|
|
Vliv přírodních a syntetických ligandů G4 na transaktivaci p53
Perná, Kristýna ; Smetana, Jan (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
V promotorech lidských genů se vyskytují sekundární struktury DNA, jako jsou například G-kvadruplexy. Dysfunkce těchto kvadruplexových struktur byly pozorovány u několika případů nádorových onemocnění, a proto jsou tyto struktury předmětem výzkumu pro návrh nových protinádorových léčiv. Protein p53 je důležitým regulačním proteinem v procesu řízení buněčného cyklu a opravy DNA. Mutace v genu kódující tento protein se objevují u více než 50 % případů onkologických onemocnění. V této práci byl zkoumán vliv přírodních ligandů, vázající se na G-kvadruplexy, na vazbu a aktivitu proteinu p53. V teoretické části diplomové práce byla popsána struktura a vazebné vlastnosti proteinu p53, struktura a role G-kvadruplexů a byly popsány vybrané G4-ligandy vyskytující se v potravinách – kurkumin, kvercetin, berberin a kyselina ellagová. Cílem experimentální části této práce bylo zjistit vliv těchto látek na transaktivační aktivitu proteinu p53 in vivo na základě jejich interakce s G-kvadruplexy pomocí kvasinkových izogenních systémů. Interakce mezi vybranými G-kvadruplexovými strukturami a ligandy byla nejprve ověřena in vitro pomocí ThT testu a cirkulárního dichroismu.
|
|
|
Identifikace probiotických baktérií pomocí metody PCR v potravinových fermentovaných výrobcích rostlinného původu
Kuljovská, Tereza ; Langová, Denisa (oponent) ; Smetana, Jan (vedoucí práce)
S probiotiky se setkáváme denně, buď cílenou aplikací potravinových doplňků obsahujících živé kultury bakterií mléčného kvašení, nebo konzumací tradičních fermentovaných produktů včetně mléčných nebo nemléčných výrobků. Tyto kultury mohou výrazně ovlivňovat střevní mikrobiotu, zejména při zažívacích potížích nebo potížích spojených s průjmovými onemocněními nebo infekčními gastritidami. Tato práce se soustředí na izolaci probiotik z rostlinných fermentovaných produktů, jež jsou vhodné i pro vegetariány nebo vegany, jejichž počet v současné době narůstá. Kromě tradičních pokrmů na bázi mléčného kvašení je zde uvedena i jiná alternativa v podobě nápoje Kombucha. Probiotické bakterie izolované z reálných vzorků byly podrobeny identifikaci na základě metody polymerázové řetězové reakce (PCR), kde byla prokázána přítomnost domény Bacteria a při rodově specifické amplifikaci také přítomnost rodu Lactobacillus. Výsledkem amplifikace byly jednotlivé fragmenty, které byly vizualizovány prostřednictvím metody agarózové gelové elektroforézy.
|
|
|
Analýza lokálních struktur v molekulách DNA
Nyczová, Adéla ; Smetana, Jan (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Lokální struktury DNA jsou alternativními konformacemi, které dokáže DNA zaujímat oproti nejběžnější konformaci B-DNA. Tyto struktury hrají často zásadní roli v regulaci základních biologických procesů, jako je replikace DNA, transkripce či vazba specifických ligandů. Díky tomuto biologickému významu jsou alternativní sekundární struktury DNA potenciálním cílem řady léčiv. V této diplomové práci jsou pomocí bioinformatických nástrojů analyzovány lokální struktury v genomech virů z čeledí Flaviviridae a Retroviridae a následně jsou tyto struktury zobrazeny pomocí atomové silové mikroskopie.
|
|
|
Jaderná paliva pro tlakovodní jaderné reaktory
Smetana, Jan ; Vojáčková, Jitka (oponent) ; Katovský, Karel (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá konstrukčními vlastnostmi jaderných paliv, pozornost je věnována zejména palivům pro tlakovodní reaktory. Pro lepší představu čtenáře jsou uvedeny rovněž příklady realizace jaderných paliv pro jednotlivé typy reaktorů. Ve stručnosti je uvedena historie tlakovodních reaktorů, zejména reaktorů VVER. Vývoj jaderného paliva pro tlakovodní reaktory je zde demonstrován na příkladu vývoje paliva u našich jaderných elektráren Dukovany a Temelín, důraz je kladen především na změny v konstrukci paliva. V práci je rovněž provedeno výpočetní srovnání několika vybraných parametrů jaderných paliv použitých v průběhu provozu jaderné elektrárny Dukovany.
|
|
|
Produkce a charakterizace antimikrobiálních látek z bakterií mléčného kvašení
Franeková, Eliška ; Smetana, Jan (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce je zaměřena na produkci antimikrobiálních látek pomocí bakterií mléčného kvašení, jejich charakterizaci a testování jejich antimikrobiální aktivity. Teoretická část této práce se zabývá charakteristikou bakterií mléčného kvašení a jimi produkovaných bakteriocinů, možnostmi produkce bakteriocinů a faktory, které ji ovlivňují. V experimentální části této práce byly kultivovány bakterie mléčného kvašení Lactococcus lactis subsp. lactis, Lactobacillus helveticus a Bifidobacterium bifidum, změřeny jejich růstové křivky a obsah celkových proteinů v supernatantech po kultivaci. Bezbuněčné supernatanty z kultivace byly upraveny lyofilizací a byla stanovena jejich antimikrobiální aktivita proti grampozitivním a gram-negativním druhům bakterií. Sledována byla také antimikrobiální aktivita komerčního nisinu a komerčního konzervantu získávaného pomocí bakterií mléčného kvašení. Jako nejúčinnější z izolátů byl vybrán vzorek získaný z Bifidobacterium bifidum. Jeho antimikrobiální aktivita byla dále testována na polymerních obalových materiálech na uzeniny. Antimikrobiální látky produkované bakteriemi mléčného kvašení mohou nalézt uplatnění v potravinářském průmyslu jako konzervanty nebo součást antimikrobiálních obalů a ve farmaceutickém průmyslu například jako součást antimikrobiálních krytů ran.
|
|
|
Využití techniky polymerázové řetězové reakce (PCR) pro identifikaci probiotických mikroorganismů v mléčném potravinovém výrobku
Horká, Markéta ; Fialová, Lenka (oponent) ; Smetana, Jan (vedoucí práce)
V rámci této bakalářské práce byly popsány probiotické bakterie a jejich prospěšné účinky na lidské zdraví. Také bylo uvedeno několik metod, které jsou využívány k identifikaci mikroorganismů. Úvodem experimentální části byla izolována DNA z vybraného mléčného výrobku. Extrakce DNA byla provedena dvěma způsoby, jež oba poskytly dostatečně kvalitní DNA. Připravená DNA byla podrobena polymerázové řetězové reakci s využitím specifických primerů. Prostřednictvím elektroforézy na agarózovém gelu byla potvrzena přítomnost bakterií rodu Lactobacillus, Bifidobacterium a druhu Lactobacillus acidophilus, které byly výrobcem jogurtu deklarovány.
|
|
|
Identifikace probiotických mikroorganismů v kosmetickém produktu pomocí techniky polymerázové řetězové reakce (PCR)
Akmalova, Adelina ; Langová, Denisa (oponent) ; Smetana, Jan (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá identifikací probiotických mikroorganismů v kosmetických přípravcích pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR). Cílem této práce bylo potvrdit přítomnost bakteriální DNA v kosmetických výrobcích obsahujících probiotické mikroorganismy. Teoretická část práce se zaměřuje na úlohu probiotických mikroorganismů při udržování zdraví pokožky a na jejich účinky na lidský organismus. Rovněž jsou zdůrazněny různé metody identifikace probiotik se zaměřením na molekulárně genetické přístupy. V experimentální části práce byly testovány dva kosmetické výrobky s deklarovanou přítomností probiotických mikroorganismů. Pro extrakci DNA z výrobků byly použity dvě metody: fenolová extrakce a metoda pomocí komerčního kitu. Dále byla provedena amplifikace specifické oblasti genu 16S rRNA pomocí PCR. Produkty PCR byly podrobeny elektroforéze na agarósovém gelu a byly vizualizovány pomocí ultrafialového světla. Všechny kosmetické produkty prokázaly přítomnost domény Bacteria a rodu Lactobacillus. Druhově specifická PCR navíc potvrdila přítomnost deklarovaných probiotických druhů Lactobacillus pentosus a Lactobacillus bulgaricus ve výrobcích.
|
|
| |
|
|
Využití pokročilých molekulárně biologických technik pro detailní charakterizaci probiotických bakterií z doplňku stravy
Folwarczná, Tereza ; Trachtová, Štěpánka (oponent) ; Smetana, Jan (vedoucí práce)
Cílem diplomové práce byl průkaz probiotických bakterií z probiotického doplňku stravy ve formě sirupu. Z komplexní matrice výrobku byla izolována DNA v dostatečné čistotě a kvalitě vhodné pro metodu PCR v reálném čase a následně PCR-HRM. K amplifikaci pomocí PCR v reálném čase a PCR-HRM byly použity specifické primery pro rody Lactobacillus, Bifidobacterium a Streptococcus a na úrovni druhu pro druhy Lactobacillus casei, Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus reuteri, Bifidobacterium animalis, Bifidobacterium breve, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium lactis, Bifidobacterium longum, Bifidobacterium infantis a Streptococcus thermophilus. Po optimalizaci podmínek pro specifické primery byly ve výrobku prokázány všechny deklarované bakterie.
|
|
|
Analýza vazby proteinu IFI16 na DNA
Kratochvilová, Libuše ; Smetana, Jan (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá vazbou interferonem gama indukovatelného proteinu 16 (IFI16) na DNA s potenciálem tvorby G-kvadruplexu. Protein IFI16 obsahuje dvě tandemově umístěné DNA-vazebné HIN domény vykazující rozdílnou vazbu ke strukturám DNA. Bylo prokázáno, že protein IFI16 preferenčně váže struktury G-kvadruplexů oproti jiným strukturám DNA. G-kvadruplexy jsou nekanonické sekundární lokální struktury DNA (nebo RNA), které se snadno formují za fyziologických podmínek v řadě významných regulačních oblastech genomu, nebo jsou součástí genomů řady virů a patogenů. Schopnost rozpoznání, specifické vazby a stabilizace struktur G-kvadruplexů odráží zapojení proteinu IFI16 do buněčných procesů replikace, transkripce a translace a iniciaci vrozených imunitních odpovědí. V první části diplomové práce byly vybranými biofyzikálními metodami charakterizovány sekvence syntetických oligonukleotidů s potenciálem tvorby G-kvadruplexu a izolován protein IFI16 plné délky, který byl následně použit pro in vitro vazebné a kompetitivní vazebné experimenty s charakterizovanými oligonukleotidy. V poslední části práce byly kvasinkové isogenní kmeny lišící se sekvencemi responzivního elementu transformovány plazmidovými vektory pro expresi proteinů p53 a IFI16 s konstitutivními i GAL inducibilními promotory a optimalizován model jednohybridního kvasinkového systému pro studium interakcí proteinu IFI16 in vivo. Z výsledků vyplývá, že většina analyzovaných sekvencí je schopna in vitro tvořit struktury G-kvadruplexu, a to i za přítomnosti pouze jednoho opakování tří a více G-bází. Zatímco přítomnost několika opakování guaninových bází oddělených jednonukleotidovým spacerem vedla k tvorbě intermolekulárních struktur G-kvadruplexů, mutace v původní sekvenci G-kvadruplexu indukovala tvorbu intramolekulárních struktur s rozdílnými konformacemi. In vitro vazebné a kompetitivní vazebné experimenty prokázaly specifickou vazbu proteinu IFI16 ke strukturám G-kvadruplexů bez rozdílů preference vazby proteinu k určité konformaci G-kvadruplexu. Stabilizace struktur G-kvadruplexu in vivo za responzivním elementem transkripčního faktoru (p53) v promotoru reportérového genu indukovala represi transkripce daného genu. Při absenci jakéhokoliv vazebného místa proteinu IFI16 docházelo k protein-proteinové interakci mezi proteiny IFI16 a p53, která vedla ke zvýšení transaktivačního potenciálu proteinu p53, přičemž vazba proteinu p53 a iniciace transkripce reportérového genu byla ovlivněna nejen přítomností motivu G-kvadruplexu a jeho stabilizací, nýbrž i sekvencí DNA sousedící s responzivním elementem p53.
|
host ::
RSS.