Název: Volume reconstruction of large biological tissue specimens
Překlad názvu: Objemová rekonstrukce velkých biologických tkáňových vzorků
Autoři: Čapek, Martin ; Janáček, Jiří ; Kubínová, Lucie ; Smrčka, P. ; Hána, K.
Typ dokumentu: Příspěvky z konference
Konference/Akce: International Conference on Advanced Engineering Design /5./, Praha (CZ), 2006-06-11 / 2006-06-14
Rok: 2006
Jazyk: eng
Abstrakt: [eng] [cze]
Volume reconstruction is a technique for visualization of a biological specimen which is greater than the field of view of a used optical instrument - a confocal laser scanning microscope in our case. The first step of volume reconstruction is acquisition of sets of digital volume images (spatial tiles which overlap) from all studied physical slices. The second step is horizontal merging of overlapping spatial tiles of the same physical slice (mosaicking). The third reconstruction step is vertical merging of digital volumes of successive physical slices of the specimen. The resulting large digital volumes are visualized using a VolumePro hardware board that offers real-time 3D volume rendering. In this paper we show a reconstruction of a chick embryonic kidney Objemová rekonstrukce slouží k trojrozměrné vizualizaci biologických vzorků, jejichž velikost může být větší než je zorné pole snímacího systému (laserového konfokálního mikroskopu).Velké vzorky je nutné nařezat na tenké fyzické řezy. Následně se snímají všechny sousedící objemové obrazy v rámci jednotlivých fyzických řezů (kompenzace omezeného horizontálního zorného pole). Takové obrazy se dále získají pro všechny sériové fyzické řezy (kompenzace omezeného axiálního zorného pole).První krok objemové rekonstrukce představuje složení překrývajících se sousedních zorných polí téhož fyzického řezu. Složené objemové obrazy fyzických řezů je pak nutno složit ve výsledný objemový obraz reprezentující celý biologický vzorek. Výsledný digitální objem jsem vizualizovali s využitím karty VolumePro nabízející 3D zobrazení rastrových dat v reálném čase
Klíčová slova: confocal microscopy; volume reconstruction; volume visualization
Číslo projektu: CEZ:AV0Z50110509 (CEP), LC06063 (CEP), IAA100110502 (CEP), IAA500200510 (CEP), GA304/05/0153 (CEP)
Poskytovatel projektu: GA MŠk, GA AV ČR, GA AV ČR, GA ČR
Zdrojový dokument: Advanced Engineering Design AED 2006, ISBN 80-86059-44-8

Instituce: Fyziologický ústav AV ČR (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dokument je dostupný v příslušném ústavu Akademie věd ČR.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11104/0144743

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-36881


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Věda a výzkum > AV ČR > Fyziologický ústav
Konferenční materiály > Příspěvky z konference