Název: Systém pro zpracovaní skóre z metod identifikace proteinů v tandemové hmotnostní spektrometrii
Překlad názvu: Scoring Processing System for Protein Identification in Tandem Mass Spectrometry
Autoři: Valla, Martin ; Svobodová-Vařeková, Radka (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2008
Jazyk: cze
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstrakt: [cze] [eng]
Cílem práce bylo nalezení metody generující jeden určující parametr pro sjednocení výsledků z různých nástrojů identifikace proteinů v tandemové hmotnostní spektrometrii. Data na výstupu z hmotnostního spektrometru jsou zpracována ve dvou na sobě nezávislých nástrojích Mascot a X!Tandem. Výsledky jsou pak navrženou metodou zpracovány a unifikovány jediným parametrem jednoznačně určujícím identifikaci nalezených proteinů. Navržený skórovací parametr se označuje jako Metaskóre a je výstupem metody, která byla implementována v prostředí MATLAB a prakticky ověřena na reálných datech z veřejně přístupné databáze. The goal of my diploma thesis was finding a suitable method for unifying score values from various protein identification search tools in MS/MS mass spectrometry into one single score value. Data coming from the output of mass spectrometer are processed in two independent search tools Mascot and X!Tandem. These were selected especially for their wide usage in proteomic labs. Both results are evaluated through newly designed function and unified by single valued score clearly identifying found proteins. Newly designed scoring value is called Matascore and function producing this score was implemented in MATLAB. Function and its results were successfully tested by real data available in public databases on the Internet.
Klíčová slova: Mascot; Metaskóre; Ohodnocení; peptidová mapa; tandemová hmotnostní spektrometrie.; TMS; X!Tandem; Mascot; Metascore; MS/MS; peptide mass fingerprint; Score; tandem mass spectrometry.; X!Tandem

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/12890

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-588732


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce