Název: Aplikace pro zpracování dat z oblasti evoluční biologie
Překlad názvu: Application for the Data Processing in the Area of Evolutionary Biology
Autoři: Vogel, Ivan ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Očenášek, Pavel (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2011
Jazyk: cze
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstrakt: [cze] [eng]
Tvorba fylogenetických stromů je v současnosti běžnou vizualizační metodou na vyjádření evolučních vztahů druhů. Tato práce se soustředí na vysvětlení matematické teorie popisující molekulární fylogenetiku a na návrh modifikovaného algoritmu na odvozování evolučního stromu založeného na vnitroskupinové analýze nukleotidových a aminokyselinových sekvencí. Dále popisuje objektový návrh a implementaci těchto metod v jazyce Python a integraci nástroje do velkého bioinformatického portálu. Navžená řešení dávají lepší výsledky oproti konvenčním metodám při zhlukování předdefinovaných shluků a jsou co do vstupních dat široce použitelné.   Práce také závěrem diskutuje možné jiné aplikace navrhnutých metod a ich rozšíření na iné obory informačních technologií. Phylogenetic tree inference is a very common method for visualising evolutionary relationships among species. This work focuses on explanation of mathematical theory behind molecular phylogenetics as well as design of a modified algorithm for phylogenetic tree inference based on intra-group analysis of nucleotide and amino acid sequences. Furthermore, it describes the object design and implementation of the proposed methods in Python language, as well as its integration into powerful bioinformatic portal. The proposed modified algorithmic solutions give better results comparing to standard methods, especially on the field of clustering of predefined groups. Finally, future work as well as an application of proposed methods to other fields of information technology are discussed.
Klíčová slova: fylogenetický strom; markovský řetězec; Mobyle; neighbor-joining; substituční model; vnitroskupinová analýza; intragroup analysis; Markov chain; Mobyle; neighbor-joining; phylogenetic tree; substitution model

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/52775

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-574944


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce