Název: Analýzy velikosti genomu, ploidie a karyotypu u kmenů Monocercomonoides
Překlad názvu: Analyses of Monocercomonoides genome sizes, ploidies and karyotypes
Autoři: Kornalíková, Martina ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Krylov, Vladimír (oponent)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2019
Jazyk: eng
Abstrakt: [eng] [cze]
Oxymonads are a group of flagellate protists living in low oxygen environments - mainly the guts of insects and vertebrates. In this study, we focus on the analysis of ploidy and karyotype of various species of oxymonads using Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) with probes against single copy genes and telomeric repeats as well as estimating the DNA content in the nuclei of these oxymonads using flow cytometry. Using specific FISH probes against SufDSU gene, which is present in a single copy in the haploid genome, we showed that all studied strains are probably haploid. From the genome of Monocercomonoides exilis strain PA203 we know that oxymonads have the ancestral type of telomeric repeat (TTAGGG). Using a probe against these repeats we tried to label chromosome ends and estimate the number of chromosomes for seven strains (five species) of Monocercomonoides. With a single exception, the average number of signals per nucleus was below 20 indicating number of chromosomes below 10. In the strains of M. mercovicensis, we observed much higher number of signals suggesting that the cells have much higher number of chromosomes. Finally, we established the DNA content for several strains using flow cytometry. We used as a standard M. exilis strain PA203 knowing that the haploid genome size is... Oxymonády jsou skupinou bičíkatých prvoků, žijících v prostředí s nízkou koncentrací kyslíku. Obývají především střeva hmyzu a obratlovců. V této studii se zaměřujeme na analýzu ploidie a karyotypu různých druhů oxymonád pomocí metody fluorescence in situ hybridizace (FISH) s použitím prób proti jednokopiovým genům a telomerickým repeticím. Také jsme se pokusili odhadnout velikost genomu těchto druhů oxymonád pomocí průtokové cytometrie. S použitím specifických FISH prób proti SufDSU genu, který je pravděpodobně přítomenv jedné kopii v genomu, ukázali, že všechny studované kmeny jsou haploidní. Z genomu Monocercomonoides exilis víme, že oxymonády mají původní typ telomerické repetice (TTAGGG). Použitím próby proti těmto telomerickým repeticím jsme se pokusili odhadnout počet chromozomů u sedmi kmenů (pěti druhů) Monocercomonoides. Kromě jedné vyjímky byl průměrný počet signálů pod 20, což naznačuje počet chromozomů v řádu jednotek. V kmenech M. mercovicensis jsme ovšem zaznamenali mnohem vyšší počet signálů naznačujících, že buňky mají mnohem vyšší počty chromozomů. Nakonec jsme stanovili obsah DNA v jádreh těchto kmenů pomocí průtokové cytometrie se standardem M. exilis PA203, jehož velikost genomu je známa (82Mbp). Výsledky ukazují, že většina kmenů má menší velikost genomu podobnou nebo menší,...
Klíčová slova: FISH; karyotyp; Oxymonády; ploidie; FISH; karyotype; Oxymonads; ploidy

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/105505

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-394059


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce