|
|
Hlavní strukturní protein myšího polyomaviru: interakce s buněčnými strukturami
Horníková, Lenka
Myší polyomavirus (MPyV) je malý neobalený DNA virus. I když je tento virus zkoumán již více než 50 let, stále zůstává nezodpovězená otázka, jak virus dopraví svou genetickou informaci do jádra nebo jakým mechanismem jsou sestavovány viriony v infikovaných buňkách. V první části práce jsme se zaměřili na charakterizaci endocytické dráhy, kterou využívá myší polyomavirus k dopravě genetické informace do blízkosti jádra. Pomocí dominantně negativní mutanty kaveolinu 1 jsme ukázali, že internalizace a efektivní infekce MPyV není závislá na kaveolinu 1. MPyV při vstupu do buňky využívá časné endozomy. Pro produktivní infekci je nezbytné kyselé pH endozomů. Zabránění vstupu viru do časného endozomu (dominantně negativní mutanta GTPázy Rab 5) nebo zvýšení pH endozomů (chloridem amonným nebo bafilomycinem A1) vedla k drastickému snížení infektivity MPyV. Alkalizace endozomů měla za následek zadržování virionů v časných endozomech, což naznačuje, že virus je dále transportován do pozdního endozomu. Pomocí metody FRET jsme potvrdili, že MPyV je v perinukleárním prostoru lokalizován v recyklujících endozomech. Dalším, dosud málo charakterizovaným dějem životního cyklu MPyV je morfogeneze virionu. Jaderné a celobuněčné lyzáty infikovaných buněk nebo buněk transientně produkujících hlavní kapsidový protein MPyV, VP1,...
|
|
|
Hlavní strukturní protein myšího polyomaviru: interakce s buněčnými strukturami
Horníková, Lenka ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Němečková, Šárka (oponent) ; Mělková, Zora (oponent)
Myší polyomavirus (MPyV) je malý neobalený DNA virus. I když je tento virus zkoumán již více než 50 let, stále zůstává nezodpovězená otázka, jak virus dopraví svou genetickou informaci do jádra nebo jakým mechanismem jsou sestavovány viriony v infikovaných buňkách. V první části práce jsme se zaměřili na charakterizaci endocytické dráhy, kterou využívá myší polyomavirus k dopravě genetické informace do blízkosti jádra. Pomocí dominantně negativní mutanty kaveolinu 1 jsme ukázali, že internalizace a efektivní infekce MPyV není závislá na kaveolinu 1. MPyV při vstupu do buňky využívá časné endozomy. Pro produktivní infekci je nezbytné kyselé pH endozomů. Zabránění vstupu viru do časného endozomu (dominantně negativní mutanta GTPázy Rab 5) nebo zvýšení pH endozomů (chloridem amonným nebo bafilomycinem A1) vedla k drastickému snížení infektivity MPyV. Alkalizace endozomů měla za následek zadržování virionů v časných endozomech, což naznačuje, že virus je dále transportován do pozdního endozomu. Pomocí metody FRET jsme potvrdili, že MPyV je v perinukleárním prostoru lokalizován v recyklujících endozomech. Dalším, dosud málo charakterizovaným dějem životního cyklu MPyV je morfogeneze virionu. Jaderné a celobuněčné lyzáty infikovaných buněk nebo buněk transientně produkujících hlavní kapsidový protein MPyV, VP1,...
|
|
|
Studium stresu v endoplazmatickém retikulu
Červenka, Jakub ; Schierová, Michaela (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Akumulace nesbalených nebo nesprávně sbalených proteinů v endoplazmatickém retikulu (ER) vede ke stresu v ER a k aktivaci buněčné odpovědi na nesbalené proteiny (UPR). Studie z posledních let ukazují, že stres v ER, respektive UPR, jsou spojeny s mnoha onemocněními, jako jsou například cukrovka, žloutenka typu C, prionová onemocnění, různé typy nádorů, Alzheimerova, Parkinsonova či Huntingtonova choroba, ale také s fyziologickými procesy, jako je diferenciace různých buněčných typů. U kvasinky Saccharomyces cerevisiae při UPR dojde k oligomerizaci, transautofosforylaci a aktivaci proteinu Ire1, který vystřihuje intron z HAC1 mRNA. Sestřižená forma proteinu Hac1 je transkripční faktor, který spouští transkripci genů pro chaperony ER, proteiny ERAD, syntézy lipidů a další proteiny, jejímž cílem je obnovit homeostázi v ER. U savců je UPR komplexnější a kromě evolučně dobře konzervované Ire1 dependentní dráhy zahrnuje ještě dráhy závislé na proteinech Perk a Atf6, které u kvasinek nejsou. Přesto přinejmenším protein Perk je aktivován a regulován podobně jako Ire1 u S. cerevisiae. S ohledem na široké spektrum metod pro genetickou manipulaci, rychlý růst a dobrou anotaci genomu je kvasinka S. cerevisiae vhodná jako modelový organismus pro studium základních mechanismů UPR u savců.
|
|
|
Epigenetická regulace genů HLA II. třídy a jejich role u autoimunitních onemocnění.
Čepek, Pavel ; Kotrbová - Kozak, Anna Katarzyna (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Abstrakt Úvod: Diabetes mellitus 1. typu (T1D) je multifaktoriální autoimunitní onemocnění, jehož incidence v Evropě neustále roste. Největší genetické riziko T1D je spojováno s geny HLA (lidské leukocytární antigeny) II. třídy. HLA II. třídy hrají klíčovou úlohu při regulaci imunitní odpovědi. Podílejí se na selekci T buněčného repertoáru v thymu a na prezentaci antigenních peptidů CD4+ T lymfocytům. Exprese genů HLA II. třídy je regulována pomocí regulačních sekvencích, které se nacházejí 150 - 300 párů bazí před místem iniciace transkripce. Polymorfismy v těchto regulačních sekvencích souvisí s rozvojem některých autoimunitních onemocnění. V oblasti promotorové sekvence genu HLA DQA1 bylo identifikováno několik různých promotorů HLA DQA1 (pojmenované jako alely QAP). Alely QAP jsou uchovávány souhlasně s haplotypem. Alely QAP mají různou promotorovou sílu a ovlivňují expresi dané alely genu HLA DQA1. Promotorová síla alel QAP může být ovlivněna methylací DNA. Cíle: Našim cílem bylo určit methylační profil promotorů genu HLA DQA1 a stanovit expresi jednotlivých alel genu HLA DQA1 u pacientů s T1D. Metody: Do studie bylo zahrnuto 30 diabetiků 1. typu (věkové rozmezí 21 - 76 let). Nejprve byl zjištěn jejich genotyp HLA II. třídy (HLA DRB1, HLA DQA1 a HLA DQB1) pomocí sekvenčně specifických primerů....
|
|
|
Malé signální molekuly u kvasinek
Putalová, Tereza ; Váchová, Libuše (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Kvasinky vylučují do prostředí metabolity, z nichž některé mohou mít signální funkci. Mezi malé signální molekuly patří kromě jiných molekul amoniak, alkoholy, estery, kyseliny a CO2. Tyto látky mohou vznikat jako odpadní produkty metabolismu, např. některé alkoholy při katabolismu aminokyselin. Po vyloučení ovlivňují další/okolní buňky vazbou na receptory nebo působí na svůj cíl přímo v buňce a nebo mohou vytvářet koncentrační gradient případně gradient pH. Nové poznatky ukazují, že pomocí amoniaku se mohou kvasinky dorozumívat a diferenciovat v rámci kolonií. Farnesol, tyrosol a další molekuly používají kvasinky ke quorum sensing. Kvasinky rovněž sekretují vonné estery a mastné kyseliny. Vysoké koncentrace CO2 spouštějí přepnutí z kvasinkových buněk na hyfální formu. Tato práce shrnuje dosavadní informace o vzniku a působení vybraných molekul (amoniak, alkoholy, estery, kyseliny a CO2) v signalizaci kvasinek Saccharomyces cerevisiae a Candida albicans.
|
|
|
Minoritní proteiny viru hepatitidy typu C
Zeman, Jakub ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Virus žloutenky typu C (HCV) je hlavním původcem chronických onemocnění jater. Po celém světě je v současnosti více než 170 milionů chronicky infikovaných osob, u více jak 100 tisíc z nich se ročně rozvine hepatocelulární karcinom. HCV náležící do čeledi Flaviviridae je obalený jednořetězcový RNA virus s pozitivním vláknem (+ssRNA virus), jehož genom kóduje polyproteinový prekursor, z kterého vzniká pro štěpení buněčnými a virovými proteasami 10 virových proteinů. Mimo to je však virem kódován ještě minoritní protein v alternativním čtecím rámci. Tento protein vzniká v několika možných variantách posunem čtecího rámce či iniciací translace na vnitřních startovacích kodonech. Přes deset let výzkumu není jeho role in vivo v současné době známa. Ukazuje se, že pro robustní virovou translaci a replikaci jsou spíše než přítomnost minoritních proteinů důležité sekundární struktury v core oblasti genomu HCV. Mutace narušující tyto struktury můžou mít za následek zpomalení kinetiky virového cyklu, ale i, jak naznačuje nejnovější studie, zcela neobvyklý sérologický profil u pacientů a zvýšenou míru exprese minoritního proteinu.
|
|
| |
|
|
Úloha kaspázy 2 v indukci apoptózy nádorových buněk.
Schmiedlová, Martina ; Horníková, Lenka (oponent) ; Kovář, Jan (vedoucí práce)
Kaspáza 2 v prámci buňky pravděpodobně plní několik funkcí. Kaspáza 2 má schopnost podílet se na indukci apoptózy, dále pak schopnost podílet se na reparaci poškozené DNA či regulaci buněčného cyklu. Kaspáza 2 má znaky iniciačních i exekučních kaspáz. Podnětem pro aktivaci kaspázy 2 bývá mimo jiné oxidační stres a poškození DNA buňky. Kaspáza 2 je aktivována štěpením při interakci s proteinovými komplexy. Jeden z proteinových komplexů tvoří prokaspáza 2 s proteiny RAIDD a PIDD, čímž vznikne PIDDozóm, v jehož rámci se prokaspáza 2 aktivuje. Aktivní kaspáza 2 existuje ve dvou formách a to v krátké S formě a dlouhé L formě. Dlouhá L forma působí proapoptoticky na rozdíl od S formy, která má antiapoptotické účinky. S forma kaspázy 2 byla zatím prokázána pouze na úrovni mRNA, nikoli na úrovni proteinu. Hlavní úloha L formy kaspázy 2 spočívá v indukci apoptózy u normálních i nádorových buněk. Kaspáza 2 se v nádorových buňkách aktivuje vnější i vnitřní drahou indukce apoptózy. Indukce apoptózy kaspázou 2 se např. studuje v souvislosti s terapií nádorů prsu taxany. Schopnost kaspázy 2 indukovat apoptózu u nádorových buněk i v nepřítomnosti proteinu p53 se využívá v terapii nádorů včetně překonání rezistence k indukci apoptózy, která je podmíněná ztrátou aktivity proteinu p53. Kaspáza 2 se účastní indukce apoptózy...
|
|
|
Role of the tumour suppressor PML in DNA damage response and cellular senescence after genotoxic stress
Knoblochová, Lucie ; Hodný, Zdeněk (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Promyelocytický leukemický protein (PML) je nádorovým supresorem. Důležitým aspektem je jeho interakce s proteinem p53, která může způsobit aktivaci kontrolních bodů buněčného cyklu a při dlouhodobé signalizaci i rozvoj předčasné buněčné senescence. Buněčná senescence je stav trvalé zástavy růstu, který je spojen s morfologickými a metabolickými změnami a permanentní signalizací odpovědi na poškození DNA. Role proteinu PML při asociaci s lézemi poškození DNA a ve vývoji senescence je zatím nejasná. Cílem mé práce bylo charakterizovat protein PML v souvislosti s odpovědí na poškození DNA (DDR) a rozvojem senescence po genotoxickém stresu, a to rentgenovém záření, díky využití deplece PML pomocí technik siRNA-zprostředkovaného "knock-downu" a pomocí kompletního "knock-outu" (PML KO) PML v lidských buňkách. Dynamika lézí DNA, hladiny proteinů souvisejících s DDR a proliferační křivka byly měřeny pomocí metod imunoblotu a nepřímé imunofluorescence. Nebyly pozorovány žádné významné změny ve vytváření lézí DNA, aktivaci DDR (p53 a Chk2), aktivaci inhibitoru cyklin dependentních kináz p21CIP1/WAF1 , senescentní morfologii a aktivitě SA-β-galaktozidázy u PML KO buněk. Na druhou stranu, PML KO buňky vykazovaly vyšší hladinu retinoblastomového proteinu (Rb) a pomalejší proliferaci. Závěrem, PML protein hraje...
|
|
|
Regionální rozvoj a plošná ochrana souborů lidové architektury v obcích okresu Tábor.
HORNÍKOVÁ, Lenka
V roce 1995 bylo na základě zákona č. 20/1987 Sb. ve znění pozdějších předpisů prohlášeno 61 souborů lidové architektury vesnickými památkovými rezervacemi a 164 sídel vesnickými památkovými zónami. Cílem práce je zjistit, do jaké míry ovlivňuje rozvoj venkovského prostoru památková ochrana souboru lidové architektury ve vesnických památkových rezervacích a vesnických památkových zónách. Hlavním smyslem práce je ověřit výsledky památkové ochrany a postoje občanů, orgánů samosprávy i státní správy k této problematice a její důsledky pro rozvoj vybraných sídel. Výsledkem práce je navrhnout opatření k dalšímu rozvoji studovaných území vybraného okresu. Konkrétně se jedná o tyto rezervace a zóny: Klečaty, Komárov, Mažice, Vlastiboř, Zálší, Záluží, Bechyňská Smoleč, Nedvědice, Svinky.
|
host ::
RSS.