Original title: Porovnání a převod databází signálních drah
Translated title: Comparison and Transformations of Pathway Databases
Authors: Němeček, Pavel ; Šilhavá, Jana (referee) ; Smrž, Pavel (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2008
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato práce se zabývá porovnáním a převodem databází signálních drah. Značná část je věnována databázím KEGG a BioCarta. V práci jsou rozebrány formáty poskytovaných dat. Při hledání překryvů drah mezi databázemi zkouším aplikovat shlukování, srovnání editační vzdálenosti názvů, porovnání genů podle čísla NCBI a nalezení ekvivalentních vazeb. Aplikace je implementována v jazyce C++ s použitím XML parseru. Výsledky jsou prezentovány ve formě textových výstupů, případně ve formě grafů zapsaných v jazyce DOT pro zpracování programem GraphViz. The main topic of this work are comparison and transformations of pathway databases. Large part is dedicated to databases KEGG and BioCarta. In work are described formats of provided data. In process of searching for overlapping pathways between databases are used clustering, edit distance, NCBI gene numbers and equivalent relationships comparison. The system was written in C++ and using XML parser. Results are text outputs, eventually files in DOT language, which can be executed with GraphViz to generate graphs.
Keywords: database BioCarta; database KEGG; Graphviz; KGML; Levenshtein distance; NCBI (National Center for Biotechnology Information); NCI (National Cancer Institute); PID (Pathway Interaction Database); Signaling pathway; databáze BioCarta; databáze KEGG; Graphviz; KGML; Levenshteinova vzdálenost; NCBI (National Center for Biotechnology Information); NCI (National Cancer Institute); PID (Pathway Interaction Database); Signální dráha

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/55420

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-594479


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses