Original title: Genetická diverzita lipana podhorního (Thymallus thymallus) a její vztah ke stavu jeho populací v ČR
Translated title: Genetic diversity of European greyling (Thymallus thymallus) in the Czech Republic based on mitochondrial DNA variation
Authors: HAVELKA, Miloš
Document type: Master’s theses
Year: 2009
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Cílem této práce je posouzení genetické diverzity lipana podhorního (Thymallus thymallus). Ze 147 vzorků z celkem 21 populací byla osekvenována část mitochondriální DNA, a to fargment pro D-loop o délce 1083 párů bází a fragment pro cytochrom b o délce 1076 párů bází. Populace byly vzorkovány na území České republiky, Slovenska a Bosny. Bylo odhaleno celkem 17 haplotypů s průměrnou hodnotou haplotypové diverzity Hd = 0,5480 a s hodnotami genetické vzdálenosti (FST) v rozsahu od 0,001 do 0,9341. Nejčetněji byl zastoupen haplotyp TH1, a to u 92 jedinců. Odvozený vnitrodruhový fylogenetický strom odhalil tři dobře oddělené skupiny. Jedna skupina byla reprezentována dunajskými haplotypy ze Slovenska. Druhá vysoce divergentní skupina obsahovala jedince z řeky Vrbas v Bosně a poslední největší skupina zahrnovala haplotypy ze všech tří povodí na našem území. Předpokládáme, že získané výsledky budou později aplikovány pro vhodnou volbu ochranářských strategií, které povedou k ustálení stavů původních populací tohoto stále vzácnějšího druhu na našem území. Goal of this Thesis is the comparison of the Grayling˘s genetic diversity. The complete mitochondrial DNA (mtDNA) control region (1083 base pairs) and gene for cytochrom B (1076 base pairs) were sequenced in 147 European grayling (Thymallus thymallus), from 21 populations in Czech Republic, Slovakia and Bosnia. In samples, 17 haplotypes were detected with average haplotype diversity Hd = 0,5480 and genic differentiation (FST) from 0,001 to the 0.9341. The most common haplotype TH1 was detected in 92 samples. An inferred intraspecific phylogenetic tree revealed three well-separated clades. One clade was represented by Danubian haplotypes from Slovakia. Second highly divergent clade contained individuals from river Vrbas in Bosnia, and the last biggest clade included haplotypes of all three sea basins from Czech Republic. We suppose that the gained results will be later utilized to the choice of suitable conservation measures that will lead to stabilization of the state of ancestral population of this ever more rare species in our region.
Keywords: control region; cytochrom b; haplotypes; population; Thymallus thymallus; cytochrom b; D-loop; haplotyp; populace; Thymallus thymallus
Citation: HAVELKA, Miloš. Genetická diverzita lipana podhorního (Thymallus thymallus) a její vztah ke stavu jeho populací v ČR. České Budějovice, 2009. diplomová práce (Ing.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Fakulta zemědělská a technologická

Institution: University of South Bohemia in České Budějovice (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Digital Repository of University of South Bohemia.
Original record: http://www.jcu.cz/vskp/7702

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-51255


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > University of South Bohemia in České Budějovice
Academic theses (ETDs) > Master’s theses