|
| |
|
|
Úloha proteinu Whi3p při mitóze u Saccharomyces cerevisiae
Lazarová, Monika ; Schierová, Michaela (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
RNA vazebný protein Whi3p v kvasinkové buňce ovlivňuje celou řadu dějů, z nichž nejvýznamnější je regulace velikosti kvasinkové buňky při vstupu do S fáze. V nedávné době byla objevena souvislost mezi proteinem Whi3p a ploidií kvasinkové buňky. Bylo prokázáno, že v kmenech s absencí genu WHI3 (whi3Δ) dochází ke zvýšení ploidie. Protein Whi3p totiž ovlivňuje expresi genů kódujících podjednotky kohezinu a rovněž reguluje hladinu Nip100p na posttranskripční úrovni. Nip100p je důležitou součástí dynaktinového komplexu. Obě možnosti regulace úzce souvisejí se správným rozchodem chromozómů v průběhu anafáze mitotického dělení. Microarrayové a imunoprecipitační analýzy prokazují interakci Whi3p s více než 400 mRNA. Translací těchto cílových mRNA vznikají strukturní i regulační proteiny esenciální pro standardní průběh jaderného dělení. Konkrétní důsledky interakcí Whi3p s cílovými RNA nejsou známy, nicméně poukazují na dosud neznámou úlohu proteinu Whi3p při mitotickém dělení pučících kvasinek. Klíčová slova: Whi3p, RNA vazebný protein, dynaktinový komplex, regulační mechanismy v anafázi, Saccharomyces cerevisiae
|
|
|
Kvasinky při studiu neurodegenerativních chorob
Motyčková, Věra ; Schierová, Michaela (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Kvasinky jsou tradiční modelové organismy, které však lze - možná trochu překvapivě - využít i při studiu neurodegenerativních chorob, např. Parkinsonovy choroby, Alzheimerovy choroby nebo Huntingtonovy choroby. Těmito neurodegenerativními chorobami trpí především starší lidé, protože ve stáří dochází k úbytku kontrolních mechanismů v buňkách, což má na organismus patologický efekt. Spojujícím faktorem těchto onemocnění jsou příčiny patologické změny na buněčné úrovni, narušen je vezikulární transport, syntéza a degradace proteinů, v buňkách se zvyšuje oxidativní stres a produkce ROS. Hlavní příčinou těchto chorob je špatné skládání proteinů, které způsobuje tvorbu cytotoxických proteinových shluků. Byly připraveny kvasinkové kmeny, pomocí nichž je možné identifikovat geny a proteiny, které ovlivňují toxicitu těchto klíčových proteinů. Pokud tyto geny mají lidské orthology, jsou potenciálními terapeutickými cíly. Cílem této práce je shrnout metody studia příčin onemocnění na buněčné úrovni a hlavní výsledky výzkumu v kvasinkových modelech. Klíčová slova: kvasinky, modelový organismus, Parkinsonova choroba, Alzheimerova choroba, Huntingtonova chorea
|
|
|
Molekulární charakterizace rezistence k MLSb antibiotikům u kmenů Staphylococcus aureus a SCV Staphylococcus aureus od pacientů s cystickou fibrózou
Vařeková, Eva ; Melter, Oto (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Cystická fibróza (CF) je nejčastější autozomálně recesivní onemocnění v kavkazské populaci. Kolonizace dolních cest dýchacích (DCD) bakteriemi vede u pacientů s CF z důvodu narušených procesů přirozené slizniční imunity k chronické infekci a nevratnému poškození plic. V této práci bylo charakterizováno 338 kmenů S. aureus izolovaných v letech 2011-2013 z DCD 92 českých pacientů s CF. Metodou spa typizace a makrorestrikční analýzou pomocí PFGE byla zjištěna vysoká klonální heterogenita souboru. Výjimku tvořily klonálně téměř totožné kmeny MRSA (rezistentní k oxacilinu; 5% prevalence). Prevalence rezistence kmenů S. aureus k MLSB antibiotikům dosáhla v našem souboru 69 % a představuje závažný problém vzhledem ke klinickému použití této skupiny léčiv. U poloviny MLSB rezistentních kmenů nebyla detekována žádná determinanta rezistence (ermA, ermC, ermT, msrA). Sekvenováním ribozomálních genů byl v našem souboru prokázán neobvykle vysoký podíl kmenů s mutacemi v zásahových místech MLSB antibiotik (u 37 % pacientů), což je nová zásadní informace z analýzy kmenů od pacientů s chronickou stafylokokovou infekcí v ČR. Proto byla ověřena mutabilita těchto kmenů. Prozatím se podařilo detekovat u několika kmenů bodové mutace i delece v mutátorových genech mutS a mutL. Hypermutabilita by mohla vysvětlovat vysoký podíl...
|
|
|
Vzájemné ovlivnění růstu dvou blízkých bakteriálních kolonií - vliv signálních molekul a živin
Dobřemyslová, Mária ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Mezi blízko sebe rostoucími bakteriálními koloniemi jednoho druhu dochází k vzájemným interakcím ovlivňujícím jejich růst (jak velikost, tak i tvar). Efekty těchto interakcí na růst mohou být jak záporné, tak i kladné, a během vývoje kolonií se mohou proměňovat. Prvotní příčinou vzájemného ovlivnění je často soupeření o dostupné zdroje živin, produkce odpadních látek, či produkce a využívání společných "veřejných statků". Síla ovlivnění závisí na vnějších faktorech, jako je vzdálenost kolonií, tuhost a složení média, či možnost vzájemné výměny signálních molekul. V této bakalářské práci jsou popsány známé mechanismy vnitrodruhových interakcí, které mohou hrát roli v komunikaci mezi dvěma koloniemi. Blíže popsány jsou pak tři konkrétní případy ovlivnění dvou blízkých kolonií, které byly do dnešního dne jako jedny z mála podrobněji zkoumány. Dále jsou zde shrnuty metody měření velikosti kolonií a algoritmy použitelné k vyhodnocování vzájemného vlivu blízkých kolonií.
|
|
|
Interakce kovových nanočástic s mikroorganismy
Bubáková, Eliška ; Beranová, Jana (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Tématem této bakalářské práce jsou kovové nanočástice a jejich antibakteriální účinky. Nanotechnologiím byla v posledních letech věnována velká pozornost jak v odborných kruzích, tak v médiích. Některé kovové nanočástice vykazují prokazatelné antibakteriální účinky. V současné době, kdy narůstající rezistence patogenních bakterií k běžně užívaným antibiotickým látkám představuje závažný problém, by mohly být kovové nanočástice jedním z možných řešení. Interakce nanočástic s bakteriemi ale nebyly dosud detailně prostudovány a pochopeny. Je také zřejmé, že jejich působení je ovlivněno celou řadou fyzikální a biologických faktorů. Beze zbytku není prozkoumána ani jejich potenciální cytotoxicita pro eukaryotní organismy. Toto vše jsou důvody, proč má užití kovových nanočástic v praxi prozatím své limity. Tato práce shrnuje poznatky, které jsou o baktericidních účincích různých kovových nanočástic momentálně známé.
|
|
|
Houby asociované s tlejícím dřevem v temperátních lesích
Štercová, Lucie ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Dřevokazné houby jsou důležitou součástí všech lesních ekosystémů. Na jejich činnosti je závislá řada dalších organismů, které využívají látky produkované během tlení dřeva. Enzymy, které dřevo rozkládají, představují pro houby nepostradatelný nástroj při přeměně strukturních látek dřeva, až na vodu a oxid uhličitý. To z nich dělá esenciální součást koloběhu uhlíku v přírodě. Dynamika společenstva hub na tlejícím dřevě je určena spektrem abiotických a biotických faktorů. Variabilita mikroklimatických podmínek, rozdíly ve vlhkosti dřeva a plynném režimu jsou určujícími stresovými faktory, které vymezují přítomnost druhů adaptovaných na takové podmínky. Důležitým faktorem, díky kterému se dá částečně predikovat složení společenstva, je stupeň rozložení dřeva a historie výskytu druhů na daném susbtrátu. Dalším ukazatelem, který může částečně vysvětlovat složení společenstva je způsob odumření stromu a typ tlejícího substrátu. Vývoj společenstva navazuje od primárních kolonizátorů, s vysokou tolerancí k nepříznivým podmínkám, přes sekundární kolonizátory, kteří mají schopnosti získat substrát nad primárními kolonizátory, ale vyžadují stabilnější mikroklimatické podmínky, až po pozdní kolonizátory, kteří jsou adaptovaní na stresové faktory v podobě nedostatku živin. Klíčová slova : Houby, tlející dřevo,...
|
|
|
Metabolismus methioninu a jeho role v buněčných procesech u Saccharomyces cerevisiae.
Pavelková, Eliška ; Zikánová, Blanka (vedoucí práce) ; Žáčková Suchanová, Jiřina (oponent)
Methionin je proteinogenní aminokyselina, kterou kvasi k , a rozdíl od sav ů, dokáží v případě jejího edostatku s tetizovat. Methio i je pro uňku epostradatel ý i z toho důvodu, že je výchozí molekulou pro S-Ade os l ethio i AdoMet . Te se účast í ios téz další h olekul, jako jsou apříklad pol a i e o ioti . AdoMet je do ore eth lové skupi při tra s eth lač í h reak í h protei ů a lipidů, čí ž se podílí a regula i elé řad u ěč ý h pro esů. Ačkoliv kvasi k ohou ethio i s tetizovat, je pro ě z e ergeti kého hlediska výhod ější přij out ho z e tra elulár ího prostředí. E tra elulár í ko e tra e ethio i u ted ovlivňuje e presi per eáz podílejí í h se a jeho tra sportu do uňk a zároveň ovlivňuje biosyntézu methioninu. Intracelulární dostupnost methio i u je o itorová a thiola í tRNA a a základě ožství thiolova é tRNA je pozitiv ě ovlivňová růst uňk a stár utí. Negativ ě je ovlivňová a ios téza methioninu, míra translace a metabolismus uhlíku. Nedáv o lo zjiště o, že za určitý h pod í ek u Saccharomyces cerevisiae nedostatek methioninu i dukuje autofagii ezávisou a hladově í a dusík, výraz ě zpo aluje růst a prodlužuje dožití u ěk. Studium úlohy methioninu v u ěč ý h pro ese h ůže v udou u přispět k lepší u po hope í dějů spoje ý h i s procesem stárnutí u lidí. Klíčová slova: Methionin, Saccharomyces...
|
|
|
Složení a aktivita mikrobiálních společenstev v půdě kontaminované těžkými kovy
Průchová, Pavla ; Kopecký, Jan (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Diplomová práce je zaměřena na změny v mikrobiálním společenstvu v půdě dlouhodobě kontaminované těžkými kovy. Na Příbramsku byly vybrány dvě lokality s různým stupněm zatížení. U vzorků půdy byla měřena respirační aktivita in vitro s přídavky různých zdrojů uhlíku a různých koncentrací kadmia. Hodnoty respirace ukázaly, že i při koncentraci kadmia 1000 mg.kg-1 je společenstvo životaschopné a přídavky substrátů ještě respiraci zvýšily. Ze vzorků půdy byla izolována environmentální DNA a byl amplifikován gen pro 16S rRNA aktinobakterií. Analýza polymorfismu délky terminálního restrikčního fragmentu ukázala jasný rozdíl mezi profily obou lokalit. U vzorků s přídavky substrátů došlo k různě výrazným posunům v profilu společenstva. Byla provedena kvantifikace celkových bakterií a aktinobakterií metodou kvantitativní PCR, na základě amplifikace části genu pro 16S rRNA. Ve více zatížené lokalitě je o něco více bakterií, ale téměř dvojnásobek aktinobakterií než v méně kontaminované lokalitě. Sekvenování amplikonů části genu pro 16S rRNA na platformě firmy Illumina ukázalo zvýšení podílu aktinobakterií a změny struktury jejich společenstva u více kontaminované lokality. Výsledkem je zjištění, že vyšší dlouhodobá kontaminace těžkými kovů zvyšuje respirační aktivitu i při navození stresových podmínek přídavkem kadmia...
|
|
|
Autofagie jako mechanismus adaptace kvasinek
Zieglerová, Leona ; Váchová, Libuše (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Autofagie je degradační cesta, zachovalá od kvasinek až po savce. Výjimečnost této cesty tkví v její funkci, uplatňuje se v buňce především za nepříznivých podmínek. Pomáhá buňce obstarávat esenciální živiny pro život, odstraňuje poškozené nebo nadbytečné organely, agregáty proteinů a pomáhá s jejich recyklací a udržuje stálé vnitřní prostředí. Těmito funkcemi může buňce prodloužit život a ta přečká nepříznivé podmínky. Autofagie může vyvolávat i buněčnou programovanou smrt typu II. Tato práce se zabývá popisem základního autofagního procesu, regulací a vlivem autofagie na adaptaci kvasinek k stresovým podmínkám. Také představuje jednotlivé druhy specifické autofagie. Pochopení mechanismu a regulace autofagie u kvasinek může pomoci se studiem autofagie u savců. U nichž poruchy této degradační cesty způsobují řadu onemocnění (především neurodegenerativních), autofagie také ovlivňuje vznik nádorů. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
host ::
RSS.