Original title: Metody vícenásobného zarovnávání nukleotidových sekvencí
Translated title: Methods for multialignment of nucleotide sequences
Authors: Trněný, Ondřej ; Škutková, Helena (referee) ; Maděránková, Denisa (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2013
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Ke správnému pochopení vlastností a účelu biologických sekvencí je nezbytně nutné mít možnost je mezi s sebou porovnávat a ze získaných informací vyvozovat jejich vlastnosti, účel a evoluční historii. K rozšíření již existující báze znalostí mohou velkou mírou přispět metody pro vícenásobné zarovnávaní sekvencí, které umožňují nahlížet na již známá fakta ve zcela novém světle dosud neznámých informací o vztazích mezi často na první pohled nepodobnými sekvencemi. Pro provádění této analýzy proto bylo navrženo několik algoritmů, na jejichž základě následně vznikly programy umožňující komplexní analýzu obsáhlých dat. Jedním z nich je algoritmus progresivního zarovnání, který je v rámci této práce implementován. To be able to understand characteristics and purpose of biological sequences correctly, it is crucial to have a possibility to sort and compare them. Because of this need and to extend existing knowledge pool, numerous methods were proposed. Especially in field of multiple sequences alignment. Methods for multiple sequences alignment may provide various valuable information about sequences which failed to show enough similarity in pairwise alignment. According to this, several algorithms were implemented in various computer applications which provide a way to analyse huge sets of data. One of those, the progressive alignment algorithm, is implemented as a part of this thesis
Keywords: ClustalW; ClustalX; Matlab; Multiple sequences alignment; Object oriented programming; Pairwise alignment; Progressive alignment algorithm; T-Coffee; ClustalW; ClustalX; Matlab; objektové programování; Progresivní zarovnání; párové zarovnání; T-Coffee; vícenásobné zarovnání

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/25934

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-560864


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses