Original title: Optimalizace výkonu proudového zpracování dat pro vizualizaci
Translated title: Throughput optimization of a multistage data visualisation pipeline
Authors: Molnárová, Soňa ; Šmelko, Adam (advisor) ; Nečaský, Martin (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2023
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
Recent technological advances allowed vast increases of the size of datasets acquired by flow cytometry. With more cells and features captured, manual exploration and analysis of the data become challenging; multiple unsuper- vised methods were thus created to simplify the task. This thesis describes BlosSOM, a software that further improves the analysis possibilities by allow- ing interactive CUDA-accelerated supervision of the most common analysis approaches - dimensionality reduction, clustering, and annotation. The thesis overviews the features of BlosSOM implemented by the thesis author for the previous research project and details new developments, mainly a new dynamic workload balancing approach that allows BlosSOM to easily scale to very complex datasets while maintaining interactive framerate. To- gether with other improvements, BlosSOM is a production-ready software that offers all essential tools to analyze the flow cytometry data. Nedávný technologický pokrok umožnil výrazné zvětšení datasetů získa- ných pomocí průtokové cytometrie. Stále se zvětšující množství zachycených buněk a jejich vlastností zapříčinilo, že manuální analýza těchto dat je ob- tížná. Ke zjednodušení analýzy se běžně využívají metody strojového učení bez učitele. V této práci popisujeme software BlosSOM, který dále rozšiřuje možnosti analýzy dat (nejen) průtokové cytometrie. Mezi hlavní přednosti patří CUDA-akcelerovaný interaktivní přístup k nejběžnějším metodám pro analýzu dat - redukce dimenzionality, shlukování, a anotování. Tato práce obsahuje detailní popis softwaru BlosSOM a klade si za cíl blíže popsat nově vyvinuté části, zejména dynamické vyvažování pracovní zátěže. To umožňuje zpracovávat a analyzovat i velmi komplexní datasety, aniž by počet snímků za sekundu klesl pod interaktivní úroveň. BlosSOM je nyní možné využít i v produkčním prostředí, neboť nabízí všechny nezbytné nástroje pro analýzu dat z průtokové cytometrie.
Keywords: optimization|gpu|visualisation; optimalizace|gpu|vizualizace

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/184113

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-534579


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses