Název:
Epitopy HLA antigenů a jejich význam pro transplantační program orgánů
Překlad názvu:
Epitopes of HLA antigens and their relevance for organ transplantation program
Autoři:
Šutta, Adrián ; Slavčev, Antonij (vedoucí práce) ; Hájková, Michaela (oponent) Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok:
2021
Jazyk:
eng
Abstrakt: [eng][cze] and Key words This diploma thesis is focused on assessing the potential benefit of HLA epitopes for the prediction of de novo antibody production at kidney transplant recipients. The topic and patient selection criteria were selected in accordance with the 18th International HLA and Immunogenetics workshop (IHIWS), which is taking place in May 2022 in the Netherlands, where our data will also be contributed. Our aims were to compare HLA antigens mismatches (counted as total number of mismatched alleles) defined on the high-resolution level by NGS sequencing, HLA eplets mismatches defined by HLA matchmaker, and amino acid mismatches defined by HLA EMMA in their capacity to predict de novo antibody production and compare these results to other works by different authors from this field. We have identified N= 28 patients who developed de novo antibodies and N= 19 who didn't develop de novo antibodies in 5 years follow up their transplant. These two cohorts were compared based on all three approaches and correlation between number of mismatches and number of patients with de novo antibodies were made using ROC curves. Superiority of eplet mismatches over HLA antigen mismatches (total number of mismatched alleles) defined on high resolution was not detected. The HLA epitopes identified by the HLA...a klíčová slova Cílem této diplomové práce je zhodnocení potenciálního benefitu HLA epitopů v predikci de novo protilátkové odpovědi u pacientů po transplantaci ledviny. Téma a selekční kritéria pacientů byli určeny ve shodě se selekčními kritérii pro 18. mezinárodní workshop pro HLA a Imunogenetiku, který se uskuteční v květnu 2022 v Nizozemsku, kterého součástí budou i data použity při vyhotovení této práce. Našim cílem bylo porovnaní neshod na úrovni HLA alel (definovaných ve vysokém rozlišení za pomoci NGS sekvenování), neshod v HLA epitopech (definovaných HLA Matchmakerem) a neshodných aminokyselin v sekvenci HLA molekuly (definované pomocí HLA EMMA). Podařilo se nám identifikovat N= 28 pacientů pozitivních na de novo protilátky a N= 19 pacientů. negativních na de novo protilátky po uplynutí 5 let od transplantace. Tyto dvě kohorty byly následně porovnávány na základě výše zmíněných metod a následně bylo množství neshod korelováno s počtem pacientů, kteří si vytvořili de novo protilátky, za použití ROC křivek. Nepodařilo se nám zaznamenat výhodu HLA epitopů v porovnání s HLA alelami ve vysokém rozlišení. HLA epitopy definované HLA Matchmakerem byly následně analyzovány samostatně. Ke každému epitopu byla přirazená teoretická imunogenicita na základě počtu neshod/DSA protilátek v konkrétním...
Klíčová slova:
epitopy; HLA; transplantace orgánů; epitopes; HLA; organ transplantation