|
|
Functional analysis of the ERK signaling pathway in epithelial cells
Galvánková, Kristína ; Vomastek, Tomáš (vedoucí práce) ; Rösel, Daniel (oponent)
Signální dráha MAPK/ERK, která je v rámci eukaryot evolučně konzervovaná, je jednou z nejintenzivněji studovaných signálních drah a skládá se z třístupňové kaskády proteinkináz Raf-MEK-ERK. Široká škála extracelulárních signálů je prostřednictvím sekvenčních fosforylací jednotlivých členů této dráhy přenášena od receptorů k stovkám substrátů. Díky přesné časové a prostorové regulaci jednotlivých fosforylačních událostí je docíleno specifické odpovědi buňky, která vede ke správnému průběhu fyziologických procesů včetně genové exprese, proliferace, diferenciace, migrace a apoptózy. Narušení regulačních mechanismů této dráhy může vést k patologické signalizaci, například k nádorové transformaci. Specifická regulace signalizace je mimo jiné zajištěna existencí více izoforem na každé úrovni signální dráhy ERK. Funkční rozdíly mezi efektorovými proteinkinázami ERK1 a ERK2 jsou již dlouho diskutovanou problematikou, nicméně stále není jasné, jaký význam mají v dosažení správné buněčné odpovědi. V této práci jsme se zaměřili na funkční charakterizaci izoforem ERK1 a ERK2 v epiteliálních buňkách MDCK. Konkrétně jsme sledovali vliv inaktivace izoformy ERK2 na morfologii a expresi vybraných substrátů. Zjistili jsme, že inaktivace izoformy ERK2 vede k poruchám formování epitelu, jelikož buňky ztrácejí svůj...
|
|
|
Genová exprese v kuřecím embryu: mikromanipulační a vizualizační metody
Bendová, Michaela
Cílem této dizertační práce bylo získat lepší vhled do principů vývoje buněčných struktur a orgánů v kuřecím embryu. K tomuto účelu byly zavedeny a k daným procedurám upraveny různé pokročilé metody manipulace a vizualizace in vitro, ex vivo, ex ovo a in ovo. Tyto specializované metody byly využity zejména ke studiu genové exprese ve vývoji neurální lišty a vývoji oka. Během dlouhodobého výzkumu v naší laboratoři byl pozorován vliv onkoproteinu v-Myb na vývoj neurální lišty a jeho schopnost měnit přirozený buněčný osud. Studovali jsme vliv proteinu v-Myb na změny v diferenciaci buněk neurální lišty, zejména jejich vývoj do melanocytární linie, a jeho vliv na expresi genů v neurální liště. Středem našeho zájmu se stal protein Gremlin 2, označovaný také jako PRDC (protein related to Dan and Cerberus), jehož expresi v-Myb v neurální liště zvyšuje. Zavedené postupy elektroporace neurální lišty in ovo byly upraveny pro transfekci buněk vyvíjejícího se oka a využity ke studiu genové regulace při indukci čočky. Výsledky získané na kuřecím modelu podpořily studii provedenou na myších embryích. Technika elektroporace do embryonálního oka byla také upravena pro mikromanipulace s retinou in ovo, která byla dále zpracována metodami ex vivo a in vitro pro studii zabývající se lokalizací snRNP ve...
|
|
|
Charakterizace pankreatických beta-buněk po jejich stimulované proliferaci syntetickými modifikovanými mRNA
Veľasová, Adriana ; Koblas, Tomáš (vedoucí práce) ; Bořek Dohalská, Lucie (oponent)
Diabetes mellitus je chronické onemocnění způsobené ztrátou beta-buněk slinivky břišní, ke které dochází v důsledku autoimunitní destrukce, či zvýšené apoptózy beta-buněk. Nedostatek beta-buněk má za následek sníženou produkci insulinu, který hraje významnou roli v metabolismu glukosy. Počet beta-buněk organismu je jedním z hlavních faktorů, který ovlivňuje vznik tohoto chronického onemocnění. Z tohoto důvodu bylo vhodné nalézt způsob, pomocí kterého by bylo možné počet beta-buněk organismu navýšit a obnovit tak přirozenou cestou produkci insulinu bez jakékoliv nutnosti využívání insulinových infuzí. Schopnost buněčného dělení beta-buněk ovšem s věkem klesá a v dospělosti je prakticky nulová. Nadějnou cestou k obnově insulin produkující tkáně se tak jeví studium buněčného cyklu beta-buněk, především poté časných a pozdních cyklinů a cyklin dependentních kinas, které působí jako regulátory buněčného cyklu. S cílem zvýšit počet beta-buněk vstupujících do buněčného cyklu jsme se zaměřili na studium vlivu in vitro připravených (IVT) mRNA cyklinů typu D a cyklin dependentních kinas 4 a 6 na stimulaci buněčného dělení izolovaných beta-buněk. Zjistili jsme, že transfekce IVT mRNA pro cykliny typu D v kombinaci s cyklin dependentními kinasami 4 a 6 výrazně zvyšuje proliferaci beta-buněk uvězněných v klidové fázi...
|
|
|
Hodnocení genové exprese vybraných ABC a SLC transportérů v buněčné linii HTR-8/SVneo během stimulace prozánětlivými cytokiny
Pokorná, Petra ; Čečková, Martina (vedoucí práce) ; Mladěnka, Přemysl (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Studentka: Petra Pokorná Školitel: doc. PharmDr. Martina Čečková, Ph.D. Konzultant: Mgr. Simona Dudičová Název diplomové práce: Hodnocení genové exprese vybraných ABC a SLC transportérů v buněčné linii HTR-8/SVneo během stimulace prozánětlivými cytokiny Placenta je prvním a zároveň největším fetálním orgánem, který se postupně vyvíjí během těhotenství a hraje esenciální roli při vývoji plodu. Plní celé spektrum funkcí, zajišťuje transport živin k plodu a odvod odpadních látek zpět do mateřské cirkulace, chrání plod před toxiny, a zároveň plní určitou mechanickou a zejména imunologickou bariéru mezi matkou a plodem. Jednou z hlavních funkcí placenty je funkce transportní umožněná pomocí membránových transportérů přítomných zejména ve vrstvě syncytiotrofoblastu placenty. Transportéry v lidské placentě můžeme rozdělit do dvou rodin, a to SLC a ABC, které se dělí dále do několika podrodin. Exprese transportérů se v průběhu těhotenství fyziologicky mění, ale vliv na expresi můžou mít také patologické stavy jako např. zánět. Na začátku těhotenství a během porodu hraje zánět fyziologickou roli, ale pokud dojde k nadměrné zánětlivé reakci v průběhu těhotenství, může to vést ke komplikacím, které mohou vyústit až ve...
|
|
|
Regeneration initiation of Xenopus laevis tail-functional study
Netušil, Jiří ; Šindelka, Radek (vedoucí práce) ; Petr, Jaroslav (oponent)
Přelomové objevy na poli sekvenačních technologií mění naše momentální vnímání regenerace obratlovců. Embryonální stádia Drápatky vodní (Xenopus laevis) jsou v tomto kontextu jedním z intenzivně studovaných modelů. Tato práce má za cíl shrnout a funkčně ověřit nejnovější poznatky získané pomocí RNA sekvenační analýzy regenerujícího se ocasu Xenopus laevis se specifickým zaměřením na časné fáze tohoto procesu. Naše analýza potvrdila, že Regeneration initiating cells (RICs), které byly v nedávné době identifikovány pomocí jednobuněčného sekvenování a prostorově rozlišené transkriptomiky, jsou nezbytné pro správný průběh regenerace ocasu. Markerové geny RIC mmp9 a pmepa1 ovlivňují procesy spojené s přestavbou extracelulární matrix a migrací již dříve popsaných Regeneration organizing cells (ROCs) aniž by ovlivňovaly odpověď myeloidních buněk na poranění. V rámci této práce jsme také ukázali nové použití Vivo Morpholino oligonukleotidů pro dočasnou inhibici genové exprese a posoudili jeho přednosti a limitace. Tato práce poukazuje na důležitost prostorovo-časové regulace na buněčné a molekulární úrovni, která se odehrává v rámci prvních 24 hodin po poranění. Dále zdůrazňuje podobnosti a odlišnosti těchto změn v rámci různých modelů regenerace obratlovců a celkově poskytuje ucelený vhled do problematiky...
|
|
|
Nástroj pro predikci small RNA v RNA-Seq datech
Pomykalová, Barbora ; Čejková, Darina (oponent) ; Jurečková, Kateřina (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zaměřuje na problematiku detekce small RNA (sRNA) v bakteriálním genomu. Small RNA jsou krátké nekódující transkripty, které hrají klíčovou roli v genové expresi. K dnešnímu dni existuje několik algoritmů zaměřujících se na detekci sRNA z RNA-Sequencing (RNA-Seq) dat, jež mohou být získána z některých sekvenačních platforem. Nejčastěji jsou používány platformy Illumina či Ion Torrent, spadající do nové generace sekvenování, a PacBio s Oxford Nanopore patřící do třetí generace sekvenování. V této práci byly popsány principy detekce sRNA u volně dostupných nástrojů a následně byl navržen vlastní nástroj pro detekci sRNA – nástroj SEARCHsRNA. Dva z volně dostupných nástrojů – Rockhopper a DETR’PROK, společně s nástrojem SEARCHsRNA, byly otestovány na datech RNA-Seq pro bakterii Vibrio atlanticus LGP32.
|
|
|
Studium exprese a toxicity derivátů katecholu v prsních nádorových buněčných liniích
Vyoralová, Tereza ; Carazo Fernández, Alejandro (vedoucí práce) ; Jirkovský, Eduard (oponent)
Studium exprese a toxicity derivátů katecholu v prsních nádorových buněčných liniích, Tereza Vyoralová ABSTRAKT Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Studentka: Tereza Vyoralová Školitel: PharmDr. Alejandro Carazo Ph.D. Název diplomové práce: Studium exprese a toxicity derivátů katecholu v prsních nádorových buněčných liniích Estrogeny v lidském organismu mají několik důležitých funkcí, mimo jiné hrají významnou roli při vzniku a rozvoji karcinomu prsu. Své účinky uplatňují vazbou na estrogenní receptory (ER) a vykazují komplexní spektrum účinků, například regulace reprodukce, menstruačního cyklu, funkce mozku, kostní denzity či mobilizace cholesterolu. Navíc přítomnost a množství ER v prsním karcinomu je v současnosti využíváno jako jeden z nejdůležitějších prediktivních biomarkerů u pacientů trpících tímto onemocněním. Výskyt a aktivita ER koreluje s léčebnou odpovědí karcinomu prsu na hormonální léčbu a s pacientovou prognózou. Navzdory intenzivnímu výzkumu je karcinom prsu stále řazen mezi nádory s nejvyšší letalitou. Katecholy jsou organické sloučeniny, které se vyskytují v potravě jako polutanty, ale i v lidském organismu, kde hrají důležitou roli jako prekurzory neurotransmiterů. Díky přítomnosti fenolických skupin ve své struktuře jsou katecholy...
|
|
| |
|
|
The role of Nuclear Phosphatidylinositol 4,5 bisphosphate in RNA Polymerase II Transcription
Balaban, Can ; Hozák, Pavel (vedoucí práce) ; Šebesta, Marek (oponent) ; Castano, Enrique (oponent)
(Česky) Fosfatidylinositoly jsou podtřídou glycerofosfolipidů s jejich inositolovou hlavní skupinou spojenou s diacylglycerolovou kostrou. Diferenciální fosforylace inositolové hlavní skupiny poskytuje sedm různých fosfoinositidfosfátů (PIP), které mohou být mono-, bi- nebo tri-fosforylované. Role cytoplazmatických PIP byly rozsáhle studovány ve vezikulárním transportu, iontových kanálech, transportérech, generujících druhé posly a membránové a cytoskeletální dynamice. Zatímco jejich cytoplazmatické funkce jsou velmi dobře popsány, molekulární mechanismus jejich jaderných funkcí je stále málo pochopen. Z jaderných PIP je fosfatidylinositol 4,5-bisfosfát (PIP2) nejhojnějším fosfoinozitidem v buněčném jádru a podílí se na vytváření jaderné architektury regulací procesů, jako je remodelace chromatinu, reakce na poškození DNA a genová exprese. V buněčném jádře se lokalizuje většinou do jaderných skvrn, kde interaguje se sestřihovým apárátemmRNA. V jadérku je PIP2 zapojen do mechanismu regulace transkripce rDAN RNA polymerázou I. Nedávno jsme definovali nukleoplazmatický pool PIP2, který je pozorován v ostrůvcích o průměru 40 - 100 nm (NLI). Vznikající transkripty RNA polymerázy II (RNAPII) byly vizualizovány na jejich periferii a ukázalo se, že RNA je nezbytná pro jejich integritu. V této studii jsme...
|
|
|
CRISPR/Cas9 editing of leukemic B-cells: searching for microRNA-155 targets involved in the process of leukemogenesis
Sypecká, Markéta ; Savvulidi Vargová, Karina (vedoucí práce) ; Zadražil, Zdeněk (oponent)
Editace leukemických B-buněk pomocí CRISPR/Cas9: hledání cílů miR-155 účastnících se procesu leukemogeneze Úvod: Chronická lymfocytární leukémie (chronická lymfoidní leukémie, CLL) je monoklonální porucha charakterizovaná postupnou akumulací funkčně nekompetentních B- lymfocytů. CLL je nejběžnější formou leukémie u dospělých v západních zemích. Průběh onemocnění se může lišit: někteří pacienti umírají rychle, během 2-3 let od diagnózy, převážně kvůli komplikacím z CLL, ale většina pacientů žije 5-10 let. S progresi nemoci stoupá exprese miR-155, která je označována jako oncomiR. MikroRNA (miRNA) představují negativní regulátory genové exprese. MiR-155 ovlivňuje geny, které se účastní leukemogeneze a buněčného cyklu. A je známo, že miR-155 (podobně jako i jiné miRNA) potlačuje své cíle. Předpokládali jsme, že úpravou genů v CLL bunkách odblokujeme cíle miR-155 a zjistíme korelaci mezi těmito cíli (známými a neznámými) s leukemogenezí CLL. Metody: Metodu, kterou jsme použili pro editaci genů, je CRISPR/Cas9, která umožňuje odstranit sekvenci maturované miR-155 v genomu leukemických B-buněk. K přenosu plasmidu CRISPR/Cas9 byla využita metoda nukleofekce. K identifikaci buněčných klonů s úspěšnou transfekcí plasmidu CRISPR/Cas9 došlo pomocí FACS a míra exprese jednotlivých genů byla měřena pomocí...
|
host ::
RSS.