Original title:
Algoritmy pro vyhledávání transkripčních motivů
Translated title:
Transcription motif finding algorithms
Authors:
Peřinová, Barbora ; Škutková, Helena (referee) ; Maděránková, Denisa (advisor) Document type: Bachelor's theses
Year:
2015
Language:
cze Publisher:
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií Abstract:
[cze][eng]
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním transkripčních motivů v sekvencích DNA. V první části je popsán proces transkripce DNA, význam transkripčních motivů a je uveden přehled databází transkripčních motivů. Druhá část obsahuje rozdělení algoritmů pro vyhledávání transkripčních motivů a detailně popisuje sedm existujících algoritmů. V praktické části byly vytvořeny funkce pro analýzu podle algoritmu Oligo-Analysis. Vytvořené funkce byly validovány na uměle vytvořených sekvencích s vnesenými motivy. Dále byla provedena analýza dvou rodin koregulovaných genů a výsledky porovnány s hodnotami, kterých dosáhli autoři algoritmu Oligo-Analysis.
This bachelor thesis deals with finding transcription motifs in DNA sequences. The first part describes the DNA transcription process, the significance of transcription motifs and provides an overview of transcription motif databases. The second part contains the classification of transcription motif finding algorithms, and details seven existing algorithms. In the practical part, functions for the analysis according to the Oligo-Analysis algorithm were created. Created functions were validated on the artificially created sequences with introduced motifs. The analysis of two families of coregulated genes was realized and the results were compared with the values achieved by the authors of the Oligo-Analysis algorithm.
Keywords:
DNA; finding algorithms; Oligo-Analysis; transcription; transcription motif; algoritmy vyhledávání; DNA; Oligo-Analysis; transkripce; transkripční motiv
Institution: Brno University of Technology
(web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library. Original record: http://hdl.handle.net/11012/40720