|
| |
|
|
Bioinformatic analysis of single nucleotide polymorphisms in the 1000 Genomes Project database
Parobková, Viktória ; Roy, Sudeep (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
The whole-Genome sequencing and its variations discovery were challenging for many years. The knowledge of all genetic variations is remarkably beneficial in disease research. The bachelor thesis is dedicated to human genetic variations and its two main research projects, the HapMap Project and the 1000 Genomes Project which notably helped the disease analyses. The first part describes both Projects and the following part explains the structure of their databases and presents software which enables to browse and download data from these projects. At last, statistical, population and bioinformatic analyses are performed on structural variant dataset assembled by the 1000 Genomes Project.
|
|
|
Time Frequency Analysis of ERP Signals
Bartůšek, Jan ; Provazník, Ivo (oponent) ; Černocký, Jan (vedoucí práce)
The aim of this work is to improve the algorithm for clustering ERP signals based on the temporal and spatial properties of pseudo-signals gained by the Independent Component Analysis. The main purpose is to find new features, which could improve the original algorithm. This study is investigating application of new features gained by Fourier Transform and short time Fourier Transform methods. Basic principle and performance of the concept is demonstrated on the sample algorithm. Results have shown that the method can bring a contribution to the original project and can be its convenient improvement.
|
|
|
Biometric system for retina and iris recognition
Hájek, Josef ; Derawi, Mohammad (oponent) ; Provazník, Ivo (oponent) ; Drahanský, Martin (vedoucí práce)
This thesis deals with a biometric and medical device for simultaneous scanning of the eye’s iris and retina in one step. In the case of biometric use, the work is extended by mutual fusion of both biometrics into one template proving that multimodal system evinces better parameters than unimodal mainly in improved uniqueness, universality and difficulty feasible attack (almost impossible) on the sensor. In the case of medical use, the work is developing detection and classification of diseases as the basis of an expert system for ophthalmology purposes which can help medical doctors to make a reliable and quick eye disease diagnosis of pathological finding in the retinal (or iris) image.
|
|
|
Methods for Comparative Analysis of Metagenomic Data
Sedlář, Karel ; Vinař,, Tomáš (oponent) ; Lexa, Matej (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Modern research in environmental microbiology utilizes genomic data, especially sequencing of DNA, to describe microbial communities. The field studying all genetic material present in an environmental sample is referred to as metagenomics. This doctoral thesis deals with metagenomics from the perspective of bioinformatics that is unreplaceable during the data processing. In the theoretical part of this thesis, two different approaches of metagenomics are described including their main principles and weaknesses. The first approach, based on targeted sequencing, is a well-established field with a wide range of bioinformatics techniques. Yet, methods for comparison of samples from several environments can be highly improved. The approach introduced in this thesis uses unique transformation of data into a bipartite graph, where one partition is formed by taxa, while the other by samples or environments. Such a graph fully reflects qualitative as well as quantitative aspect of analyzed microbial networks. It allows a massive data reduction to provide human comprehensible visualization without affecting the automatic community detection that can found clusters of similar samples and their typical microbes. The second approach utilizes whole metagenome shotgun sequencing. This strategy is newer and the corresponding bioinformatics techniques are less developed. The main challenge lies in fast clustering of sequences, in metagenomics referred to as binning. The method introduced in this thesis utilizes a genomic signal processing approach. By thorough analysis of redundancy of genetic information stored in genomic signals, a unique technique was proposed. The technique utilizes transformation of character sequences into several variants of phase signals. Moreover, it is able to directly process nanopore sequencing data in the form of a native current signal.
|
|
|
Metody zpracování sekvenačních dat technologie Oxford Nanopore pro účely metagenomiky
Barilíková, Lujza ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kupková, Kristýna (vedoucí práce)
Revolučná technológia sekvenovania od spoločnosti Oxford Nanopore Technologies – MinION, predstavuje veľkú nádej v oblasti metagenomiky. Nízka cena, produkovanie dlhých čítaní a prenosnosť, vďaka malým rozmerom, predstavuje len jednu z mnohých výhod tejto technológie. Napriek týmto benefitom je tu však nedostatok dostupných výpočtových nástrojov, ktoré by nám umožnili plne zaobchádzať s produkovanými dátami. V úvode tejto bakalárskej práce sú predstavené terajšie sekvenačné technológie so zameraním sa na technológie tretej generácie, predovšetkým na spomínané nanopórové sekvenovanie. V práci sú uvedené aj súčasné možnosti vizualizácie metagenomických dát. Hlavným cieľom tejto práce je vytvoriť algoritmus, ktorý za pomoci aplikácie metód redukcie dimenzionality priamo na surové dáta, produkované nanopórovým sekvenovaním, bude realizovať tzv. binning metagenomických vzoriek.
|
|
| |
|
|
Vývoj testu na měření reakčního času a pozornosti
Oravová, Pavlína ; Provazník, Ivo (oponent) ; Sekora, Jiří (vedoucí práce)
Semestrální práce se věnuje vývoji testu na měření reakčního času a pozornosti. Součástí práce je definice reakčního času a faktorům ovlivňující reakční čas. Měření reakčního času v kontextu teorie inteligence C-H-C je popsán spolu s definicí této teorie. Jsou zde zahrnuty příslušné testy, konkrétně Stroopův test, Flankerův test, Go/No-go test a N-back test. Dále je zde uvedena online problematika, uvažující hardwarové a softwarové zpoždění a diagnostiku a měření sítě. Závěr práce je věnován praktické části.
|
|
| |
|
|
Predikce sekundární struktury RNA sekvencí
Hadwigerová, Michaela ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Od doby, kdy byla RNA objevena přírodovědcem Miescherem byla její struktura a funkce dlouho vědci opomíjena, hlavní úlohu hrála pouze DNA. K většímu zájmu o RNA došlo až po odhalení struktury tRNA a objevení jejích katalytických a enzymatických účinků. Tyto objevy vedli k velkému rozvoji různých studijních oborů zabývajících se analýzou struktury RNA, spolu s její funkcí, která je na její struktuře závislá.
|
host ::
RSS.