|
| |
|
|
Expresní profily vybraných kandidátních genů celiakie
Okruhlicová, Šárka ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Novota, Peter (oponent)
Úvod: Celiakie je multifaktoriální autoimunitní onemocnění, které je vyvoláno reakcí na gluten a s ním související proteiny u geneticky vnímavých jedinců. Genetické studie prokázaly vysokou asociaci celiakie s geny HLA (lidské leukocytární antigeny) II. třídy. Přibližně 90-95 % pacientů má HLA-DQ2 genotyp (DQA1*05/DQB1*02), zbývajících 5-10 % jsou nositeli HLA-DQ8 (DQA1*03/DQB1*03) nebo zdědili pouze jednu alelu genotypu HLA-DQ2. Přibližně 30 % zdravé populace má tento genotyp ale pouze u 1 % se vyvine celiakie. Pokud se u 30 % zdravých jedinců vyskytuje rizikový genotyp a nevyvine se u nich celiakie, může to být ovlivněno odlišnou mírou exprese u zdravých a nemocných jedinců. Cíle: Cílem bylo navrhnout a otestovat systém primerů a sond pro QPCR, který bude amplifikovat všechny vybrané alely HLA-DQA1 a HLA-DQB1 kandidátních genů rizikových pro celiakii a pomocí tohoto systému změřit relativní úroveň expresi rizikových genů u zdravých dárců a pacientů s celiakií. Metody: Do studie bylo zahrnuto 10 pacientů s recentní celiakií a 15 zdravých dárců, kteří byli vybráni z databáze Ústavu lékařské genetiky 3. LF UK na základě jejich genotypu HLA-DQA1 a HLA-DQB1. U pacientů byl nejprve zjištěn jejich genotyp HLA II. třídy pomocí sekvenčně specifických primerů. Z odebrané krve byla u obou skupin vyizolována...
|
|
| |
|
|
The use of molecular-biology methods (QRT-PCR) and immunocytological methods (flow cytometry and immunocytochemistry) for the detection of minimal residual disease in neuroblastoma
Grüncveigová, Veronika ; Vícha, Aleš (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
S rozvojem molekulárn -biologických metod se pozornost soust e uje na možnosti detekce minimální reziduální nemoci (minimal residual disease, MRD) u solidních nádor . V naší práci se soust edíme na d kaz p ítomnosti MRD u neuroblastom . Neuroblastom je nádor periferního sympatického nervového systému, který zahrnuje až desetinu všech d tských solidních nádor . Otázkou z stává, zda p ítomnost MRD v kostní d eni bude možné využít jako nezávislý prognostický znak. S tím je spojena i další otázka, jakou techniku je k jejímu prokázání nejvhodn jší použít, p ípadn jaký znak vyšet ovat. K detekci MRD u neuroblastom je možné využít n kolik metodických p ístup , které se odlišují nejen nákladností a pracností, ale zejména senzitivitou a specificitou. Detekují se nádorové bu ky v periferní krvi nebo v kostní d eni. Kostní d e je velmi astým místem metastatického postižení u neuroblastomu. P i vstupním vyšet ení kostní d en pomocí standardního cytomorfologického vyšet ení je pozitivita zachycena u více než 85 % p ípad neuroblastom vysokého rizika. Koncentrace nádorových bun k je však asto v kostní d eni nebo periferní krvi v hodnotách (p edevším v pr b hu terapie nebo po jejím ukon ení), které jsou hluboko pod detek ním limitem standardních vyšet ovacích metod: cytomorfologické vyšet ení, zobrazovací metody...
