|
|
Effective Dynamic Programming in Bioinformatics
Franěk, Jaromír ; Hynek, Jiří (referee) ; Burgetová, Ivana (advisor)
Purpose of this thesis is to study principle of effective algorithms, that are using dynamic programming. Using this knowledge to create application demonstrating principle of effective algorithm of dynamic programming in bioinformatics and write a report summarizing results. Algorithms used in this thesis are solving DNA sequence alignment or RNA secondary structure prediction. These algorithms are compared between themselves based on different input values. For DNA sequence alignment are used algorithms such as Needleman-Wunch and X-drop. For prediction of secondary RNA structure is used Zuker algorithm, that should remove some of Nussin algorithm weaknesses and Nussin algorithm itself. Recursion is showed by recursion trees. Dynamic programming is showed by score matrix. User also have ability to compare speed of both approaches for given sequences. It is programmed as web application, that run on client's side. This ensure easy availability.
|
|
|
Suffix Trees Capabilities
Chlubna, Pavel ; Hynek, Jiří (referee) ; Burgetová, Ivana (advisor)
This thesis discusses structure of suffix trees, their implementation and problematics, we can solved with suffix trees. The thesis also focuses on construction of suffix trees, with usage of Ukkonen's algorithm. Apart of implementation of this structure this thesis deals with comparing other commonly used algorithms with suffix trees in term of time complexity. A result of this thesis is application with graphical interface, that shows usage of suffix trees in solving various problematics and shows comparison of this structure to other algorithms.
|
|
|
Graphical Visualization of Network Traffic Geographical Data
Kachlík, Jakub ; Holkovič, Martin (referee) ; Hynek, Jiří (advisor)
During ongoing Internet attacks is important to find out as much information about the attacker as possible and to pass this information clearly to the network administrator. The Flowmon monitoring system is currently able to determine the source destination of sent packets, group them into flows and write them into a table. The data visualized in this way are confusing to create a geographical analysis of the attack. The objective of this work is to create a web information dashboard that will display geographic visualizations of network traffic. It will provide more detailed and easier-to-understand analysis to users of the tools.
|
|
|
Design Patterns for User Interface of Customer Support
Jemelka, Matouš ; Pastushenko, Olena (referee) ; Hynek, Jiří (advisor)
This thesis is focused on increasing the efficiency of processing complex tasks by customer support employees. Employees of company Kiwi.com have been using insufficient information systems. The goal is to create design patterns for creating the user interface of an information system, which will be designed and developed incrementally. The information system will contain user interfaces, that will be optimized for the processing of individual tasks. Design patterns ensure its scalability, consistency, and facilitate system maintenance.
|
|
|
Workflow Support on the JavaScript Platform
Válka, Miroslav ; Hynek, Jiří (referee) ; Burget, Radek (advisor)
The goal of this bachelor thesis is to design and create simple workflow system for processing and managing business processes. The workflow system is based on one part of BPMN 2.0 specification, which is focused on business process model. Specifically, it focuses on private business processes. Developed simple workflow system is designed to operate on Node.js platform and its application interface is implemented using GraphQL. TypeScript language was chosen for implementation. This thesis also evaluates usability of GraphQL technology in combination with TypeScript language.
|
|
|
Information System of a Handball Club
Homa, Patrik ; Hynek, Jiří (referee) ; Bartík, Vladimír (advisor)
This thesis deals with the creation of an information system for a handball club. The information system is created as a web application implemented in PHP and using the Laravel framework. The thesis aims to create such an information system that will save administrative work for the representatives of the handball club and help them in leading the club. All functionality resulting from the real needs of the handball club. The main functions of the system are the registration of player statistics in matches, registration for club events and the registration of expenditure documents. The system was successfully created and tested.
|
|
|
Impact of Subjective Visual Perception on Automatic Evaluation of Dashboard Design
Hynek, Jiří ; Herout, Adam (referee) ; Kuric,, Eduard (referee) ; Hruška, Tomáš (advisor)
Analýza vlastností uživatelských rozhraní založená na použití metrik a kvantitativních pravidel grafického designu se zdá být slibným přístupem pro automatické hodnocení vizuální kvality uživatelských rozhraní. Přestože tento přístup nemůže plně nahradit uživatelské testování, může poskytnout dodatečné informace o možných problémech návrhu uživatelských rozhraní v počátečních fázích vývoje a ušetřit tím čas a výdaje v budoucnu. Příkladem je analýza použitých barev a rozvržení grafických elementů na obrazovce. Návrháři uživatelských rozhraní mohou měřit vlastnosti uživatelských rozhraní za použití známých metrik založených na analýze pixelů bitmapy (např. barevnost) nebo grafických elementů (např. vyvážení, symetrie). Problémem použití metrik nicméně je, že tento přístup zpravidla nezohledňuje subjektivní vnímání uživatelů (např. subjektivní vnímání barev nebo grafických elementů rozmístěných na obrazovce). Dnešní uživatelská rozhraní (jako například rozhraní dashboard) jsou komplexní. Skládají se z několika barevných vrstev, obsahují překrývající se grafické elementy, což může zvyšovat nejednoznačnost vnímání tohoto rozhraní uživateli. Může být proto komplikované vybrat takové grafické elementy, které odpovídají elementům rozpoznaným uživateli v souvislosti s principy shlukování vnímaných tvarů (jak je popsáno Gestalt psychologií). Vývoj objektivních metrik a kvantitativních pravidel grafického designu obvykle vyžaduje dostatečně velkou trénovací množinu vzorků uživatelských rozhraní anotovaných dostatečným počtem uživatelů. Tato práce se zaobírá automatickým ověřováním vzhledu uživatelských rozhraní dashboard. Práce kombinuje obecné znalosti týkající rozhraní dashboard s poznatky z oblasti vizualizace dat, vizuálního vnímání a ověřování kvality uživatelských rozhraní a následně zkoumá myšlenku automatického hodnocení vzhledu rozhraní dashboard s využitím metrik. Práce analyzuje vybrané metriky založené na analýze pixelů bitmapy a grafických elementů. Konkrétně zkoumá, jakým způsobem uživatelé rozpoznávají grafické elementy v rozhraních dashboard a výsledky aplikuje pro hodnocení schopnosti metrik (analyzujících grafické elementy rozhraní) objektivně rozpoznávat dobře navržené vzorky rozhraní dashboard. Dále představuje framework pro návrh a vylepšení metrik, který využívá pro vylepšení vybraných metrik. Následně navrhuje metodu pro segmentaci rozhraní dashboard do regionů, které mohou být použity jako vstupy pro tyto metriky. Závěrem práce porovnává vybrané metriky s hodnocením rozhraní uživateli a pokládá otázky vhodné pro budoucí výzkum.
|
|
|
CodAL Language Editor in Eclipse Framework
Hynek, Jiří ; Dolíhal, Luděk (referee) ; Přikryl, Zdeněk (advisor)
The Master thesis is focused on creation of an editor of CodAL language for the development toolkit of the project Lissom which is based on Eclipse framework. The goal of this thesis is to analyze the problem of editor creation and the features in existing editors which add some value to their usability. The outline of parser creation and subsequent code analysis of the source codes written into the editor is described in the theoretical part. It also explains the syntax and semantic aspects of the CodAL language. In the practical part the new CodAL language editor is designed and developed. The new CodAL language editor integrated into the development toolkit of the project Lissom is the final outcome of this thesis.
|
|
|
Software Pipelining in the LLVM Compiler
Glasnák, Ondrej ; Hynek, Jiří (referee) ; Masařík, Karel (advisor)
This thesis discusses a design and implementation of the Software Pipelining, a optimization technique of loops in a program, which tries to exploit instruction-level parallelism. It is achieved by scheduling instructions in a way to overlap iterations of the loop and therefore execute them in a pipeline. This way optimization speeds up the final program. There is a detailed description of design and implementation of Swing Modulo Scheduling algorithm, an effective and efficient method for finding near-optimal plans for software-pipelined loops. This work has been done as a part of a larger project, the development of Codasip Framework. Part of this framework is the retargetable C compiler based on compiler architecture LLVM, in which this work is implemented.
|
|
|
Information System for a Seller of Bar Feeders for Lathes
Kaleta, Pavel ; Hynek, Jiří (referee) ; Bartík, Vladimír (advisor)
The aim of this bachelor's thesis is to design and implement an information system for monitoring the status of orders, keeping documents related to them and to further facilitate the work of employees of the company engaged in the sale of bar feeders for lathes. The Laravel web application allows users to authenticate, create new orders, edit previously created ones, clear view of all orders and efficient searches, upload documents to orders and view statistics on all orders. In the content of the thesis, the whole development cycle of the system is described. The result of this work is a fully functional and deployed information system.
|
guest ::
