|
|
Studium interakcí hlavního strukturního proteinu polyomavirů se strukturami hostitelských buněk
Mrkáček, Michal ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Němečková, Šárka (oponent)
Hlavní strukturní protein VP1 je produktem pozdních polyomavirových genů a jedná se o největší a zároveň také nejvíce zastoupený protein celé polyomavirové kapsidy. Vzhledem k nízké kódující kapacitě polyomavirových genomů se uvažuje, že kromě strukturní role by protein VP1 mohl mít v pozdní fázi infekčního cyklu i řadu dalších funkcí. Právě na jejich studium je tato diplomová práce zaměřena. V případě proteinu VP1 myšího polyomaviru bylo pozorováno, že je schopen vázat se na strukturu buněčných mikrotubulů. Prvním cílem této práce bylo otestovat, jestli jsou pentamery proteinu VP1 schopny této vazby i bez účasti dalších buněčných (či virových) proteinů. Na základě in vitro experimentu můžeme říci, že se protein VP1 ke struktuře mikrotubulů váže velmi neefektivně. Druhým cílem této práce bylo připravit detekční systém, který by umožnil identifikovat potenciální interakční partnery proteinu VP1 polyomaviru BK. Proto byly připraveny expresní plazmidy produkující N a C koncově značený proteinVP1, jenžměl tu vlastnost,být v transfekovanýchbuňkáchbiotinylován. Pomocínásledné afinitní chromatografie byly izolovány celé proteinové komplexy, jež tento modifikovaný protein obsahovaly. Hmotností spektrometrií byly identifikovány jednotlivé izolované proteiny a po následné analýze a filtraci dat byl sestaven seznam...
|
|
|
Mechanismy vyloučení superinfekce u živočišných virů
Vlachová, Štěpánka ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Šmahel, Michal (oponent)
Virová interference se objevuje u homologních i heterologních virů a může významně ovlivnit infekci. Takovým ovlivněním může být i vyloučení superinfekce, které je jakýmsi obranným mechanismem využívaným napříč celou škálou virů. Vyloučení superinfekce může nastat v různých krocích replikačního cyklu viru. Ačkoliv se jedná o poměrně běžně se vyskytující funkci viru, většina mechanismů vyloučení superinfekce zatím není zcela objasněná. Stejně tak i proteiny, které se na vyloučení superinfekce podílejí, nejsou většinou známé. Tato práce je shrnutím dosavadních poznatků z oblasti virové interference živočišných virů, se zaměřením především na homologní interferenci a mechanismy vyloučení superinfekce. Výzkum fenoménu vyloučení superinfekce má velký potenciál pro vývoj nové antivirové léčby, diagnostiky virů a také pochopení interakcí mezi viry. Klíčová slova: Virová infekce, živočišné viry, homologní interference, vyloučení superinfekce, mechanismy vyloučení
|
|
|
Role buněčných chaperonů Hsp70 a Hsp90 v životním cyklu virů s DNA genomy
Žáčková, Sandra ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Poláková, Ingrid (oponent)
Molekulární chaperony jsou proteiny, které umožňují jiným proteinům zaujmout nativní konformaci a jsou esenciální pro přežívání buněk. Chaperony z rodiny Hsp70 váží nově vznikající a stresem denaturované proteiny, zabraňují jejich agregaci a umožňují jim zaujmout správnou konformaci. Účastní se skládání i rozkládání oligomerů a podílí se na transportu proteinů přes membrány. Chaperony z rodiny Hsp90 se na rozdíl od Hsp70 neúčastní sbalování nově vznikajících a denaturovaných proteinů. Váží proteiny, které se nachází v téměř nativní konformaci a umožňují jim zaujmout konformace charakteristické pro vazbu ligandu či interakci s dalšími proteiny. Tyto vlastnosti předurčují chaperony k využití v průběhu replikačního cyklu virů s DNA genomy. Při virové infekci je translatováno velké množství proteinů, které vyžadují asistenci chaperonů pro zaujetí správné konformace a skládání do oligomerních a makromolekulárních struktur. Chaperony se kromě skládání částic také účastní transportu genetické informace do míst replikace, rozvolňování částice nebo se přímo podílí na replikaci virové DNA. Proto vývoj specifických inhibitorů proti chaperonům slibuje možnost využití proti širokému spektru virových infekcí bez rizika vzniku rezistence a mohl by být i vítaným řešením v případě vypuknutí infekcí způsobených...
|
|
|
Evoluce hostitelské specificity ptačí chřipky
Divín, Daniel ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Ptačí chřipka je nebezpečné virové onemocnění, které ohrožuje zdraví zvířat i lidí a v současné době často vyvolává velké obavy související s hrozbou pandemie. Veterinární postupy v rámci limitace šíření infekce zahrnují usmrcení veškerého ptactva v okolí vypuknutí nákazy, čímž se snaží co nejvíce omezit hospodářské škody. Přitom je ale patrná značná variabilita v náchylnosti, průběhu a přenosu tohoto onemocnění u různých druhů. U modelových druhů (Anas platyrhynchos f. domestica a Gallus gallus f. domestica) můžeme pozorovat velký rozdíl v průběhu onemocnění související s rozdílnou výbavou imunitních genů. Informace o této variabilitě u ostatních druhů jsou neucelené a jejich množství je nedostačující. Hlavním cílem práce je proto shrnout poznatky o ptačí chřipce, o jejím vzniku, evoluci, diverzitě, šíření v přírodě a náchylnosti jednotlivých druhů k tomuto onemocnění.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Interakce proteinů viru hepatitidy B s mechanizmy přirozené imunity
Vávrová, Petra ; Hirsch, Ivan (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Cílem práce je provedení literární rešerše interakce proteinů viru hepatitidy B s mechanismy přirozené imunity. Důraz bude kladen na srovnání role virových proteinů před a po exportu z infikované buňky. Vzhledem ke klíčové roli cccDNA pro udržení HBV v lidském organizmu, bude studován vliv restrikčních faktorů na možnosti její destrukce a eradikace. V práci bude zohledněn vliv virových proteinů během akutní, chronické a okultní infekce.
|
|
|
Vliv posttranslačních modifikací minoritních proteinů a acetylace mikrotubulů na průběh infekce myším polyomavirem
Mariničová, Zuzana ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Saláková, Martina (oponent)
Virion myšího polyomaviru (MPyV) je složen z hlavního kapsidového proteinu VP1 a minoritních kapsidových proteinů VP2 a VP3. Minoritní proteiny nejsou nutné pro sestavení kapsidy, jsou ale klíčové pro infektivita virových částic. Tato práce se v první části zabývá modifikacemi VP2 a VP3, deamidací Asn na pozici 253 VP2 (137 VP3) a N-koncovou acetylací Ala VP3, které by mohly být důvodem dvojitých proužků VP2 a VP3 na SDS- PAGE. V minulosti byly připraveny mutantní genomy MPyV N253D (Asn nahrazen Asp) a N253E (Asn nahrazen Glu) simulující deamidaci a A117V (Ala nahrazen Val) se sníženou acetylací. Připravili jsme mutantní viry ve třech izolacích a potvrdili jsme, že deamidace je příčinou dvojitých proužků. Mutantní viry byly porovnány s divokým typem z hlediska efektivity infekce, vliv deamidace se ale nepodařilo prokázat. Virus s mutací A117V je neinfekční, důvodem může být snížení acetylace nebo aminokyselina na této pozici. Dále se tato práce zabývá vlivem acetylace -tubulinu na průběh infekce MPyV. Acetylace - tubulinu je studována z hlediska virové infekce z důvodu vývoje nových antivirových strategií. Po infekci MPyV se acetylace zvyšuje, není to ale důsledek změny exprese mRNA acetylačního (TAT1) nebo deacetylačního enzymu tubulinu (HDAC6). Inhibice HDAC6 pomocí tubacinu, specifického...
|
|
|
Význam molekul MHCI v protinádorové imunitě
Lhotáková, Karolína ; Poláková, Ingrid (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Povrchové glykoproteiny MHC I. třídy (MHC I) prezentují na svém povrchu antigenní peptidy, které jsou rozeznávány CD8+ T lymfocyty. Většina těchto peptidů pochází z degradace buněčných proteinů a CD8+ T lymfocyty na ně nereagují. V případě nádorového bujení dochází ke změnám exprese různých proteinů a objevují se i nové epitopy, což se projeví v repertoáru peptidů, které jsou vystaveny na molekulách MHC I. Peptidy pocházející z nádorových antigenů aktivují CD8+ T lymfocyty, které proti nádorovým buňkám zahájí řízenou imunitní odpověď. U většiny nádorů ovšem dochází ke snížení povrchové exprese molekul MHC I, což znemožňuje efektivní imunitní odpověď. K imunitní odpovědi vedené T lymfocyty dochází pouze proti nádorovým buňkám s dostatečnou expresí MHC I, čímž se selektují buňky se sníženou expresí MHC I. Toto snížení může být reverzibilního či ireverzibilního charakteru a kromě exprese genů pro lehký a těžký řetězec MHC I může postihovat zejména geny mašinerie zpracovávající antigeny (APM). Imunoterapeutika zaměřená na zvýšení povrchové exprese MHC I často vedou k jiným nepříznivým dopadům na imunitní systém. Objevuje se tedy snaha vyvinout takové imunoterapeutické postupy, které počítají se sníženou expresí MHC I a dokážou ji obejít, např. stimulací vrozené imunity.
|
host ::
RSS.