Název:
Komplexní strukturní a funkční analýza jednotlivých podjednotek kvasinkového translačního iniciačního faktoru 3.
Překlad názvu:
Complex structural and functional analysis of individual subunits of yeast translation initiation factor 3.
Autoři:
Herrmannová, Anna ; Valášek, Leoš (vedoucí práce) ; Krásný, Libor (oponent) ; Pospíšek, Martin (oponent) Typ dokumentu: Disertační práce
Rok:
2014
Jazyk:
eng
Abstrakt: [eng][cze] 5 ABSTRACT Translation initiation in eukaryotes is a complex process promoted by numerous proteins or protein complexes called eukaryotic initiation factors (eIFs). The eukaryotic initiation factor 3 (eIF3) is a multisubunit complex that has been implicated in several steps of the translation initiation pathway. In yeast Saccharomyces cerevisiae, eIF3 is composed of five essential subunits (a/TIF32, b/PRT1, c/NIP1, g/TIF35, i/TIF34) and one nonessential subunit (j/HCR1). It is our long-term goal to understand how eIF3 promotes different stages of translation initiation and which subunits or their domains play a critical role in this process as well as to map the binding sites of eIF3 on 40S ribosomal subunit and to create a structural model of eIF3 complex. Here I present two structural studies showing interactions between the RNA recognition motif of eIF3b and a short peptide of eIF3j subunits of human eIF3 solved by NMR spectroscopy, and a crystal structure of the C-terminal fragment of yeast b/PRT1 in complex with the full length i/TIF34 subunit at 2.2 Å resolution. In the former study, me and my colleagues showed that the critical determinants mediating this eIF3b-eIF3j interaction are evolutionary conserved, since their mutations in yeast proteins reduced cellular growth rate, eliminated j/HCR1...7 ABSTRAKT Eukaryotická iniciace translace je komplexní proces, který je ovlivněn mnoha proteiny a proteinovými komplexy, které nazýváme translační iniciační faktory. Eukaryotický translační iniciační faktor 3 (eIF3) je komplexem více podjednotek a hraje roli hned v několika fázích iniciace translace. Iniciační faktor eIF3 se v kvasince Saccharomyces cerevisiae skládá z pěti esenciálních podjednotek (a/TIF32, b/PRT1, c/NIP1, g/TIF35, i/TIF34) a jedné neesenciální podjednotky (j/HCR1). Naším dlouhodobým cílem je porozumět tomu, jak eIF3 působí v různých fázích iniciace translace, které podjednotky nebo jejich domény hrají při těchto proceses důležitou roli, a také zmapování jeho vazebných míst na malé ribosomální podjednotce a vytvoření strukturního modelu celého komplexu. V této práci prezentuji výsledky dvou strukturních studií. První popisuje interakci objevenou pomocí NMR spektroskopie mezi RNA-rozpoznávajícím motivem lidského faktoru eIF3b a podjednotkou eIF3j. Druhá studie představuje krystalickou strukturu interakce mezi C-koncovým fragmentem kvasinkové podjednotky b/PRT1 a podjednotkou i/TIF34 v rozlišení 2,2 A. V první práci jsme ukázali, že kritické determinanty této interakce jsou konzervovány také v kvasinkách, a že jejich mutace způsobuje zpomalení růstu, eliminuje asociaci j/HCR1 s b/PRT1 in...