Název:
Webový nástroj pro vizualizaci sekundární struktury RNA
Překlad názvu:
Web-based tool for RNA secondary structure visualization
Autoři:
Saksa, Jakub ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Škoda, Petr (oponent) Typ dokumentu: Bakalářské práce
Rok:
2018
Jazyk:
slo
Abstrakt: [eng][cze] Visualization of RNA secondary structure is an open problem because there does not exist a well- defined description of the layout process. The layout accepted by the community is habitual. The approach implemented by the Traveler tool, developed at Department of Software Engineering MFF UK, is based on using existing structure with known layout as a template for laying out structure with unknown layout. The first version of the program had few issues that made it difficult to use. The goal of the thesis was to improve Traveler so that the tool is more accessible. Improvements include ability to process pseudoknots, intermediate format for images of secondary structures and modification of the layout-creating algorithm. We created a web application that serves as an user interface for Traveler. The application is able to automatically choose a template for the structure too.Vizualizácia sekundárnej štruktúry RNA je otvoreným problémom, pretože neexistuje presný popis ako ju vykresliť, zobrazenie akceptované komunitou je zvykové. Prístup implementovaný v nástroji Traveler, ktorý vznikol na Katedre softwarového inženýrství MFF UK, používa pre vizualizáciu šablónu v podobe inej, už existujúcej štruktúry. Prvá verzia programu mala však niekoľko nedostatkov znemožňujúcich jeho použitie. Cieľom tejto práce bolo vylepšiť Traveler a vytvoriť tak nástroj, ktorého používanie bude pre užívateľa prístupnejšie. Vylepšeniami sú schopnosť spracovávať pseudouzly, medziformát pre obrázky sekundárnych štruktúr a úprava algoritmu pre tvorbu layoutu. Ďalším cieľom práce bolo vytvoriť webovú aplikáciu, ktorá bude slúžiť ako užívateľské rozhranie. Vytvorená aplikácia je schopná sama vybrať šablónu pre cieľovú štruktúru a vizualizovať ju.
Klíčová slova:
bioinformatika; RNA; skundární struktura; vizualizace; bioinformatics; RNA; secondary structure; visualization