Original title: Nové metody pro semikvantitativní analýzu biochemických systémů
Translated title: Novel Methods for Semi-Quantitative Analysis of Biochemical Systems
Authors: Bíl, Jan ; Andriushchenko, Roman (referee) ; Češka, Milan (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2021
Language: eng
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [eng] [cze]
Cílem této práce je poskytnout nové metody pro analýzu stochastických biochemických systémů. V práci je představena nová třída populační abstrakce založené na Diracových semi-Markovových procesech. Na této abstrakci je popsán algoritmus pro výpočet transientní analýzy a také jsou prezentovány nové časované logické formule umožňující ověření vlastností zajímavých pro biology. Dále je představen a implementován model-checking algoritmus pro tyto formule. Rovněž jsou popsány předběžné experimenty ukazující potenciál tohoto přístupu. This thesis aims on providing novel methods for analysis of stochastic bio-chemical systems. It introduces a new population abstraction based on dirac semi-Markov processes. It turned out, that this abstraction is more precise than Continuous time Markov chain abstraction. On this abstraction, analysis methods are provided. Algorithm for transient analysis over this abstraction is described and also novel timed temporal logic formulas, that allow to express interesting biological properties are presented. Further, model-checking algorithm for these formulas is proposed and implemented. Preliminary experiments showing potential of this approach are also described.
Keywords: Bio-chemické systémy; Markovovy řetězce se spojitým časem; Model-checking; Sítě chemických reakcí; Bio-chemical models; Chemical reaction networks; Continuous time Markov chains; Model-checking

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/199424

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-558167


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses