|
|
Gene expression profiling after experimental perinatal asphyxia and the effect of complement-derived anaphylatoxin C3a
Šourková, Hana ; Wsól, Vladimír (vedoucí práce) ; Šimůnek, Tomáš (oponent)
Úvod: Komplement se účastní ochrany a reparace mozku po jeho poškození. Pro porozumění molekulárním mechanismům těchto procesů jsme provedli profilování genové exprese s využitím kvantitativní polymerázové řetězové reakce v reálném čase (qPCR), která je jednou z nejpřesnějších moderních strategií pro analýzu genové exprese. Projekt: Projekt byl zaměřen na profilování exprese vybraných genů potenciálně ovlivňujících ztrátu a ochranu neuronální tkáně, a to během tří týdnů po hypoxicko-ischemickém poškození mozku, modelujícím perinatální asphyxii. Nedávné experimenty ukázaly, že exprese C3a pod kontrolou GFAP promotoru (C3a/GFAP) zmenšila poškození hipokampu po ligaci levé karotidy u novorozených myší o 50% ve srovnání s kontrolními myšmi. Projekt rovněž posuzuje jak místní exprese C3a/GFAP transgenu ovlivňuje expresi vybraných genů. Exprese genů byla analyzována na vzorcích z ipsilaterální a kontralaterální části hipokampu a ipsilaterální části mozkové kůry, které byly získány v čase poranění, 6 a 24 hodin; 3, 7 a 21 dní po něm. Výsledky: Výsledky ukázaly, že se regulace genové exprese po hypoxicko-ischemické příhodě liší v čase a intenzitě a může být také odlišná v příslušných oblastech mozku. Zkoumané geny lze zařadit do rodin se vztahem k uvolnění a deaktivaci neurotransmiteru (SYN II, SYN III,...
|
|
|
Study of antioxidant and cytoprotective effects of intracellular iron chelators in catecholamine-induced cardiomyocyte injury
Koubková, Lucie ; Šimůnek, Tomáš (vedoucí práce) ; Boušová, Iva (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Hrálové Katedra biochemických věd Kandidát: Lucie Koubková Školitel: Profa . Dra . Natércia Teixeira Profa . Dra . Georgina Correia da Silva Doc. Pharm.Dr. Tomáš Šimůnek, Ph.D. Název diplomové práce: Hodnocení antiaromatázové aktivity isoflavonoidů obsažených v biotransformované soji Rakovina prsu patří u žen mezi nejčastěji diagnostikované nádory. Přibližně 60% nádorů prsu je tzv. hormon dependentní, mající na svém povrchu estrogenní receptory a vyžadující estrogeny ke svému růstu. Estrogeny jsou schopné podporovat transkripci genů účastnících se buněčné proliferace. Aromatáza je enzym katalyzující poslední krok biosyntézy estrogenů a její inhibice je považována za důležitý cíl v léčbě na estrogenu závislých nádorů prsu. Sója je zdrojem tzv. fytoestrogenů jako jsou genistein a daidzein. O těchto látkách se předpokládá, že by mohly být účinné v prevenci karcinomu prsu, avšak mechanismus jejich působení není plně pochopen. Tato práce je zaměřena na zhodnocení efektu extraktu sóji obsahující genistein a daidzein na aktivitu výše zmíněného enzymu. Výsledky ukázaly, že tento extrakt inhibuje aromatázu na dávce závislým způsobem, jednak v pokusech s placentálními mikrozomy, tak i v případě buněčné linie MCF-7aro. V pokusech s placentálními...
|
|
|
Thiopurinmethyltransferéza - klinický význam genotypizace a fenotypizace
Černá, Blanka ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Šimůnek, Tomáš (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Blanka Černá Školitel: Doc. PharmDr. Martin Beránek, PhD. Název diplomové práce: Thiopurin S-methyltransferasa - klinický význam genotypizace a fenotypizace Thiopurin S-methyltransferasa (TPMT) katalyzuje S-methylaci thiopurinových léčiv jako jsou 6-merkaptopurin a thioguanin. Polymorfismy v genu pro TPMT představují důležitý fakt v oblasti klinické farmakogenetiky. Velké rozdíly ve stupni aktivity TPMT v lidské tkáni jsou důsledkem přítomnosti mutace v genu pro tento enzym. Tyto polymorfismy jsou tak důležitým faktorem v účinnosti léčby thiopuriny. Nízká hodnota aktivity enzymu se objevuje v přítomnosti mutace v genu pro tento enzym, vyšší hodnota aktivity enzymu naopak bez přítomnosti mutace. Genotypizovali jsme TPMT gen pomocí metody real-time PCR u vybrané skupiny pacientů (n=55) s autoimunitními onemocněními. Pacienti byli v průměrném věku 16,7 roku. Z nesrážlivé krve sbírané do EDTA (n=55) byla izolována DNA pomocí QIAmp Mini Kitu (Qiagen, Německo) a použita pro genotypizaci enzymu TPMT. Genotypizace byla provedena metodou real time PCR metody v Light Cycleru (Roche, Německo). TPMT byla fenotypizována na Lékařské fakultě v Hradci Králové na Ústavu farmakologie. Pro fenotypizaci byl použit...
|
|
|
Ovlivnění buněčné direrenciace u nádorových buněk analýzou exprese proteinu Serca3 jako markeru diferenciace
Šerá, Pavlína ; Pávek, Petr (vedoucí práce) ; Šimůnek, Tomáš (oponent)
V předložené práci jsme studovali proces buněčné diferenciace navozený inhibitory histon deacetyláz v buněčných liniích získaných z různých typů nemalobuněčného karcinomu plic. Cílem práce bylo studovat vzájemné spoluovlivnění procesu buněčné diferenciace a exprese proteinu SERCA (ATPázy Sarko/Endoplazmatického retikula), který zajišťuje transport vápníku z cytozolu do endoplazmatického retikula. Buněčné linie různých plicních nádorů byly kultivovány in vitro za přidání různých inhibitorů histon deacetylázy ze skupiny mastných kyselin s krátkým řetězcem. Exprese SERCA proteinu byla hodnocena pomocí metody Western blot za použití primárních monoklonálních protilátek IID8 a PLIM430, které rozpoznávájí enzymy SERCA2 a SERCA3. Naše experimenty ukazují, že exprese proteinů SERCA a proces buněčné diferenciace jsou vzájemně propojeny ve všech sledovaných buněčných liniích nádoru plic (A549, Calu-3, ChaGoK-1, NCI-H292 and NCI-H460). Po navození buněčné diferenciace inhibitory histon deacetylázy jako jsou butyrát, valerát či fenylbutyrát sodný, byla pozorována především zvýšená exprese proteinu SERCA3. Zvýšení exprese proteinu SERCA3 bylo specifické, neboť úroveň exprese proteinu SERCA2 i po přidání léčiv zůstala nezměněna. Souhrnem lze říci, že naše výsledky potvrzují a rozšiřují původní hypotézu...
|
|
|
Studium transportních mechanismů receptorově specifických radiofarmak v ledvinných buňkách.
Cihlo, Jan ; Lázníček, Milan (vedoucí práce) ; Šimůnek, Tomáš (oponent) ; Komárek, Pavel (oponent)
Souhrn Renální akumulace radioaktivně značených specificky působících látek může být klinickým problémem při diagnostice, ale především při léčbě disponovaných malignit kvůli potencionální radionefrotoxicitě těchto látek. Jedním z cílů této práce bylo navržení vhodného in vitro modelu, který by umožňoval posuzování kumulačních charakteristik jednotlivých látek v ledvinách a hledání možných opatření vedoucích ke snížení míry zpětné reabsorpce buňkami renálního tubulu. Navržený model využívající renální OK buněčnou linii ke studiu transportních mechanismů radioaktivně značených specificky působících látek poskytuje další možnost posuzování radionefrotoxicity těchto látek. Diskutovaná in vitro metoda byla standardizována a využita při studiu transportních závislostí zástupců radioaktivně značených analogů somatostatinu (111In/125I/90Y/177Lu-DOTA-Tyr3-oktreotát, 111In/90Y/177Lu-DOTA-1-Nal3-oktreotid), protilátek (111In/90Y/99mTc-AntiCD66) a značeného albuminu (FITC-albumin, 99mTc-albumin). U všech studovaných radioaktivně značených látek byla zvládnuta technika radioaktivního značení a následné radiochemické analýzy pomocí metod HPLC a/nebo ITLC-SG. U studovaných specificky působící látek (radioaktivně značené peptidy a protilátky) nebyl prokázán podstatný vliv radioaktivního značení na buněčnou internalizaci....
|
|
| |
|
| |
|
|
Vazebné vlastnosti enzymů purinnukleosidfosforylasa a thymidinfosforylasa
Strašilová, Kateřina ; Sochor, Jaroslav (vedoucí práce) ; Šimůnek, Tomáš (oponent)
7. SUMMARY IN CZECH (SOUHRN PRÁCE) Tato práce se zabývá zkoumáním vazebných vlastností a interakcí u enzymů purinnukleosidfosforylasa a thymidinfosforylasa s jejich přirozenými substráty s využitím metody SPR analýzy v přístroji Biacore X. Cílem práce bylo nejprve zjistit, zda a jak mohou být enzymy, připravené technologií rekombinantní DNA, ukotveny na povrch analytického čipu CM 5 s volnými karboxylovými skupinami. Poté bylo testováno, jakým způsobem a za jakých podmínek se již ukotvené enzymy vážou se svými přirozenými substráty. Měnícími se podmínkami byly druh pufru, jeho pH a molalita, teplota v systému a průtoková rychlost celou. Jako přirozené substráty pro enzym PNP byly použity guanosin ve směru rozkladné reakce a guanin s ribóza-1-fosfát nebo s deoxyribóza-1-fosfát ve směru syntézy. Pro enzym TP, který byl studován pouze ve směru fosforolýzy, byly jako přirozené substráty použity thymidin, uridin, a deoxyuridin. V závěru byla opakována interakční analýza k ověření stability čipu pokrytého TP enzymem, který byl uskladněn v lednici po dobu 10 týdnů. Přístroj Biacore X je založen na metodě SPR analýzy. Surface plasmon resonance neboli povrchová plasmonová rezonance je neinvazivní optická metoda sloužící ke sledování interakcí mezi biomolekulami a jejich ligandy. Odpověď nezávisí na povaze...
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.