|
|
|
Vztah kardiovaskulárních mikroRNA k těhotenským komplikacím
Dalecká, Linda ; Hromadníková, Ilona (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
Během těhotenství se může objevit řada komplikací, které mohou mít vliv na vývoj plodu a posléze mohou dokonce ohrožovat jeho život a případně i život matky. Mezi takové komplikace patří například preeklampsie. Jedná se o hypertenzní poruchu, která se objevuje během těhotenství. Dalším příkladem je intrauterinní růstová retardace. Jedná se o stav, kdy plod není schopen dosáhnout geneticky daného růstového potenciálu. Oba patologické jevy jsou doprovázeny změnami v genové expresi mikroRNA v placentě, například miR-16, miR-21, miR-210. Právě poznatky o změnách v genové expresi mikroRNA by mohly představovat unikátní nástroj na poli neinvazivní diagnostiky těchto onemocnění, což by bylo přínosem i vzhledem k faktu, že obě diagnózy jsou zodpovědné za zvyšování mateřské a perinatální morbidity a mortality. Tato práce se zaměřuje právě na mikroRNA, jejich expresi ve výše zmíněných patologických stavech a výhody, které může přinášet v jejich diagnostice. V práci jsou popsány tato dvě onemocnění, je zde charakterizována mikroRNA a její biogeneze. MikroRNA jsou pro nás zajímavé jako potencionální biomarkery pro neinvazivní prenatální diagnostiku právě proto, že se mohou vyskytovat v tělních tekutinách, jako je plazma, mateřské mléko nebo plodová voda, a nepodléhají okamžité degradaci. Klíčová slova:...
|
|
|
Predikce diabetes mellitus 1. typu pomocí expresního profilu periferních leukocytů
Šornová, Veronika ; Kotrbová - Kozak, Anna Katarzyna (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
Úvod: Diabetes 1. typu (T1D) je autoimunitní onemocnění, kdy buňky vlastního imunitního systému napadají β-buňky pankreatu. Tím že dojde k destrukci β-buněk, tak nedojde k tvorbě inzulínu, který slouží ke snižování hladin cukru v krvi. Jedná se o komplexní onemocnění, kdy na jeho patogenezi se účastní jak genetické faktory tak i vnější prostředí. Navíc v posledních letech narůstá počet jedinců s T1D na celé planetě. Cíle: Cílem této diplomové práce je zjistit zda lze využít expresní profil kandidátních genů BACH2, CDC20, IGLL3P, EIF3A a TXNDC5, které se určitým způsobem podílejí na vývoji buněk imunitního systému nebo tvorbě inzulínu, za účelem predikce onemocnění T1D. Dalším cílem je porovnat expresi kandidátních genů mezi dětmi (první záchyt onemocnění) a dospělými (dlouhodobější projev T1D). Posledním cílem je porovnat expresi jednotlivých kandidátních genů u jedinců s rizikovými HLA alely DR04, DR03, DQA*05:01 a DQB*0302. Metody: Z krve pacientů s T1D a ZK byla izolována DNA a RNA. Získaná DNA byla využita k HLA genotypizaci. RNA byla po izolaci přepsána do cDNA pomocí reverzní transkripce a poté použita na real-time PCR pro zjištění relativní úrovně exprese mRNA kandidátních genů. Závěr: Byly pozorované signifikantní rozdíly v expresi genů BACH2, CDC20 a TXNDC5 mezi nemocnými dětmi a nemocnými...
|
|
|
Minoritní formy spinální svalové atrofie
Metelcová, Tereza ; Šolc, Roman (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
Spinální svalová atrofie (SMA, spinal muscular atrophy) je nervosvalové onemocnění. Toto onemocnění postihuje nervové buňky v míše a mozkovém kmeni a způsobuje tak svalovou slabost. U některých forem SMA může dojít k poškození periferních nervů. Nejvýraznějším rozdílem v patologii SMA vznikajících na úrovni míchy a na bázi postižení periferního nervstva je zhoršení senzorických schopností, snížení schopnosti čití, v důsledku poškození senzorických nervů. Zatím je známo 29 forem SMA, které se liší geneticky, věkem nástupu onemocnění, závažností projevů a dobou dožití. Mutace minoritních forem SMA jsou velmi rozmanité. Mutované geny, které způsobují jednotlivé formy SMA se nacházejí na patnácti různých chromozomech, včetně chromozomu X. Klinická podstata SMA je u většiny forem podobná. Některé formy mají mimo svalovou slabost další charakteristický projev. Dosud není u všech forem SMA plně známa jejich genetická příčina.
|
|
|
Metody molekulární cytogenetiky: vývoj, rozbor, srovnání
Budková, Kateřina ; Šolc, Roman (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
Cytogenetika je věda zabývající se strukturou a funkcí chromosomů a to zejména v průběhu buněčného dělení. Chromosomální abnormality, které při tomto dělení mohou vznikat, jsou často spojeny se vznikem různých onemocnění. Cytogenetické metody slouží tak především k detekci těchto abnormalit. Zatímco klasické metody umožňovaly po dlouhá léta rozlišení na úrovni celých chromosomů, zavedení nových molekulárních metod vedlo k výraznému zpřesnění těchto analýz. Dnešní metody umožňují snadnou analýzu chromosomů až na úrovni jednotlivých sekvencí. I přes značné rozdíly mezi klasickými a moderními cytogenetickými metodami, nejsou klasické cytogenetické metody zatracovány, ale stále jsou široce používány. Výjimkou není ani kombinování klasických a molekulárních metod s cílem získání komplexní analýzy chromosomových přestaveb.
|
|
|
Evoluční aspekty Alzheimerovy choroby. V hlavní roli apolipoprotein E
Škubica, Patrik ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Jirák, Roman (oponent)
Alzheimerova choroba patří především kvůli svým společenským a ekonomickým dopadům k nejdiskutovanějším onemocněním současnosti. Zatímco molekulární a genetické podstaty podmiňující časnou formu tohoto onemocnění jsou relativně dobře známy, na rozvoji mnohem běžnější formy s pozdní dobou nástupu se podílí genetická rizika i faktory prostředí, jejichž interakce nebyly doposud zcela objasněny. Hlavním genem ovlivňujícím riziko rozvoje pozdní Alzheimerovy choroby je gen APOE pro apolipoprotein E. Ten se u člověka vyskytuje ve třech běžných variantách, které se v kódující sekvenci navzájem odlišují v jednom nukleotidu. Podobná odlišnost existuje i mezi lidskou a savčí variantou genu APOE, z níž se jednotlivé lidské varianty postupně vyvinuly. Tato práce hovoří o možných scénářích evoluce genu APOE a shromážděné informace dává do souvislosti se současnými poznatky o podstatách vzniku Alzheimerovy choroby.
|
|
|
Strukturní aberace lidského chromozómu 22 a jejich klinické následky
Darášová, Alžběta ; Šolc, Roman (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
Strukturní aberace vznikají v důsledku chromozomových zlomů, na které navazuje určitá přestavba. V lidském genomu vznikají každý den tisíce drobných mutací, které jsou díky reparačním opravným mechanismům opravovány do původní podoby. V důsledku špatných oprav mohou u člověka vznikat delece, duplikace, translokace a další změny, které často vyvolávají různá lidská onemocnění a syndromy. Chromozom 22, druhý nejmenší chromozom v lidském genomu, podléhá těmto mutacím velmi snadno díky jeho rozsáhlým rekombinantním sekvencím tzv. LCRs, které spolu sdílejí až 98% homologie. Přestože se řadí mezi malé akrocentrické chromozomy, obsahuje mnoho důležitých, strukturních, genů a právě díky zlomům v nich dochází ke vzniku závažných onemocnění. Nejznámějším onemocněním způsobeným delecí v úseku 22q11 je DiGeorgeův/Velokardiofaciální syndrom, který se vyskytuje s frekvencí 1:4000. Vzácnějším, ale neméně důležitým onemocněním, tvořené aberacemi v pásmu 22q11.2, charakterizovaým očním kolobomem, anální atrézií a také srdečními vadami či mentální retardací, je syndrom Cat eye. Reciprokými translokacemi na chromozomu 22 vzniká například Emanuelův syndrom, který se vyznačuje nadpočetným derivovaným chromozomem 22 a nadbytek tohoto genetického materiálu narušuje normální průběh vývoje. Další reciprokou translokací...
|
host ::
RSS.