|
|
Úloha polymorfních markerů DNA v identifikaci osob a určování vybraných fenotypových znaků.
Zidkova, Anastassiya ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Drábek, Jiří (oponent) ; Hradil, Roman (oponent)
V současné době probíhá intenzivní výzkum použití genetických polymorfizmů pro analýzu degradovaných vzorků, identifikaci a určení příbuznosti. Dalším výzkumným cílem je rozšíření možností forenzní genetiky směrem k determinaci biogeografického původu a s ním spojených fenotypových charakteristik, jako barva očí, vlasů a pleti. První část předkládané práce se zabývala zpracováním studie založené na vyšet- ření populačního vzorku z České republiky pomocí sady markerů Investigator DIP- plex (QIAGEN, Německo) obsahující 30 autozomálních inzerčně-delečních polymor- fizmů. Diskriminační síla (Power of Discrimination - PD), která udává pravděpodob- nost, že dvě náhodně vybrané osoby nebudou mít stejný genotyp, pro celou sadu dosáhla hodnoty 99,9999999999%. Tato část studie dospěla k výsledku, že uvedená sada markerů je vhodná jako doplňkový panel markerů pro forenzní identifikaci a určování příbuznosti v české populaci. Druhá část předkládané práce představuje studii na středochorvatském populačním vzorku pomocí sady Mentype Argus X-8 (QIAGEN, Německo) obsahující 8 poly- morfizmů krátkých tandemových repetic na chromozómu X (X-STR) rozdělených do 4 vazebných skupin. PD celé sady...
|
|
|
The impact of geography and subsistence on distribution of NRY haplogroups in Europe and Africa
Nováčková, Jana ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent) ; Macholán, Miloš (oponent)
Chromozóm Y je v dôsledku špecifických vlastnosti ideálnym nástrojom archeogenetických štúdií. Jeho diverzita je ovplyvnená viacerými faktormi a dvom z nich (geografická poloha a spôsob života) sa venuje aj táto dizertačná práca, ktorá bola založená na analýze SNP a STR lókusov vzoriek pochádzajúcich zo Slovenska (156 vzoriek, 5 oblasti) a subsaharskej Afriky, kde boli zastúpené populácie praktikujúce usadlý farmársky (481 vzoriek, 18 oblasti) a kočovný pastiersky (405 vzoriek, 16 oblasti) spôsob života. Slovensko leží v mieste stretu dvoch migračných vĺn. Jedna sa šírila z oblasti dnešnej Ukrajiny smerom na západ a súvisí s rozšírením haploskupiny R1a v Európe a druhá šla z oblasti Pyrenejského poloostrova smerom na východ a je dávaná do súvislosti s rozšírením haploskupiny R1b. Výsledky MDS grafu kopírujú geografickú mapu Európy, kde vzorky zo Slovenska ležia medzi ruskými, balkánskymi a pyrenejskými vzorkami. Závislosť medzi genetickými a geografickými vzdialenosťami bola preukázaná aj hierarchickou AMOVOU a Mantelovými testami. V oblasti subsaharskej Afriky vedľa seba žijú populácie, ktoré sa líšia typom životnej subsistencie a tento ich odlišný spôsob života sa odráža aj v diverzite chromozómu Y. Kočovné pastierske a usadlé farmárske populácie sa líšia zastúpením haploskupín chromozómu Y,...
|
|
|
Zavedení metod RAD sekvenování do výzkumu genetické struktury ježků rodu Erinaceus
Loudová, Miroslava ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Ježci rodu Erinaceus představují důležitý modelový organismus pro studium postglaciální rekolonizace Evropy a procesů probíhajících v místech sekundárního kontaktu jejich areálů. V této práci bylo použito celkem pět jedinců ježka východního (Erinaceus roumanicus), čtyři jedinci ježka západního (Erinaceus europaeus) a jeden předpokládaný hybrid. Geografická distribuce jedinců využitých v analýze pokrývá oblast střední Evropy, nicméně v dalším výzkumu bude tento dataset dále rozšířen na celou oblast západního palearktu. Hlavním cílem práce bylo zavedení nové metody do výzkumu ježků, díky níž je možné zmapovat celoareálovou populačně-genomickou strukturu rodu Erinaceus v západním palearktu. Metodou RADSeq (Restriction-site associated DNA sequencing) lze získat polymorfní markery, např. právě námi použité SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), napříč genomem. V této práci bylo analyzováno celkem 16382 pozic SNPs. Za použití binárního souboru dat, označujícího přítomnost a nepřítomnost SNP u jednotlivých druhů, nebyly plně potvrzeny hypotézy vyslovené na základě analýz klasických genetických markerů z předchozích studií. V dalším výzkumu bude potřeba ověřit možný výskyt artefaktů vzniklých při bioinformaticky náročné analýze genomických dat. Na druhou stranu práce založené na klasické genetice mají...
|
|
|
Nový polymorfizmus genu apolipoprotein A2 a jeho asociace s obsahem mastných kyselin u prasat
Sukhov, Oleg
V diplomové prací byla probírána problematika nových polymorfizmů genu APOA2 a jeho asociace s obsahem mastných kyselin u prasat plemene České bílé ušlechtilé. Gen APOA2 (ID: 100153243) je kandidátním genem pro kvalitu vepřového masa. Cílem diplomové práce bylo analyzovat vliv jednotlivých polymorfizmů na obsah mastných kyselin a intramuskulárního tuku. Mezi mastnými kyselinami byl pozorován obsah: kys. myristolejové, kys. palmitové, kys. palmitolejové, kys. stearové, kys. olejové, kys. linolové, kys. linolenové, kys. arachidonové, kys. arachové a kys. eicosapentaenové (EPA). Byly použité molekulárně-genetické metody jako designování primerů pomocí programu OLIGO, PCR, gelová elektroforéza a sekvenování Sangerovou metodou. Výsledky byly zpracovány formou frekvencí genotypů a následně byly provedeny asociační analýzy smíšeným lineárním modelem. Hodnoty relativních frekvencí alel polymorfizmu APOA2 T>A rs80803879 byly: A = 0,086, T = 0,914 a relativní frekvence alel APOA2 G>A rs331415849: A = 0,068 a G = 0,948. Asociace byly zjištěny pro mastné kyseliny: kys. myristolejovou, kys. palmitolejovou, kys. olejovou, kys. arachidonovou a kys. arachovou.
|
|
|
Genetic variability in sporadic colorectal cancer: Searching for novel risk, prognostic and predictive biomarkers.
Jirásková, Kateřina ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Machoň, Ondřej (oponent) ; Eckschlager, Tomáš (oponent)
SOUHRN Rakovina tlustého střeva a konečníku (kolorektální karcinom, KRK) představuje celosvětově závažný zdravotní problém. I přes pokroky v diagnostice a v léčebných metodách zůstává prognóza onemocnění špatná. Pro zlepšení celkové míry přežívání je důležité umět rozpoznat jedince s vyšším rizikem vzniku KRK a odhalit onemocnění v rané potenciálně léčitelné fázi. Současně identifikace pacientů, kteří budou reagovat negativně na konkrétní léčbu, by přispěla ke snížení nadbytečné chemoterapie a k minimalizaci toxicity související s léčbou. Cílem této práce bylo hledání nových diagnostických, prognostických a prediktivních DNA-biomarkerů pro sporadickou formu KRK. Každý člověk je geneticky jedinečný a nalezení těchto biomarkerů by lékařům usnadnilo diagnózu a výběr optimální terapie pro každého pacienta s KRK na základě jejich molekulárního profilu. Pro dosažení tohoto cíle jsme zkoumali několik kandidátních genů u zdravých jedinců i u nově diagnostikovaných pacientů se sporadickou formou KRK. Výsledky této PhD práce byly shrnuty v sedmi impaktovaných publikacích. Hlavními závěry jsou: 1) Genetické varianty v cílových oblastech pro vazbu microRNA (miRSNPs) v genech opravy dvouřetězcových zlomů, genech důležitých pro etiologii KRK a mucinových genech souvisí buď s rizikem KRK nebo s odpovědí na léčbu, 2)...
|
|
|
Maedi-visna ovcí - genetické aspekty vnímavosti/odolnosti k onemocnění
ŠTOIDL, Petr
Tato práce je zaměřena na zhodnocení míry korelace mezi výskytem onemocnění Maedi-visna a polymorfismem na 35. pozici genu pro transmembránový protein TMEM154 u ovcí. Výskyt onemocnění Maedi-visna u ovcí byl stanoven pomocí sérologické metody ELISA v laboratoři Státního veterinárního ústavu Jihlava a k určení polymorfismu genu TMEM154 byly použity molekulární metody PCR a sekvenování. Provedeným výzkumem byla prokázaná souvislost mezi výskytem Maedi-visna viru a polymorfismem genu transmembránového proteinu TMEM154 u ovcí. Hlavním přínosem této práce je možnost eradikace Maedi-visna viru vyřazováním ovcí s méně odolným genotypem.
|
|
|
Geny rezistence obilnin proti houbovým chorobám a metody pro jejich detekci
Stuchlíková, Šárka ; Dumalasová, Veronika (vedoucí práce) ; Schwarzerová, Kateřina (oponent)
Práce se zabývá možnostmi detekce genů rezistence k houbovým chorobám u původních evropských obilnin, jako jsou pšenice, ječmen, žito a oves. Podává přehled o nejdůležitějších genech rezistence pro šlechtění. Význam genů rezistence hodnotí na základě škodlivosti jednotlivých houbových chorob obilnin a také významu jednotlivých druhů obilnin. Popisuje možnosti detekce genů rezistence pomocí molekulárních markerů a srovnává různé typy molekulárních markerů. Hledá odpověď na otázku, ve kterých případech šlechtění na rezistenci a tedy i využití molekulárních markerů přináší největší užitek.
|
|
|
Genetická determinace a dědičnost kraniofaciálních znaků na základě vybraných lokusů DNA
Králíková, Kristýna ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Šimková, Halina (oponent)
Úvod: Genetická podmíněnost lidského obličeje je zřejmá při pohledu na členy rodin a pozoruhodná je podobnost monozygotních dvojčat, která jsou geneticky identická. Možnost spolehlivé predikce komplexní morfologie faciálních znaků na základě analýzy genomu a schopnost postihnout variabilitu morfologie lidského obličeje prostřednictvím variability genotypové je zatím silně omezená. Kompletní genetický podklad fyziologické variability kraniofaciláních znaků zůstává v podstatě neznámý. Tato diplomová práce vznikla jako pilotní studie společného projektu Laboratoře 3D zobrazovacích a analytických metod a Laboratoře molekulární antropologie Katedry antropologie a genetiky člověka. Materiál a metody: Soubor vzorků je tvořený 30 rodinami (29 rodin čtyřčlenných a 1 rodina pětičlenná), které splnily stanovené požadavky. Na základě dostupných informací bylo vybráno 9 jednonukleotidových polymorfismů; osm z nich je již spojováno s normální variabilitou obličeje, jeden byl vybrán na základě předpokladu funkce genu, ve kterém polymorfismus leží. Genotypizace probíhala dvěma metodami - pomocí restrikční endonukleázy metodou RFLP a metodou SNaPshot. Morfologická data byla poskytnuta Laboratoří 3D zobrazovacích a analytických metod. Závěr: Potvrdili jsme asociaci dvou polymorfismů s morfologií lidského obličeje....
|
|
|
Molekulární diagnostika deficience lipoproteinové lipásy (LPLD) jako výběr pacientů vhodných pro genovou terapii (AAV1-LPL S447X )
Křížová, Jana
Deficience lipoproteinové lipázy je nedostatečnost enzymu hrajícího klíčovou roli v metabolismu lipoproteinů. Deficience lipoproteinové lipázy může způsobit závažné ataky pankreatitidy. Příčinou deficience enzymu jsou patologické změny v genu LPL. Existuje velké množství variant v genu LPL a také značné množství patogenních variant, jejichž četnost se liší u různých lidských populací. Byla udělená licence první genové terapii v Evropě pro léčbu deficienci lipoproteinové lipázy, využívající hyperfunkční varianty genu LPL. Povedlo se zavést vyšetřovací logaritmus genu LPL zahrnující metody MLPA, Light SNiP, kvantitativní real time PCR a sekvenování za účelem vyhledání pacientů pro tuto terapii. V souboru vzorků DNA převážně od pacientů s historiií pankreatitidy byli vyhledáni 3 pacienti vhodní pro léčbu genovou terapií Alipogene tiparvovec (AAV1-LPL S447X).
|
|
|
Asociace polymorfismu v genu pro sialoprotein s vybranými parametry kostí u kura domácího
Poliakh, Ievgeniia
IBSP gen kóduje kostní sialoprotein, který hraje důležitou roli během mineralizačního procesu kosti. Hlavním cílem této práce bylo zjistit, zda se vyskytuje asociace mezi hustotou minerálních složek v kosti a A211G polymorfismem v genu pro kostní sialoprotein. Genotypy byly stanovené pomocí metody PCR-RFLP. Obsah vápníku a fosforu byl stanoven fotometricky. Za použití tři-bodového testu byla stanovena pevnost kostí. Získána data byla vyhodnocena jednofaktorovou analýzou variance s následným testováním dle Fishera LSD. U sledovaného souboru zvířat nebyly zjištěny významné rozdíly mezi genotypy ve vztahu k vybraným parametrům kosti. Polymorfismus A211G v IBSP genu nelze doporučit pro MAS.
|
host ::
RSS.