Název: Příprava a využití proteas vhodných ke studiu struktury proteinů.
Překlad názvu: Preparation of proteases for protein structure studies.
Autoři: Jirečková, Barbora ; Man, Petr (vedoucí práce) ; Vaňková, Pavla (oponent)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2022
Jazyk: cze
Abstrakt: [cze] [eng]
Vodík/deuteriová výměna spojená s hmotnostní spektrometrií (HDX-MS) je metoda, která umožňuje studium struktury a dynamiky proteinů. Pro lokalizaci této výměny je do HDX-MS zařazena proteolýza analyzovaného proteinu, která určuje prostorové rozlišení. Standardně se používá pepsin, který má ale své limitace, a také štěpení pouze jednou proteasou často neposkytuje optimální prostorové rozlišení. V několika publikacích byl akcentován význam alternativních proteas nepenthesinu-2 (Nep-2) a aspergillopepsinu (XIII), které oproti pepsinu štěpí za bazickými aminokyselinami. Při studiu na prolin bohatých proteinů získává význam prolyl endoproteasa z Aspergillus niger (AnPEP). Tato práce se zabývá charakterizací imobilizovaného AnPEPu v kombinaci s proteasami pepsinem, aspergillopepsinem nebo Nep-2 za účelem jejich aplikace v HDX-MS. Nejprve byly na sadě modelových proteinů otestovány kolony s pouze jednou proteasou. Bylo zjištěno, že imobilizovaný AnPEP oproti ostatním proteasám nemá optimální štěpné charakteristiky. Za účelem spojení výhod výše uvedených proteas byly modelové proteiny štěpeny pomocí kolon s AnPEP koimobilizovaným s pepsinem, Nep-2 nebo XIII a také pomocí dvou proteasových kolon v sériovém zapojení (vždy AnPEP kolona s pepsinovou, Nep-2 nebo XIII kolonou v obou směrech). V rámci štěpení... Hydrogen/deuterium exchange coupled with mass spectrometry (HDX-MS) is a method allowing the study of protein structure and dynamics. Its spatial resolution is given by the proteolysis step that is included in the HDX-MS workflow. Most widely used pepsin has however some limitations and use of a single protease often does not provide optimal spatial resolution. Several publications have emphasized the importance of the alternative proteases nepenthesin-2 (Nep-2) and aspergillopepsin (XIII) cleaving, in contrast to pepsin, after basic amino acids. In studies targeting proline-rich proteins, another enzyme, prolyl endoprotease from Aspergillus niger (AnPEP), is gaining importance. This work focuses on the characterization of immobilized AnPEP in combination with pepsin, aspergillopepsin or Nep-2 for their application in HDX-MS. First, columns with only one protease were tested on a set of model proteins. It was found that immobilized AnPEP did not have optimal cleavage characteristics compared to the other proteases. In order to combine the advantages of the proteases mentioned above, the model proteins were digested using columns with AnPEP coimmobilized with pepsin, Nep-2 or XIII and also using two protease columns in series (always AnPEP column with pepsin, Nep-2 or XIII column in both...
Klíčová slova: AnPEP; hmotnostní spektrometrie; kyselé proteasy; proteomika; struktura proteinů

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/176606

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-509889


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce