|
|
Kryptická diverzita u sladkovodní řasy Synura sphagnicola (Chrysophyceae, Stramenopiles)
Slámová, Pavla ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Dvořák, Petr (oponent)
Synura sphagnicola se vyskytuje v oligotrofních mírně kyselých sladkých vodách. V rámci tohoto nominálně definovaného druhu nebyla zaznamenána přítomnost kryptické diverzity. Známé sekvence SSU rDNA vykazují jen velmi malé rozdíly. Předpokládala jsem ale, že pokud vnitrodruhová kryptická diverzita existuje, variabilita by se projevila ve struktuře ITS regionu. Získala jsem 36 sekvencí ITS regionu S. sphagnicola z Evropy a 1 z Koreje. V rámci tohoto úseku jsem zaznamenala rozdíly signalizující jasné rozdělení izolátů do dvou druhů (pracovně označených jako SP1 a SP2). Morfologické analýzy 14 kultivovaných kmenů (6 z linie SP1 a 8 z linie SP2) potvrdily rozdělení na základě genetických rozdílů. Prokázaly se signifikantní rozdíly mezi 4 měřenými morfologickými znaky (délka šupiny, šířka šupiny, délka ostnu, délka rimu). Nejznatelnější rozdíly jsou mezi délkami ostnu, který je připevněn k šupině. Analýza šupin převzatých z publikací potvrdila, že dva druhy je možné rozlišit i v přírodních podmínkách. Dle analýzy náčrtků k popisu druhu S. sphagnicola jsem zjistila, že se jedná o druh SP2 (druh, který má delší ostny). Druh označovaný jako SP1 je pravděpodobně ještě nepopsaným druhem. Přestože oba se oba druhy mohou vyskytovat v jednom habitatu, analýza ekologických podmínek lokalit, odkud byly pořízeny...
|
|
|
Využití environmentálního sekvenování pro studium diverzity eukaryot
Lukešová, Soňa ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Škaloud, Pavel (oponent)
Bakalářská práce se zaměřuje na metodu environmentálního sekvenování a její využití při zkoumání diverzity eukaryotických mikrobů. Popisuje samotnou metodu, její mechanismus, možnosti použití i problémy s ní spojené. V práci je popsán současný pohled na fylogenetiku hlavních eukaryotických linií. Není opomenuta ani bližší charakteristika těchto linií. Pozornost je věnována zejména nově objeveným skupinám. Práce řeší příbuzenské vztahy uvnitř těchto skupin, shrnuje poznatky o jejich ekologii, potravních zdrojích a morfologii. Samostatná kapitola je věnována výskytu protistních skupin v extrémních podmínkách prostředí. Klíčová slova: Diverzita eukaryot, environmentální DNA, sekvenace, rRNA, fylogenetika.
|
|
|
Molekulární diverzita a druhový koncept aerofytické zelené řasy Trentepohlia (Ulvophyceae, Chlorophyta)
Šafránková, Michala ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Štifterová, Anna (oponent)
Tato bakalářská práce pojednává o zelených aerofytických řasách rodu Trentepohlia (Ulvophyceae, Chlorophyta). Nejprve se v ní zabývám obecným popisem čeledi Trentepohliaceae a rodu Trentepohlia, zejména morfologií, ultrastrukturou a rozmnožováním. Dále shrnuji poznatky z dostupné literatury o druzích rodu Trentepohlia, které rostou v České republice. Zabývám se též problematikou symbiotických vztahů těchto řas s různými organismy, i zvláštnostmi jejich růstu, které jsou spojené nejen s ekologickými důsledky. Nakonec v rešerši uvádím problematiku určování druhů pomocí tradičních morfologických metod a metod molekulárních. Z rešerše plyne, že rod Trentepohlia jsou zelené chlorofytní řasy v řadě aspektů zvláštní - zejména co do přítomnosti různých struktur v buňce (jako plasmodesmy, MLS, karotenoidy, atd.). Také se naskytl problém určování jednotlivých druhů. Druhy byly bezmála dvě stě let určovány podle morfologických znaků. Nicméně molekulární metody jsou s těmito tradičními metodami často v rozporu. Bude proto nutná reorganizace již na úrovni rodů. Klíčové je nalezení fylogeneticky relevantních morfologických určovacích znaků.
|
|
|
Kryptická a pseudokryptická diverzita spájivých zelených řas (Zygnematophyceae)
Kupčíková, Eva ; Šťastný, Jan (vedoucí práce) ; Škaloud, Pavel (oponent)
Tato bakalářská práce shrnuje nejpoužívanější druhové koncepty ve třídě Zygnematophyceae. Bude představena tato skupina řas, a v molekulární fylogenetice používané molekulární markery. Nejasnosti v taxonomii při definování druhů byly způsobeny velice rozličnou morfologií a odlišným pohledem autorů na determinaci druhu a jejich podjednotek. Spájivé řasy jsou skupinou jednobuněčných a mnohobuněčných řas. Vyskytují se často ve sladkovodních habitatech. Krásivky jsou důležitým bioindikátorem kvality vod. Používají se při hodnocení conservation value. Proto je důležité mít druhy dobře definované. Při odhalování (pseudo)kryptických druhů v rodech Micrasterias nebo Xanthidium byla použita kombinace metod molekulární fylogenetiky, elektronové mikroskopie a geometrické morfometriky. Geometrická morfometrika pomohla najít důležité detaily pro určení pseudokryptických druhů. Klíčová slova: kryptická a pseudokryptická diverzita, konjugace, krásivky, Micrasterias, Euastrum, Xanthidium, molekulární fylogenetika, taxonomie, geometrická morfometrika, biogeografie, zelené řasy
|
|
|
Význam křemičitých struktur pro chromistní mikroorganismy.
Nováková, Dora ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Němcová, Yvonne (oponent)
Křemík je jedním z nejčastějších prvků zemské kůry. V důsledku eroze se uvolňuje v rozpustné formě do prostředí, odkud jej organismy získávají a zabudovávají do svých těl procesem zvaným biosilicifikace. Organismy s touto schopností jsou velmi rozšířené a to jak svou pozicí ve fylogenetickém stromu eukaryot, tak svou početností v přirozených ekosystémech. Celý globální biogeochemický cyklus křemíku je právě také řízen biosilicifikujícími organismy. U mikroorganismů v rámci linie Chromista se křemík ukládá do membránou obalených kompartmentů zvaných silikon- depozitní váčky, ve kterých se následně prostřednictvím důmyslně řízených buněčných procesů tvoří výsledné křemičité struktury. Rozdíly v procesu depozice křemíku mezi zástupci různých linií naznačují, že se tato schopnost vyvinula v rámci linie Chromista nezávisle opakovaně. Mezi nejčastější křemičité struktury patří šupiny, ostny, schránky, kostry a cysty. Analogické struktury nezřídka vznikají i u zástupců nepříbuzných skupin prostřednictvím konvergentního vývoje. V rámci některých liníí skupiny Chromista došlo naopak k druhotnému potlačení schopnosti biosilicifikace. Je proto pravděpodobné, že křemičité struktury mají funkční význam a jednotlivé linie čelily v evoluci "trade-off" mezi energetickou náročností na jejich udržování a selekčními...
|
|
|
Morfologická a molekulární charakterizace anaerobních zástupců rodu Andalucia (Excavata: Jakobida)
Táborský, Petr ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Škaloud, Pavel (oponent)
Eukaryotické organizmy jsou dnes řazeny do zhruba třiceti skupin, existuje ale i řada organizmů, u kterých si nejsme jisti, kam je na eukaryotickém stromu umístit. Tato práce se zabývá druhově malou, ale evolučně významnou protistní skupinou jakobidů patřící do říše Excavata. Společně se skupinami Heterolobosea, Euglenozoa a Tsukubamonadida tvoří skupinu Discoba, patřící do eukaryotické superskupiny Excavata. Zástupci jakobidů jsou důležití především svým složitým mitochondriálním genomem. Ten svoji strukturou připomíná původní α-proteobakteriální genom samostatně žijícího předka mitochondrie. Někteří zástupci jakobidů mají však mitochondriální genom zjednodušen, zástupci jakobidů jsou tak potencionálním kandidátem pro modelovou skupinu pro studium evoluce mitochondrie. Zatím je však znám pouze malý počet jakobidů a pro detailnější studium evolučních otázek je potřeba znát fylogenezi dané skupiny. Tato práce se soustředí na rozšíření znalostí druhové bohatosti rodu Andalucia. Celkem bylo do kultury převedeno 20 nových kmenů rodu Andalucia, u kterých se povedlo určit sekvence SSU rDNA, a také se z těchto kmenů podařilo získat morfologická data. Díky provedené fylogenetické analýze můžeme prohlásit, že druh Andalucia incarcerata se rozpadá na tři linie. Morfologicky jsou sice tyto linie jen velmi...
|
|
|
Reprodukční izolace kryptických druhů protist
Jelínková, Lucie ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Urbánková, Pavla (oponent)
Systematická a evoluční biologie se už od počátku své existence snaží definovat druhovou kategorii či taxon. Určité taxony jsou shledávány druhy na základě nejrůznějších kritérii, tedy na základě různých druhových konceptů. Nejvíce takovýchto konceptů vzniklo v minulém století. Biologický druhový koncept byl desetiletí považován za nejzásadnější. Byl založen na přítomnosti reprodukční isolace dvou druhů. Jeho aplikovatelnost byla ovšem zpochybněna zjištěním, že existuje velké množství i starobylých asexuálních linií a také linií sexuálních s vysokou mírou hybridizace mezi uznávanými druhy. Tato práce se pokouší popsat biologický druhový koncept a jeho změny v průběhu času. A taktéž se pokouší vyřešit otázku jeho současné požitelnosti pro protista.
|
|
|
Biogeografie, diverzita a substrátová specificita aeroterestické zelené řasy rodu Klebsormidium (Streptophyta)
Ryšánek, David ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Mareš, Jan (oponent)
Vláknitá aeroterestrická řasa rodu Klebsormidium se nachází v širokém spektru prostředí, tj. od sladkovodního po terestrické. V poslední době používání molekulárních metod u tohoto rodu vedlo k zjištění, že diverzita je daleko větší, než se na základě morfologie předpokládalo a že druhový koncept založený na tradiční morfologii je nedostatečný. Proto jsem se pokusil jednotlivé fylogenetické linie vymezit, jak na základě biogeografického rozšíření, tak na základě ekologických preferencí. Dalším cílem mé práce bylo zjistit, zda i u aeroterestriké řasy platí ubikvitní teorie, protože doposud nebyla provedena žádná studie aerofytické řasy, která by se věnovala problematice biogeografického rozšíření protist. To jsem studoval na základě chloroplastového molekulární markeru rbcL. Na základě získaných dat jsem zjistil, že geografické vymezení u linií rodu Klebsormidium se ukazuje být nepoužitelné z důvodu kosmopolitního výskytu nalezených genotypů. Ale na získaných datech ze substrátové specificity se ukazuje, že v rámci rodu Klebsormidium určité ekologické preference existují a jejich použití k vymezení druhů se jeví vhodné.
|
|
|
Fylogenetická struktura společenstev krásivek
Bestová, Helena ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Mareš, Jan (oponent)
Abstrakt Tato diplomová práce se zabývá procesy formujícími rašeliništní společenstva krásivek. K zodpovězení otázky, jakými procesy jsou společenstva utvářena, využívá studia fylogenetické struktury těchto společenstev. Právě fylogenetická struktura propojuje ekologii společenstev a informace o evoluční historii druhů tato společenstva tvořících. Celkem bylo analyzováno 89 rašeliništních společenstev krásivek. Většina společenstev byla fylogeneticky strukturovaná, což svědčí o tom, že jsou strukturovaná klasickými nikovými procesy, jako jsou například kompetice a environmentální filtrování. Použití informace o environmentálních parametrech lokalit odhalilo vliv pH na jejich strukturu. Nízké pH představuje pro krásivková společenstva silný stres a filtruje společenstvo ve prospěch blíže příbuzných druhů. Při vyšším pH tento environmentální filtr povolí a společenstva jsou strukturovaná kompeticí, která eliminuje blízce příbuzné druhy, Výsledkem je vytvoření fylogeneticky rozptýlených společenstev. Jiné faktory jako například konduktivita a geografická vzdálenost neměly na fylogenetickou strukturu společenstev vliv. Klíčová slova: fylogenetická struktura, krásivky, Desmidiales, environmentální filtrování, pH
|
|
|
Biogeografie a specifita fotobiontů rodu Asterochloris
Řídká, Tereza ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Vondrák, Jan (oponent)
Tato práce se zabývá diverzitou a biogeografií fotobiontů rodu Asterochloris. Jelikož dosud nebyla publikována žádná studie, která by se biogeografií symbiotických organismů zabývala, je předkládaná práce první, která se pokouší zachytit biogeografickou distribuci a endemismus symbiontů. Získáním 121 sekvencí z dalších míst, než jen z Evropy a Ameriky, se diverzita v rámci rodu výrazně zvýšila. Fylogenetická analýza založená na kombinaci ITS rDNA a aktin sekvencí fotobiontů vyizolovaných ze stélek lišejníků rodu Cladonia a Stereocaulon objevila 28 různě podpořených linií. Osm z nich bylo nově objeveno. Na základě statistického testování fylogenetického signálu možných ekologických faktorů, které mohou ovlivňovat rozšíření fotobiontů, jsem vybrala tři proměnné, které ovlivňují složení jednotlivých linií rodu Asterochloris, a to dva různé typy biogeografických ekoregionů a typ substrátu. Celková biogeografie rodu Asterochloris vykazuje převážně kosmopolitní rozšíření s velmi nízkou mírou endemismu. Nově získaná data ukazují, že omezený výskyt jakékoliv linie fotobiontů není způsoben historickými nebo biologickými faktory, ale je způsoben spíše specifickými klimatickými podmínkami a jinými prvky na habitatu.
|
host ::
RSS.