|
|
Měření biologických signálů pomocí systému Biopac
Brudík, Vladislav ; Hlaváček, Antonín (oponent) ; Valla, Martin (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá problematikou snímání elektrické aktivity z mozku, která se provádí pomocí elektroencefalografu, a zpracováním naměřených dat. Teoretická část je zaměřena na mozek, jeho stavbu a funkce. Také se zabývá biologickými signály, typy křivek a systémy, které slouží k měření EEG křivky. Pro zpracování je navržena programová aplikace s GUI rozhraním. Tato aplikace zobrazuje EEG a frekvenčně významná pásma, frekvenční spektrum a filtrované úseky charakteristických vln.
|
|
|
Matematická analýza dat v hmotnostní spektrometrii
Vlachová Hutová, Eliška ; Adam, Vojtěch (oponent) ; Valla, Martin (vedoucí práce)
V této bakalářské práci je teoreticky popsán princip metody hmotnostní spektrometrie a tandemové hmotnostní spektrometrie, využití metody v praxi a popis funkčnosti jednotlivých analyzátorů. Dále je uveden popis hmotnostního spektra a algoritmy pro jeho analýzu. Praktická část práce popisuje tvorbu analytického nástroje pro vyhodnocování spekter a následné použití tohoto programového nástroje pro praktickou analýzu flavonoidních sloučenin, konkrétně isoflavonů.
|
|
|
Pokročilé zarovnávání a určování genetické odlišnosti sekvencí DNA
Trněný, Ondřej ; Provazník, Ivo (oponent) ; Valla, Martin (vedoucí práce)
Biologické sekvence se neustále vyvíjejí, dochází u nich k mutacím, delecím a inzercím. Z důvodu potřeby klasifikovat sekvence a stanovit míru jejich podobnosti byly vytvořeny metody pro jejich zarovnání jako jsou bodová matice nebo algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman pro globální a lokální zarovnání. Tyto konzervativní metody jsou však omezeny na předpoklad, že přestože došlo v sekvencích ke změnám, zachovaly si malou vzdálenost mezi podobnými úseky. Proto byly vytvořeny metody pro porovnání bez zarovnání, jako je metoda znaků v sekvenci, Euklidovská vzdálenost nebo Univerzální sekvenční mapy, které se snaží nedostatky metod využívajících zarovnání eliminovat.
|
|
|
Systém pro zpracovaní skóre z metod identifikace proteinů v tandemové hmotnostní spektrometrii
Valla, Martin ; Svobodová-Vařeková, Radka (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Cílem práce bylo nalezení metody generující jeden určující parametr pro sjednocení výsledků z různých nástrojů identifikace proteinů v tandemové hmotnostní spektrometrii. Data na výstupu z hmotnostního spektrometru jsou zpracována ve dvou na sobě nezávislých nástrojích Mascot a X!Tandem. Výsledky jsou pak navrženou metodou zpracovány a unifikovány jediným parametrem jednoznačně určujícím identifikaci nalezených proteinů. Navržený skórovací parametr se označuje jako Metaskóre a je výstupem metody, která byla implementována v prostředí MATLAB a prakticky ověřena na reálných datech z veřejně přístupné databáze.
|
|
|
Měření a analýza elektrochemických signálů DNA
Štekovič, Michal ; Hubálek, Jaromír (oponent) ; Valla, Martin (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce popisuje základní metody pro měření a analýzu DNA. V první části se zabírá popisu samotné DNA. V další části se věnuje principu získání DNA z daného vzorku jeho izolaci a čištění. Popisuje přístroje, které jsou k měření a analýze nezbytné. V závěrečné části se věnuje metodě adsorptivní voltametrie, vyhodnocení naměřených výsledků a zpracování dat pomoci programového prostředí MATLAB.
|
|
|
Matematické hodnocení antioxidačních vlastností extraktů z rostlin
Kašpar, Blahoslav ; Babula,, Petr (oponent) ; Valla, Martin (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá antioxidační aktivitou antioxidantů a metodami pro její měření. Antioxidanty jsou látky, jejíž HTmolekulyTH omezují aktivitu HTkyslíkových radikálůTH. Tím omezují proces HToxidaceTH v organismu nebo směsích, kde se vyskytují. Významným zdrojem antioxidantů jsou rostliny. Antioxidační aktivita křídlatky japonské byla měřena metodou FRAP automatickým spektrometrem a dále matematicky vyhodnocena pomocí programu vytvořeného v MATLABU.
|
|
|
Izolace mRNA pomocí paramagnetických mikročástic z rostlin
Janíček, Zdeněk ; Hubálek, Jaromír (oponent) ; Valla, Martin (vedoucí práce)
Bakalářská práce obsahuje informace o různých metodách izolace nukleových kyselin a zaměřuje se především na metodu, která umožňuje izolovat nukleové kyseliny pomocí paramagnetických částic. Zahrnuje informace o nejlepších podmínkách pro získání dostatečného množství nukleové kyseliny. Důraz je kladen také na seznámení se s přístrojem, který slouží pro automatické pipetovaní. Cílem je vytvořit program pro automatické izolování nukleových kyselin pomocí paramagnetických částic.
|
|
|
Reprezentace a zpracování genomických signálů
Pitner, Vít ; Harabiš, Vratislav (oponent) ; Valla, Martin (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá metodami reprezentace a zpracování genomických signálů. V první části práce je postupně probrán lineární zápis sekvencí a statistický popis sekvencí. K tomuto účelu byla využita reálná data, načtená z veřejné databáze, konkrétně sekvence genu pro lidský chromozom Y. V další části práce jsou postupně probrány vybrané metody zpracování a reprezentace genomických signálů. Dále je popsán vytvořený program pro zpracování sekvencí a je otestován pro krátké genomické sekvence, načtené z veřejné databáze.
|
|
|
Fraktál v sekvenci DNA
Nedvěd, Jiří ; Čech, Petr (oponent) ; Valla, Martin (vedoucí práce)
Práce se zabývá hledáním fraktální struktury v sekvenci DNA, která bude vykreslena ve čtverci ACGT. Na počátku jsou rozebrány fraktály obecně a důkladně je probrána konstrukce Sierpinského trojúhelníku deterministickou metodou a metodou chaos game. Následuje kapitola, kde je přiblížena struktura a sekvence DNA. Jsou zde také uvedeny již známé fraktální struktury nacházející se v DNA sekvenci, nebo se jí bezprostředně týká. Dále je uvedena úprava metody chaos game ze Sierpinského trojúhelníku na čtverec ACGT, a do něj bude vykreslena mapa dané sekvence DNA. Do čtverce ACGT se následně vykreslí vybrané sekvence DNA. Obrázky sekvencí se dále zpracují metodami BCM a PSM.
|
|
|
Zpracování genomických signálů fraktály
Nedvěd, Jiří ; Provazník, Ivo (oponent) ; Valla, Martin (vedoucí práce)
Diplomová práce má ukázat možnosti klasifikace genomických sekvencí pomocí CGR a FCGR převedení na obraz. Z těchto obrazů se vypočte klasifikátor pomocí metody BCM. Dále je zde popsán vytvořený program a jeho možnosti při klasifikaci. Na konci je srovnáno množství sekvencí pro různé nastavení programu.
|
host ::
RSS.