Název: Techniky pro zarovnávání skupin biologických sekvencí
Překlad názvu: Techniques for Multiple Sequence Alignments
Autoři: Hrazdil, Jiří ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2009
Jazyk: cze
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstrakt: [cze] [eng]
Práce shrnuje způsoby reprezentace a formáty pro ukládání biologických sekvencí a popisuje databáze, ze kterých lze sekvence získat. V další části pojednává o metodách používaných pro zarovnání dvojice sekvencí. Následuje rozšíření použitých technik na problematiku zarovnání skupiny sekvencí a představení suboptimálních metod realizovatelných v rozumném čase. V praktické části práce je implementována aplikace pro zarovnání skupin sekvencí pomocí popsaných metod v jazyce Java. This thesis summarizes ways of representation of biological sequences and file formats used for sequence exchange and storage. Next part deals with techniques used for sequence pairwise alignment, followed by extension of these techniques to the problem of multiple sequence alignment. Additional methods are introduced, that are suboptimal, but on the other hand are able to compute results in reasonable time. Practical part of this thesis consists of implementing multiple sequence alignment application in Java programming language.
Klíčová slova: fylogenetický strom; Neighhbor-Joining; sekvence aminokyselin; sekvence nukleotidů; UPGMA; zarovnání sekvencí; zarovnání skupiny sekvencí; aminoacid sequence; multiple sequence alignment; Neighbor-Joining; nucleotide sequence; phylogenetic tree; sequence alignment; UPGMA

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/53929

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-570683


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce