Název: Vyhodnocení numerických reprezentací pro detekci překryvů
Překlad názvu: Evaluation of numerical representations suitability for overlap detection
Autoři: Pleskačová, Barbora ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Jugas, Robin (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Bakalářské práce
Rok: 2018
Jazyk: cze
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstrakt: [cze] [eng]
Bakalářská práce je zaměřena na vyhodnocení numerických reprezentaci pro detekci překryvů. Úvodní část se věnuje popisu struktury deoxyribonukleové kyseliny. Dále jsou popsány sekvenační metody a techniky pro sestavení genomu. Další část se zabývá numerickými reprezentacemi, které převádějí sekvence DNA do numerické podoby. Na základě metrik podobnosti je otestováno použití těchto reprezentací pro detekci překryvů mezi čteními DNA. V praktické části práce je navržen a zrealizován algoritmus pro detekci překryvů za využití numerických reprezentací. Algoritmus je následně otestován na datech. The bachelor´s thesis is focused on the evaluation of numerical representations suitability for overlap detection. Introductory part deals with description of deoxyribonucleic acid structure. The next part discribes sequencing methods and genome assembly techniques. Following part deals with numerical representations that convert DNA sequences into numerical form. Based on similarity metrics, the use of these representations is tested for the detection of overlaps between DNA reads. In the practical part of the thesis an algorithm for overlap detection is designed and implemented using numerical representations. The algorithm is then tested on data.
Klíčová slova: DNA; DNA sekvenování; metriky podobnosti; numerické reprezentace; sestavení genomu; DNA; DNA sequencing; genome assembly; numeric representation; similarity metrics

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/82379

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-378461


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Bakalářské práce