Název: Genetická diverzita lipana podhorního (Thymallus thymallus) a její vztah ke stavu jeho populací v ČR
Překlad názvu: Genetic diversity of European greyling (Thymallus thymallus) in the Czech Republic based on mitochondrial DNA variation
Autoři: HAVELKA, Miloš
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2009
Jazyk: cze
Abstrakt: [cze] [eng]
Cílem této práce je posouzení genetické diverzity lipana podhorního (Thymallus thymallus). Ze 147 vzorků z celkem 21 populací byla osekvenována část mitochondriální DNA, a to fargment pro D-loop o délce 1083 párů bází a fragment pro cytochrom b o délce 1076 párů bází. Populace byly vzorkovány na území České republiky, Slovenska a Bosny. Bylo odhaleno celkem 17 haplotypů s průměrnou hodnotou haplotypové diverzity Hd = 0,5480 a s hodnotami genetické vzdálenosti (FST) v rozsahu od 0,001 do 0,9341. Nejčetněji byl zastoupen haplotyp TH1, a to u 92 jedinců. Odvozený vnitrodruhový fylogenetický strom odhalil tři dobře oddělené skupiny. Jedna skupina byla reprezentována dunajskými haplotypy ze Slovenska. Druhá vysoce divergentní skupina obsahovala jedince z řeky Vrbas v Bosně a poslední největší skupina zahrnovala haplotypy ze všech tří povodí na našem území. Předpokládáme, že získané výsledky budou později aplikovány pro vhodnou volbu ochranářských strategií, které povedou k ustálení stavů původních populací tohoto stále vzácnějšího druhu na našem území. Goal of this Thesis is the comparison of the Grayling˘s genetic diversity. The complete mitochondrial DNA (mtDNA) control region (1083 base pairs) and gene for cytochrom B (1076 base pairs) were sequenced in 147 European grayling (Thymallus thymallus), from 21 populations in Czech Republic, Slovakia and Bosnia. In samples, 17 haplotypes were detected with average haplotype diversity Hd = 0,5480 and genic differentiation (FST) from 0,001 to the 0.9341. The most common haplotype TH1 was detected in 92 samples. An inferred intraspecific phylogenetic tree revealed three well-separated clades. One clade was represented by Danubian haplotypes from Slovakia. Second highly divergent clade contained individuals from river Vrbas in Bosnia, and the last biggest clade included haplotypes of all three sea basins from Czech Republic. We suppose that the gained results will be later utilized to the choice of suitable conservation measures that will lead to stabilization of the state of ancestral population of this ever more rare species in our region.
Klíčová slova: cytochrom b; D-loop; haplotyp; populace; Thymallus thymallus; control region; cytochrom b; haplotypes; population; Thymallus thymallus
Citace: HAVELKA, Miloš. Genetická diverzita lipana podhorního (Thymallus thymallus) a její vztah ke stavu jeho populací v ČR. České Budějovice, 2009. diplomová práce (Ing.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Fakulta zemědělská a technologická

Instituce: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v digitálním repozitáři JČU.
Původní záznam: http://www.jcu.cz/vskp/7702

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-51255


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce