|
| |
|
|
Analýza síťového provozu pomocí zařízení NIFIC
Melo, Juraj ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Kořenek, Jan (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce popisuje příklady použití zařízení NIFIC na potlačení bezpečnostních rizik v počítačových sítích. NIFIC je bezstavový paketový filtr s hardvérovou akcelerací vhodný na nasazení do vysokorychlostních sítí. Práce obsahuje příklady, ve kterých je prezentováno použití tohoto zařízení, které ve spolupráci s dalšími bezpečnostními systémy dokáže zvýšit bezpečnost sítě, na které je nasazeno. Některé příklady jsou rozšířeny o popis jeho dalších užitečných vlastností, které zlepšují efektivitu správy a monitorování počítačových sítí.
|
|
|
Vyhledávání přibližných palindromů v DNA sekvencích
Remiáš, Richard ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Práca sa zaoberá problematikou vyhľadávania presných a približných palindrómov. V súvislosti s vyhľadávaním presných palindrómov analyzuje naivný postup vyhľadávania ako aj postupy založené na sufixových stromoch, ktorých konštrukcia je tiež rozobraná. Vyhľadávanie približných palindrómov je realizované za pomoci princípov dynamického programovania. Samotné vyhľadávanie je rozdelené na tri časti: vyhľadanie palindrómov, filtrácia výsledkov a ich rekonštrukcia. Každá časť je popísaná algoritmom a implementovaná programom v prílohe práce.
|
|
|
Akcelerace algoritmů pro porovnání řetězců na základě podobnosti
Voženílek, Jan ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je návrh a implementace architektury pro FPGA čipy akcelerující porovnávání dvou řetězců a jejich ohodnocení na podobnost. Použité postupy vycházejí z bioinformatických algoritmů, především Needleman-Wunsch a Smith-Waterman. Jednotka může díky obecnému návrhu a generickému zpracování v jazyce VHDL porovnávat libovolné sekvence znaků, což je úloha prostupující mnoha oblastmi informatiky od prohledávání databází (kde porovnání na podobnost umožňuje odhalit překlepy) po detekci nevyžádané elektronické pošty - spamu. V závislosti na specifikaci úlohy se může zrychlení oproti běžnému softwarovému řešení pohybovat v řádu stovek až tisíců.
|
|
|
Prostředí pro verifikaci DMA řadičů v jazyku SystemVerilog
Zachariášová, Marcela ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Puš, Viktor (vedoucí práce)
V dnešních hardwarových návrzích se verifikační techniky používají pro ověřování funkcionality dílčích komponent i komplexních systémů. Tato bakalářská práce se zabývá verifikací DMA řadičů. Jsou popsány teoretické principy verifikace v jazyce SystemVerilog a činnost DMA - přenos dat přes sběrnici bez účasti procesoru. Následuje úvod do praktické části verifikace řadičů, těžištěm práce je návrh verifikačního prostředí a následně samotná verifikace a její výsledky.
|
|
|
Hardwarová akcelerace šifrování
Hradil, David ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Kořenek, Jan (vedoucí práce)
Cílem této diplomové práce bylo vytvořit hardwarovou realizaci obvodu, která by představovala algoritmus AES. Motivací k vytvoření této realizace bylo urychlení vůči softwarovému šifrování. Urychlení je dosaženo pomocí speciálně navržených částí obvodu, které odpovídají jednotlivým operacím AES algoritmu. V prvním kroku bylo potřeba obvod navrhnout. V dalším kroku pak byl tento obvod popsán v jazyce VHDL. Dále pak následovala simulace a syntéza obvodu. Aby bylo možné dané hardwarové řešení porovnat se softwarovým zpracováním, byla za tímto účelem vytvořena SW implementace. Obě implementace byly vytvořeny pro platformu FITKit. HW implementace je vytvořena pomocí technologie FPGA a SW implementace pak pomocí mikrokontroléru. Výsledkem této práce pak bylo téměř tisícinásobné urychlení šifrování oproti klasickému softwarovému zpracování.
|
|
|
Analýza strukturních elementů DNA
Knytl, Marek ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem této diplomové práce je návrh a implementace nástroje trackAnalysis pro statistickou analýzu strukturních elementů na DNA. Pozice jednotlivých elementů v rámci genomu jsou získány v podobě stopy a nad těmito pozicemi poté nástroj provádí sadu analýz, mezi které patří test náhodnosti stopy, test vzdáleností stop od genů, klasifikace, detekce shluků a překryvů. Výsledky jednotlivých testů je možné navzájem propojit. Výsledek bude poté zobrazen ve formě výpisu, grafu, případně nové anotační stopy. Důležitou částí této práce je rovněž otestování výsledného nástroje na sadě reálných dat.
|
|
|
Implementace šifrovacích algoritmů v jazyku VHDL
Kožený, Petr ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Kořenek, Jan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá návrhem a implementací šifrovacích algoritmů AES a DES pro vestavěné systémy. Architektury jsou implementovány v jazyce VHDL a navrženy pro umístění do programovatelných logických polí FPGA. Výsledná řešení jsou určena pro obvody Xilinx Spartan 3. Obě architektury pracují v režimu ECB (Electronic Codebook) s použitím vyrovnávacích pamětí. Maximální propustnost navržené architektury DES je 370 Mb/s při pracovní frekvenci 104 MHz. Pro šifrování algoritmem AES je propustnost na maximální frekvenci 118 MHz až 228 Mb/s. Při porovnání se softwarovými implementacemi, určenými pro vestavěné systémy, dosáhly obě architektury podstatně vyšších propustností.
|
|
|
Systém interních sběrnic pro čipy s technologií FPGA
Málek, Tomáš ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá návrhem a implementací propojovacího systému interních sběrnic pro čipy s technologií FPGA. Systém zajišťuje jak komunikaci mezi interními komponentami v rámci čipu, tak jejich komunikaci s ostatními prvky počítače, které jsou namapovány do paměti hostitelského systému. Architektura vysokorychlostní plně duplexní paketově-orientované sběrnice vychází ze stromové topologie. Šířka datové sběrnice je genericky nastavitelná, individuálně pro každou její část. Díky tomu je možné vybudovat jednotný hierarchický systém sběrnic na různých rychlostech, který propojuje různě rychlé komponenty. Navržený propojovací systém byl implementován v jazyce VHDL a je nasazen v projektu Liberouter, který je součástí výzkumného záměru CESNETu Programovatelný hardware.
|
|
|
Zpracování a visualizace hmotnostních spekter
Beneš, Ondřej ; Bendl, Jaroslav (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Jedna z nových technik v oblasti analytické chemie, které nalézá stále více uplatnění v praxi, je zobrazovací hmotnostní spektrometrie. Díky její schopnost zaznamenat zastoupení látek ve vzorku při analýze tkáně však vznikají až GB dat a tyto data je nutné zpracovávat programově. Cílem této práce je vytvořit aplikaci pro zpracování a vizualizaci dat z nového standardu imzML. Součástí práce je stručný úvod do problematiky hmotnostní spektrometrie, konkrétněji pak typu MALDI TOF a jsou zde popsány některé metody předzpracování hmotnostně spektrometrických dat. V práci je také nahlédnuto na současný stav existující software a na základě požadavků spolupracující laboratoře je navržena a implementována nová aplikace nejen umožňující zobrazení dat, ale i jejich předzpracování jako jsou například metody vyhlazování dat Savitzky-Golay, interní kalibrace či vyhledávání píků pomocí spojité vlnkové transformace. K závěru jsou i některé ukázky vizualizovaných dat z reálných experimentů.
|
host ::
RSS.