Název: Výzkum DNA kompatibilních reakcí a jejich využití při přípravě DNA kódovaných knihoven
Překlad názvu: Study of DNA-compatible Reactions and Their Utilisation for DNA Encoded Libraries
Autoři: Havelka, Václav ; Míšek, Jiří (vedoucí práce) ; Kožíšek, Milan (oponent)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2020
Jazyk: cze
Abstrakt: [cze] [eng]
DNA kódované knihovny peptidů jsou základem in vitro selekčních metod, které využívají různé biologické systémy ("phage display";"yeast display";"mRNA display"). Přes velký úspěch těchto selekčních metod je jejich zřejmou nevýhodou omezený počet stavebních bloků, které jsou tvořeny pouze dvaceti proteinogenními aminokyselinami. Zapojení dalších neproteinogenních aminokyselin a dalších stavebních bloků by mohlo podstatně rozšířit spektrum možných aplikací těchto selekčních metod. Například zavedením chemických modifikací v postranních řetězcích aminokyselin v takových knihovnách by umožnilo efektivní studium posttranslačních modifikací (fosforylace, acylace, glykosylace, methylace atd.) v živých organismech. Cílem této práce byl vývoj metody pro přípravu plně syntetické DNA kódované knihovny peptidů. Základními kroky byla chemická syntéza peptidu a s tím spojená enzymová syntéza kódující DNA. Pro syntézu DNA kódovaných knihoven peptidů je nezbytná kompatibilita chemických reakcí s DNA. Jelikož finální kyselé odchránění postranních řetězců v peptidu není kompatibilní s DNA, byly testovány dva přístupy k odstranění tohoto problému. Prvním z nich byl pokus o vývoj jemnějších podmínek odchránění postranních řetězců syntetizovaných peptidů, které mohou být kompatibilní s DNA. Podařilo se najít nové,... DNA-encoded peptide libraries are the basis for in vitro selection methods that use various biological systems (phage display; yeast display; mRNA display). Despite the great success of these selection methods, their obvious disadvantage is the limited number of building blocks, which consist of only twenty proteinogenic amino acids. The involvement of other non- proteinogenic amino acids and other building blocks could significantly expand the range of possible applications of these selection methods. For example, the introduction of chemical modifications in amino acid side chains in such libraries would allow the effective study of post-translational modifications (phosphorylation, acylation, glycosylation, methylation, etc.) in living organisms. The aim of this work was to develop a method for preparation of a fully synthetic DNA encoded library of peptides. The basic steps for the preparation were the chemical synthesis of the peptide and associated enzymatic synthesis of encoding DNA. Compatibility of chemical reactions with DNA is essential for the synthesis of DNA-encoded peptide libraries. Because the final acidic deprotection of the side chains in the peptide is not compatible with DNA, two approaches have been tested to overcome this problem. The first was an attempt to develop finer...
Klíčová slova: DNA kompatibilní chemické reakce; DNA sekvenace; DNA syntéza a amplifikace; DNA sequencing; DNA synthesis and amplification; DNA-compatible reactions

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/119812

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-434080


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce