|
|
Faktory interagující s bakteriální RNA polymerázou
Sudzinová, Petra ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Fišer, Radovan (oponent)
Bakteriální buňka musí umět rychle měnit svou genovou expresi, aby přežila nestálé okolní podmínky. Nejvýznamnější úrovní, na které dochází ke změnám genové exprese, je transkripce. Klíčovým enzymem transkripce je RNA polymeráza (RNAP), která je regulována transkripčními faktory (TF). Tyto faktory působí na RNAP různými způsoby. V této práci je vytvořen přehled různých bílkovin a jiných faktorů, vlivu jejich funkce na transkripci a mechanismy jejich účinku. Faktory se dají rozdělit podle mnoha kritérií. Hlavním kritériem, podle kterého je sepsána i tato práce, je způsob interakce s RNAP: TF dělíme podle toho, zda se vážou jen na RNAP, nebo vážou DNA a RNAP, nebo interagují s RNA a RNAP. Tato práce přináší ucelený pohled na různé TF, kombinací jejichž působení může bakteriální buňka vytvářet přesnou a žádoucí odpověď genové exprese na změny vyvolané vnějším prostředím.
|
|
|
Fluorescenční studie bakteriálních membránových proteinů a buněčné signalizace.
Fišer, Radovan ; Konopásek, Ivo (vedoucí práce) ; Hof, Martin (oponent) ; Forstová, Jitka (oponent)
(česky) Tato práce shrnuje pět publikací, které se zabývají převážně adenylátcyklázovým toxinem (CyaA) bakterie Bordetella pertussis a jeho interakcí s biologickou membránou. CyaA narušuje buněčné membrány tvorbou malých kationtselektivních kanálů a rozvrací buněčnou signalizaci pomocí enzymu (AC, adenylátcyklázy) přeměňujícího buněčné ATP na cAMP. První studie objasňuje mechanizmus narušování membrány v případě CyaA a příbuzného RTX toxinu, αhemolyzinu (HlyA) produkovaného Escherichia coli. K tomuto účelu byly použity lipozómy jako umělý membránový systém a fluorescenční zhášecí metoda. Oba zkoumané toxiny vykazovaly postupný únik materiálu z lipozómů a rozdílné iontové selektivity (Fišer a Konopásek 2009). Jak doprava AC domény, tak tvorba kanálů jsou závislé na vlastnostech predikovaného transmembránového αhelixu (502522). V naší práci jsme zkoumali další predikovaný transmembránový segment (565591), který nese kyselé zbytky Glu(570) a Glu(581). Většina pokusů byla prováděna na erytrocytech a planárních lipidových membránách. Zjistili jsme, že záporný náboj v pozici 570 je zásadní pro iontovou selektivitu kanálu a je patrně umístěn v blízkosti jeho ústí. Substituce v obou pozicích zásadně ovlivňují schopnost translokace AC domény...
|
|
|
Adaptace cytoplazmatické membrány neprodukčního kmene Bacillus subtilis k surfaktinu.
Stružinská, Olga ; Svobodová, Jaroslava (vedoucí práce) ; Fišer, Radovan (oponent)
Adaptace cytoplazmatické membrány neprodukčního kmene Bacillus subtilis 168 k surfaktinu Surfaktin, jedna z nejúčinnějších povrchově aktivních látek a antibiotikum, je sekundární metabolit bakterií rodu Bacillus. Díky amfipatické povaze interaguje surfaktin s membránovou dvojvrstvou, což vede k její destabilizaci a permeabilizaci. Nabízí se tedy otázka jak se producent surfaktinu toxickému působení této látky brání; mechanizmus rezistence producenta k surfaktinu není doposud znám. Hlavním cílem této diplomové práce byla proto charakterizace adaptivnívh procesů v cytoplazmatické membráně neprodukčního kmene B. subtilis 168, ke kterým dochází v přítomnosti surfaktinu. Kultivace B. subtlis probíhala na živném agaru s přídavkem surfaktinu, který byl získán z produkčního kmene B. subtilis ATCC 21332. Bylo zjištěno, že 400 g surfaktinu/ml inhibuje růst bakterií B. subtilis 168, zatímco 300 g surfaktinu/ml růst stimuluje. Nejprve procházejí obě bakteriální kultury tří hodinovou lag fázi, po které následuje exponenciální růst, a to pomalejší u inhibiční koncentrace a urychlený u stimulační koncentrace surfaktinu oproti kontrole. V přítomnosti obou koncentrací surfaktinu se v cytoplazmatické membráně bakterií zvýšilo zastoupení fosfatidylserinu. Změny zaznamenané na povrchu memrány byly provázeny radikální obměnou...
|
|
| |
|
|
Confidence, economy and the global economic crisis
Fišer, Radovan ; Benáček, Vladimír (oponent) ; Horváth, Roman (vedoucí práce)
Zkoumáme roli důvěry ve vývoji ekonomické produkce. Empiricky zkoumáme Grangerovu kauzalitu ve směru od spotřebitelských očekávání k růstu ekonomické produkce, a to v České republice a ve Spojených státech amerických. Pro Spojené státy jsme tuto kauzalitu potvrdili jako robustní. V případě ČR jsme kauzalitu objevili, ale nikoliv jako robustní. Obecně je tato kauzalita brána jako důkaz relevance makroekonomických modelů, které zahrnují šoky ve spotřebitelských očekáváních. Tyto modely, nově s unikátním rovnovážným řešením, se objevují v současné literatuře. Druhým cílem této studie je stránka důvěry ve finanční a ekonomické krizi konce první dekády třetího tisíciletí. Krize uvrhla indikátory důvěry k rekordně nízkým hodnotám. Důvěra byla citována jak jako zdroj krize, tak jako cesta z krize ven. Tyto myšlenky v práci teoreticky zkoumáme. Jedna z nejzajímavějších je zavedenení fenoménu iracionálního chování do hlavního ekonomického proudu.
|
|
|
Sdílené kroky biosyntetických drah linkomycinu a pyrrolo-benzodiazepinů
Jiráčková, Petra ; Fišer, Radovan (oponent) ; Janata, Jiří (vedoucí práce)
Linkomycin a jeho polosyntetický derivát klindamycin jsou terapeuticky využívaná antibiotika inhibující proteosyntézu v citlivých bakteriích. Jejich struktura se skládá z aminocukerné a aminokyselinové části, které jsou spojeny amidovou vazbou. Před časem byla zjištěna sekvence genového shluku pro biosyntézu linkomycinu a navrženy funkce pro většinu proteinů kódovaných geny shluku na základě porovnání se známými proteiny a inaktivací genů. Již dlouho bylo jasné, že aminokyselinové části linkomycinu (propylprolinu) je příbuzná dihydropyrrolová část pyrrolo[1,4]benzodiazepinů (PBD). Obě tyto části jsou odvozené od L-tyrosinu a prochází z počátku stejnou biosyntetickou dráhou. Další biosyntetické kroky se však rozcházejí. Věří se, že přenos genů z genového shluku pro produkci PBD do biosyntetického genového shluku pro linkomycin by mohl modifikovat strukturu propylprolinu a vylepšit tak vlastnosti linkomycinu, např. zvýšit antimalarické účinky. Nejúčinnějšími antibiotiky jsou alkylované deriváty, jejichž chemická syntéza je velmi složitá, ale mohly by být připraveny pomocí genového inženýrství jako tzv. hybridní antibiotika.
|
|
| |
|
| |
|
|
Studium struktury a funkce IRES elementů v kvasinkových buňkách
Černý, Jiří ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Fišer, Radovan (oponent)
Iniciace translace je důležitý krok v regulaci buněčné exprese. Translace většiny buněčných mRNA je zahajována klasickým mechanizmem závislým na přítomnosti 7mG čepičky. Existují však mRNA, které jsou překládány alternativním mechanizmem využívajícím přítomnost IRES elementů v 5'UTR takovýchto mRNA. V první části své diplomové práce jsem se pokusil potvrdit přítomnost IRES elementů v 5'UTR z kvasinkových genů BAS1 a RRN3. Tyto 5'UTR jsem vložil do intercistronické oblasti na plazmidu pFGAL4h a změřil jsem aktivitu reportérových proteinů v systému s a bez promotoru. Data ukázala přítomnost kryptického promotoru v testovaných sekvencích. Abych tato data potvrdil, vložil jsem 5'UTR z genu RRN3 do intercisronické oblasti na plazmidu pRFh a změřil expresi druhého cistronu. Výsledky získané tímto měřením se podobaly výsledkům, které jsem získal za využití plazmidu pFGAL4h. Přítomnost kratších RNA přepisovaných z kryptického promotoru, který se nachází v intercistronické oblasti, jsem dokázal pomocí real time PCR. Mým úkolem v druhé části této práce bylo připravit sadu RNA vhodných ke studiu iniciace translace zahajované na lasovité čepičce, která vzniká činností autokatalytického ribozymu GIR1 v hlence Didymium iridis. Za tímto účelem jsem připravil širokou sadu rekombinantních molekul DNA, které nesly různé...
|
|
|
Topologie a funkce transmembránové domény kolicinu U, bakterie Shigella boydii
Dolejšová, Tereza ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Krůšek, Jan (oponent)
Kolicin U produkovaný kmeny bakterie Shigella boydii je protein, který je schopen působit lyticky na blízké bakteriální kmeny Shigella a Escherichia. Na základě sekvenční podobnosti s koliciny A, B a N se řadí mezi pórotvorné koliciny. Interakce kolicinu s napadenou bakterií je zajištěna třístupňovým mechanizmem:1) Nejdříve interaguje centrální doména kolicinu s receptory vnější membrány OmpA, OmpF. 2) Dále je kolicin prostřednictvím N-terminální domény a její interakce s Tol proteiny přenesen do periplazmy a nakonec 3) C-terminální doména interaguje s vnitřní membránou napadené bakterie a způsobuje její depolarizaci. V předkládané práci byla prokázána pórotvornost kolicinu U a dále podrobně studovány vlastnosti těchto pórů pomocí elektrofyziologických metod (měření na černých lipidových membránách). Byla stanovena vodivost jednotlivých pórů (19 pS), jejich iontová selektivita, byl sledován vliv změny různých podmínek na chování pórů. Tyto poznatky, v mnoha případech, odpovídaly zjištěním o jiných příbuzných kolicinech (koliciny A, B, N). Dále byl určován průměr póru (≈ 0,8 nm). V další části práce byly vytvořeny jednobodové cysteinové mutace v rámci pórotvorné domény kolicinu U, následně bylo vyprodukováno pět mutantních variant kolicinu U a na závěr byla ověřena jejich funkčnost tak, aby mohly...
|
host ::
RSS.