Název: Vývoj postupu pro MLST typování Treponema pallidum subsp. pallidum
Překlad názvu: Development of the workflow for MLST typing of Treponema pallidum subsp. pallidum
Autoři: Taliánová, Eliška ; Nykrýnová, Markéta (oponent) ; Čejková, Darina (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2024
Jazyk: cze
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstrakt: [cze] [eng]
Práce se zabývá problematikou MLST typování Treponema pallidum subsp. pallidum. Tato spirochetní bakterie způsobuje nemoc syfilis. MLST typování představuje významný zdroj informací, jak o sekvenčních změnách genů, tak o jejich dopadech na patogenitu této bakterie. Snaží se navrhnout postup pro určení alelického profilu s využitím SRA dat. Využívá BWA mapování na referenční genom. This thesis is focused on MLST typing Treponema pallidum subsp. pallidum. This spirochete bacterium causes the disease syphilis. MLST typing represents an important source of information, both on the sequence changes of genes and on their impact on the pathogenicity of this bacterium. It tries to design a metod for obtaining the allelic profile using SRA data. It uses BWA mapping to the reference genome.
Klíčová slova: BWA; kmen Nichols; kmen SS14; MLST typování; SRA databáze; syfilis; TP0136; TP0548; TP0705; Treponema pallidum subsp. pallidum; BWA; MLST typing; Nichols strain; SRA database; SS14 strain; syphilis; TP0136; TP0548; TP0705; Treponema pallidum subsp. pallidum

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: https://hdl.handle.net/11012/246233

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-619505


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce