Název: Nové metody pro semikvantitativní analýzu biochemických systémů
Překlad názvu: Novel Methods for Semi-Quantitative Analysis of Biochemical Systems
Autoři: Bíl, Jan ; Andriushchenko, Roman (oponent) ; Češka, Milan (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Bakalářské práce
Rok: 2021
Jazyk: eng
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstrakt: [eng] [cze]
Cílem této práce je poskytnout nové metody pro analýzu stochastických biochemických systémů. V práci je představena nová třída populační abstrakce založené na Diracových semi-Markovových procesech. Na této abstrakci je popsán algoritmus pro výpočet transientní analýzy a také jsou prezentovány nové časované logické formule umožňující ověření vlastností zajímavých pro biology. Dále je představen a implementován model-checking algoritmus pro tyto formule. Rovněž jsou popsány předběžné experimenty ukazující potenciál tohoto přístupu. This thesis aims on providing novel methods for analysis of stochastic bio-chemical systems. It introduces a new population abstraction based on dirac semi-Markov processes. It turned out, that this abstraction is more precise than Continuous time Markov chain abstraction. On this abstraction, analysis methods are provided. Algorithm for transient analysis over this abstraction is described and also novel timed temporal logic formulas, that allow to express interesting biological properties are presented. Further, model-checking algorithm for these formulas is proposed and implemented. Preliminary experiments showing potential of this approach are also described.
Klíčová slova: Bio-chemical models; Chemical reaction networks; Continuous time Markov chains; Model-checking; Bio-chemické systémy; Markovovy řetězce se spojitým časem; Model-checking; Sítě chemických reakcí

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/199424

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-558167


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Bakalářské práce