Název: Efektivní reprezentace množin k-merů
Překlad názvu: Efficient representation of k-mer sets
Autoři: Milyutina, Ekaterina ; Veselý, Pavel (vedoucí práce) ; Kolman, Petr (oponent)
Typ dokumentu: Bakalářské práce
Rok: 2023
Jazyk: eng
Abstrakt: In this thesis we explore and compare various methods for efficient k-mer set representation. We evaluate traditional de Bruijn graph representation techniques against greedy approximation algorithms for the Shortest Superstring Problem. We describe the linear- time implementation of the well-known Greedy algorithm by Ukkonen [1990] and extend it to another related algorithm, called TGreedy. In addition, we test selected algorithms on a bacterial genome and pangenome to highlight the differences in the size of their output representation and the computational resources used, providing an insight into their respective efficiencies.
Klíčová slova: množiny k-merů|nejkratší nadřetězec|bioinformatika|hladový algoritmus; k-mer sets|shortest superstring|bioinformatics|greedy algorithm

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/184307

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-534464


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Bakalářské práce