Název: Aplikační potenciál modifikačních metod (chemická činidla, foto-nanosondy) a hmotnostní spektrometrie pro studium struktury proteinů a jejich vzájemných interakcí
Překlad názvu: Application potential of modification approaches (chemical agents, photo-nanoprobes) and mass spectrometry to study protein structure and protein-protein interaction
Autoři: Ptáčková, Renata ; Šulc, Miroslav (vedoucí práce) ; Levová, Kateřina (oponent) ; Osička, Radim (oponent)
Typ dokumentu: Disertační práce
Rok: 2015
Jazyk: cze
Abstrakt: [cze] [eng]
K pochopení fyziologické funkce proteinů je nezbytná znalost jejich prostorového uspořádání, studium konformačních změn a vzájemných interakcí. Chemické zesítění v kombinaci s hmotnostní spektrometrií představuje vhodnou doplňkovou techniku k běžným metodám strukturní biologie (RTG krystalografie, NMR spektroskopie), která umožňuje charakterizovat interakce v komplexech bílkovin za nativních podmínek. Předkládaná práce je zaměřena především na novou síťovací techniku založenou na in vivo inkorporaci analogu methioninu s foto-reaktivní funkční skupinou (foto-Met) do sekvence studovaného proteinu (tzv. proteinová foto-nanosonda). Interakce modelové dimerní molekuly proteinu 14-3-3zeta byla použita pro testování a optimalizaci přípravy proteinové foto-nanosondy a byla tak ověřena využitelnost této techniky k zachycení protein-proteinových interakcí. Byla řešena také interakce membránových hemoproteinů - cytochromu P450 2B4 a cytochromu b5. S využitím chemického zesítění a MS analýzy byla charakterizována vzájemná interakce katalytických domén cytochromů a byly nalezeny dvě možné prostorové orientace cytochromů. Nově zavedená technika síťování pomocí foto-Met umožnila zachytit různé oligomerní stavy katalyticky aktivního membránového komplexu a byl stanoven molární poměr cytochromů v identifikovaných... A comprehensive understanding of physiological role of proteins requires knowledge of their three-dimensional structure, dynamics and protein-protein interactions. Chemical cross-linking in combination with mass spectrometry represents an alternative approach to standard methods for protein structure elucidation (X-ray crystalography, NMR spectroscopy) and enables characterization of interaction interface within protein complexes in their native states. The presented thesis is mainly focused on novel cross-linking methodology based on the in vivo incorporation of methionine analog with photo-reactive functional group (photo-Met) into the sequence of studied protein (so called protein photo-nanoprobe). Interaction between two molecules of 14-3-3zeta protein was used as a model to test and optimize the protein photo-nanoprobe production. The findings confirmed usefulness of this approach for mapping the protein-protein interactions. The photo-initiated cross-linking was used to detect the heterooligomeric membrane structures of cytochromes P450 2B4 and b5 and the molar ratio of cytochromes within individual complexes was assessed. The chemical cross-linking in combination with mass spectrometry was employed to characterize the interaction of their catalytic domains and two mutual orientations of...
Klíčová slova: chemické zesítění; protein-proteinové interakce,hmotnostní spektrometrie; proteinové foto-nanosondy; chemical cross-linking; mass spectrometry; protein photo-nanoprobes; protein-protein interaction

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/67026

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-336161


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Disertační práce