Název: Porovnání a převod databází signálních drah
Překlad názvu: Comparison and Transformations of Pathway Databases
Autoři: Němeček, Pavel ; Šilhavá, Jana (oponent) ; Smrž, Pavel (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Bakalářské práce
Rok: 2008
Jazyk: cze
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstrakt: [cze] [eng]
Tato práce se zabývá porovnáním a převodem databází signálních drah. Značná část je věnována databázím KEGG a BioCarta. V práci jsou rozebrány formáty poskytovaných dat. Při hledání překryvů drah mezi databázemi zkouším aplikovat shlukování, srovnání editační vzdálenosti názvů, porovnání genů podle čísla NCBI a nalezení ekvivalentních vazeb. Aplikace je implementována v jazyce C++ s použitím XML parseru. Výsledky jsou prezentovány ve formě textových výstupů, případně ve formě grafů zapsaných v jazyce DOT pro zpracování programem GraphViz. The main topic of this work are comparison and transformations of pathway databases. Large part is dedicated to databases KEGG and BioCarta. In work are described formats of provided data. In process of searching for overlapping pathways between databases are used clustering, edit distance, NCBI gene numbers and equivalent relationships comparison. The system was written in C++ and using XML parser. Results are text outputs, eventually files in DOT language, which can be executed with GraphViz to generate graphs.
Klíčová slova: databáze BioCarta; databáze KEGG; Graphviz; KGML; Levenshteinova vzdálenost; NCBI (National Center for Biotechnology Information); NCI (National Cancer Institute); PID (Pathway Interaction Database); Signální dráha; database BioCarta; database KEGG; Graphviz; KGML; Levenshtein distance; NCBI (National Center for Biotechnology Information); NCI (National Cancer Institute); PID (Pathway Interaction Database); Signaling pathway

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/55420

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-594479


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Bakalářské práce