nebo jejich kombinací. Algoritmus vyhledávání pomocí obrázkových vstupů se snaží najít v databázi co nejpodobnější kandidáty s ohledem na tvar a tloušťku schránky rozsivky a na vnitřní strukturu rozsivky jako takové. Toto vyhledávání je nejčastěji znepřesněno kvalitou pořízených snímků, či obrázků porovnávaných rozsivek. Program obsahuje přehledné a intuitivní grafické rozhraní, jež nám pohodlně umožňuje prohlížet stávající databázi a provádět operace nad ní s možností nastavení filtrovacích hodnot při vyhledávání.
|
|
|
Automatic Segmentation of Documents Stored as Images
Jakub, Dušan ; Španěl, Michal (referee) ; Szőke, Igor (advisor)
This work deals with dividing the documents stored as images into three groups of segments - background, text and graphics. It introduces various solutions and the method using Gabor filters and artficial neural networks is described in detail. The selection of apropriate settings of the filters and training parameters of the network is discussed. Connected components searching is used for improving the results. A classifier writen in C++ and OpenCV library is part of the work. The designed procedure is applied for segmentation of scanned scientific papers, but also the results of segmentation of more complex documents (advertisements, presentation slides) are presented.
|
|
|
Analysis of Ophthalmological Images Aimed to Diagnosis of Glaucoma
Vodáková, Martina ; Kolář, Radim (referee) ; Odstrčilík, Jan (advisor)
Bachelor thesis is focused on fundamental texture analysis of high-resolution fundus images aimed to subjectively and quantitatively describe properties of texture formed by the retinal nerve fiber layer. An area of interest was predefined in the form of ten sectors on each fundus image. The correlation between results of subjective and quantitative evaluation of the texture was monitored in each sector. The results show that proposed fundamental texture features are closely related to the subjective textural properties obtained from visual appearance of the retinal nerve fiber layer. The last step compares results from fundamental texture analysis with quantitative measurement of the retinal nerve fiber layer thickness provided by Optical Coherence Tomography.
|
|
|
Smoke and Fire Detection in Video Sequences
Havelka, Robert ; Juránek, Roman (referee) ; Španěl, Michal (advisor)
This master's thesis deals with fire detection in videosequences. Attention is paid to the known characteristics of fire and basic principles of existing solutions which deal with this issue. The thesis also describes design, implementation and testing of a fire detector that is based on the recognition of suspicious areas by fire color modeling, combined with detection of motion and light intensity variations.
|
|
|
Analysis of Retinal Image Data to Support Glaucoma Diagnosis
Odstrčilík, Jan ; Kybic, Jan (referee) ; Matula,, Petr (referee) ; Kolář, Radim (advisor)
Fundus kamera je široce dostupné zobrazovací zařízení, které umožňuje relativně rychlé a nenákladné vyšetření zadního segmentu oka – sítnice. Z těchto důvodů se mnoho výzkumných pracovišť zaměřuje právě na vývoj automatických metod diagnostiky nemocí sítnice s využitím fundus fotografií. Tato dizertační práce analyzuje současný stav vědeckého poznání v oblasti diagnostiky glaukomu s využitím fundus kamery a navrhuje novou metodiku hodnocení vrstvy nervových vláken (VNV) na sítnici pomocí texturní analýzy. Spolu s touto metodikou je navržena metoda segmentace cévního řečiště sítnice, jakožto další hodnotný příspěvek k současnému stavu řešené problematiky. Segmentace cévního řečiště rovněž slouží jako nezbytný krok předcházející analýzu VNV. Vedle toho práce publikuje novou volně dostupnou databázi snímků sítnice se zlatými standardy pro účely hodnocení automatických metod segmentace cévního řečiště.
|
|
|
Advanced Algorithms for 3D Medical Image Data Fusion in Specific Medical Problems
Malínský, Miloš ; Flusser,, Jan (referee) ; Kozubek,, Michal (referee) ; Jan, Jiří (advisor)
Fúze obrazu je dnes jednou z nejběžnějších avšak stále velmi diskutovanou oblastí v lékařském zobrazování a hraje důležitou roli ve všech oblastech lékařské péče jako je diagnóza, léčba a chirurgie. V této dizertační práci jsou představeny tři projekty, které jsou velmi úzce spojeny s oblastí fúze medicínských dat. První projekt pojednává o 3D CT subtrakční angiografii dolních končetin. V práci je využito kombinace kontrastních a nekontrastních dat pro získání kompletního cévního stromu. Druhý projekt se zabývá fúzí DTI a T1 váhovaných MRI dat mozku. Cílem tohoto projektu je zkombinovat stukturální a funkční informace, které umožňují zlepšit znalosti konektivity v mozkové tkáni. Třetí projekt se zabývá metastázemi v CT časových datech páteře. Tento projekt je zaměřen na studium vývoje metastáz uvnitř obratlů ve fúzované časové řadě snímků. Tato dizertační práce představuje novou metodologii pro klasifikaci těchto metastáz. Všechny projekty zmíněné v této dizertační práci byly řešeny v rámci pracovní skupiny zabývající se analýzou lékařských dat, kterou vedl pan Prof. Jiří Jan. Tato dizertační práce obsahuje registrační část prvního a klasifikační část třetího projektu. Druhý projekt je představen kompletně. Další část prvního a třetího projektu, obsahující specifické předzpracování dat, jsou obsaženy v disertační práci mého kolegy Ing. Romana Petera.
|
|
|
Specle analysis for optical coherence tomography image segmentation
Gallo, Vladimír ; Kolář, Radim (referee) ; Štohanzlová, Petra (advisor)
This paper presents basic principles of optical coherence tomography, review of applications and basic categorization of these systems. Paper also deals with the typical properties of images from optical coherence tomography, especially speckle pattern. This paper also provides an overview of the origin of speckle noise and utilization of its dependence on microstructure of probed tissue for image classification based on textural analysis. Experimental part of this paper consists of phantom preparation, data acquisition by OCT system, implementation of speckle analysis in MATLAB and of testing of its functionality on standard textural dataset and also on acquired image phantom data. Speckle analysis is used for phantom image data segmentation.
|
guest ::
