Original title: Techniky pro zarovnávání skupin biologických sekvencí
Translated title: Techniques for Multiple Sequence Alignments
Authors: Hrazdil, Jiří ; Martínek, Tomáš (referee) ; Burgetová, Ivana (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2009
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Práce shrnuje způsoby reprezentace a formáty pro ukládání biologických sekvencí a popisuje databáze, ze kterých lze sekvence získat. V další části pojednává o metodách používaných pro zarovnání dvojice sekvencí. Následuje rozšíření použitých technik na problematiku zarovnání skupiny sekvencí a představení suboptimálních metod realizovatelných v rozumném čase. V praktické části práce je implementována aplikace pro zarovnání skupin sekvencí pomocí popsaných metod v jazyce Java. This thesis summarizes ways of representation of biological sequences and file formats used for sequence exchange and storage. Next part deals with techniques used for sequence pairwise alignment, followed by extension of these techniques to the problem of multiple sequence alignment. Additional methods are introduced, that are suboptimal, but on the other hand are able to compute results in reasonable time. Practical part of this thesis consists of implementing multiple sequence alignment application in Java programming language.
Keywords: aminoacid sequence; multiple sequence alignment; Neighbor-Joining; nucleotide sequence; phylogenetic tree; sequence alignment; UPGMA; fylogenetický strom; Neighhbor-Joining; sekvence aminokyselin; sekvence nukleotidů; UPGMA; zarovnání sekvencí; zarovnání skupiny sekvencí

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/53929

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-570683


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses