Original title: Využití metod next-generation sekvenování pro rekonstrukci fylogeneze polyploidních rostlin
Translated title: Application of next-generation sequencing for phylogenetic reconstruction of polyploid plants
Authors: Skopalíková, Jana ; Fér, Tomáš (advisor) ; Šrámková, Gabriela (referee)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2015
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Tato bakalářská práce shrnuje dostupné informace o aktuálně používaných metodách next-generation sekvenování (NGS), které v posledních letech zažilo velký rozmach. Výhodou nových metod je zisk velkého množství dat za mnohonásobně nižší cenu za osekvenovanou bázi oproti Sangerově metodě, avšak analýza těchto dat skýtá různá úskalí. I když je v dnešní době již možné sekvenovat celé genomy jednotlivých organismů, pro fylogenetiku, která je postavena na studiu mnoha jedinců, zůstává tento přístup značně náročný. Proto v posledních letech vzniklo množství přístupů, jak účinně redukovat genom, např. sekvenování transkriptomu (RNA-Seq), cílené obohacení (target enrichment), restrikční metody (RAD-Seq, RLL, GBS), mělké sekvenování (genome skimming) a další. Každá z těchto metod má však několik výhod i nevýhod, které ovlivňují jejich využitelnost ve fylogenetických analýzách. Dále se práce zabývá polyploidní speciací a specifiky studia fylogeneze u polyploidních rostlin - výběrem vhodných markerů, následným zpracováním dat a fylogenetickými analýzami. Poslední část je pak věnovaná mé budoucí práci na polyploidním rodu Curcuma L. This bachelor thesis summarizes available information about currently used next- generation sequencing (NGS) methods where a big progress was achieved during last few years. Great advantage of NGS is the ability to gain huge amount of data at much lower cost per base compared to the Sanger sequencing. However, there are various pitfalls in data analysis. Nowadays it is possible to sequence the entire genomes of individuals. Nevertheless, this approach remains challenging when studying many individuals, e.g. in phylogenetics. Recently, several approaches for effective reduction of genome complexity arose: transcriptome sequencing (RNA-Seq), target enrichment, restriction digest-based methods (RAD-Seq, RLL, GBS), genome skimming (shallow sequencing), etc. Each method has both advantages and disadvantages that affect its utility in phylogenetics. Furthermore, the thesis deals with polyploid speciation and particularity of phylogenetics in polyploid plants - selection of suitable markers followed by data processing and phylogenetic analyzes. The last part of the thesis is devoted to my future research of polyploid genus Curcuma L.
Keywords: 454 pyrosequencing; Hyb-Seq; hybridization; Illumina; PacBio; polyploidy; RAD-Seq; RNA-Seq; 454 pyrosekvenování; Hyb-Seq; hybridizace; Illumina; PacBio; polyploidie; RAD-Seq; RNA-Seq

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/83401

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-488013


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses