|
|
Recentně aktivní L1 a B1 retrotransposony v myším genomu
Janoušek, Václav ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
Diplomová práce je zaměřena na studium dvou recentně aktivních rodin retrotransposonů v genomu myši domácí. Jsou to L1 a B1 retrotransposony. Cílem práce bylo najít polymorfní inserce vzniklé recentní aktivitou retrotransposonů. Byly srovnány genomy dvou inbredních kmenů odvozené od dvou odlišných poddruhů myši domácí. Částečně osekvenovaný genom kmene MSM/Ms odvozený od M. m. molossinus byl srovnán s referenčním genomem C57BL/6J odvozeným převážně od M. m. domesticus. Nalezené inserce byly zařazeny do několika podrodin B1 a L1 retrotransposonů. Následně byla pomocí PCR testována přítomnost/absence těchto insercí u všech tří poddruhů myši domácí a u dvou sesterských druhů (M. spretus a M. macedonicus). Jednotlivé rodiny se lišily na základě zastoupení u dvou sesterských druhů. Zástupci podrodin F2 a F3 patřící k L1 retrotransposonům přetrvávali v polymorfním stavu v populaci myši domácí i přes předpokládaný konec aktivity. Na rozdíl od nich se však podrodiny B1 retrotransposonů přes svoji aktivitu již dávno v minulosti zdají být aktivní i v současnosti. Na základě srovnání L1 a B1 se také ukázalo, že rodina L1 je v současnosti více aktivní než rodina B1.
|
|
| |
|
| |
|
|
Konflikty genů a speciace
Kropáčková, Lucie ; Munclinger, Pavel (oponent) ; Reifová, Radka (vedoucí práce)
V této bakalářské práci se budu zabývat genovými konflikty a jejich uplatněním při vzniku nových druhů. Genové konflikty mohou vést především k vytvoření postzygotické reprodukční bariéry mezi nově vznikajícími druhy. Příkladem takového konfliktu může být meiotický tah na pohlavních chromozomech, který vychyluje poměr pohlaví a zdá se, že hraje roli při vzniku hybridní sterility samců. Dalším příkladem může být genomový imprinting způsobující abnormální placenty a embryonální vývoj u mezidruhových hybridů. Koevoluční zápas mezi cytoplazmatickými a jadernými geny může být příčinou sterility pylu u hybridů rostlin. Podobně navozuje vnitrobuněčná bakterie Wolbachia cytoplazmatické nekompatibility u živočichů. Také mobilizace transpozonů může vést k poruchám ve vývoji hybridů.
|
|
| |
|
| |
|
|
Genetická struktura izolovaných populací hýla rudého (Caprodacus erythrinus)
Šašková, Lucie ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
Diplomová práce se zabývá původem a demografickými charakteristikami geograficky izolovaných, nedávno vzniklých populací hýla rudého (Carpodacus erythrinus) na západním okraji areálu druhu. Práce je zalo.ena na nově získaných sekvencích dvou úseků mitochondriální DNA (410 páru bazí dlouhá sekvence kontrolní oblasti a 1029 dlouhá sekvence genu ND2) zji.těných u 82 jedinců ze 13 lokalit a jejich srovnáním s publikovanými sekvencemi z kontinuálního areálu. Zjistila jsem, .e geograficky izolované populace ze střední a severní Evropy nejsou významně geneticky izolované od populací kontinuálního areálu. Nově vzniklé populace také vykazují překvapivě vysokou diverzitu srovnatelnou s asijskými populacemi. Tato zji.tění nasvědčují intenzivnímu toku genů mezi populacemi zprostředkovanému pravděpodobně převá.ně disperzí mladých ptáků před prvním zahnízděním. Navzdory intenzivnímu toku genů mezi kontinuálním areálem a středo- a severoevropskými izolovanými populacemi hýli z Kavkazu, Bulharska a Turecka utvořili jasně oddělenou skupinu, která byla podpořena na základě několika typů analýz. Zdá se tedy, .e jedinci z těchto oblastí mohou mít vlastní oddělené zimovi.tě, komunikují jen minimálně se zbytkem areálu a díky tomu jsme zde zřejmě svědky počínající speciace. Klíčová slova: Hýl rudý (Carpodacus...
|
|
| |
|
| |
|
|
Využití B2 inzercí pro populační genetiku myší
Kubešová, Lenka ; Macholán, Miloš (oponent) ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce)
1. Prolog Nejvíce zkoumaným savcem (s výjimkou člověka) je drobný živočich, všemi velice dobře známý a provázející člověka odnepaměti. Je to domácí myš. Narozdíl od obrovského množství poznatků o inbredních kmenech myší kupodivu doposud stále víme poměrně málo o jejich blízkých příbuzných - volně žijících domácích myších. Zvláště chybí data o genetické struktuře populací na vyšší škále (na úrovni celých kontinentů). Na této škále se v současné době pro studium populační genetiky využívá převážně mitochondriální DNA (mtDNA) díky svým unikátním vlastnostem (jednoduše izolovatelná, nerekombinující, až na vzácné vyjímky uniparetálně děděná a u obratlovců rychle se vyvíjející). Pro zjevné limitace mtDNA jako markeru (jedná se jen o maličký kus genomu navíc vypovídající jen o mateřském původu) a nejednoznačným výsledkům vyvstává potřeba nalézt pro studium populační genetiky myší vhodné markery z jiných částí genomu. Nejvhodnější možností se jeví být markery založené na SINE elementech. SINE (short interspersed elements) jsou úseky DNA, které se nacházejí v genomech obratlovců (běžně se vyskytující u savců, zejména primátů, hlodavců a kopytníků) ve vysokém počtu navzájem si podobných kopií rozmístěných na různých místech genomu. SINE elementy mají jako markery pro populační genetiku několik výhod. Jejich hlavními...
|
host ::
RSS.