Název:
Studium chromosomů parazita Trichomonas vaginalis
Překlad názvu:
Chromosomes of parasitic protist Trichomonas vaginalis
Autoři:
Zubáčová, Zuzana ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Alsmark, Cecília (oponent) ; Vanáčová, Štěpánka (oponent) Typ dokumentu: Disertační práce
Rok:
2011
Jazyk:
eng
Abstrakt: [eng][cze] Charles University in Prague Faculty of Science Programme of study: Parasitology Abstract of Ph.D. thesis Chromosomes of parasitic protist Trichomonas vaginalis Zuzana Zubáčová, MSc. Supervisor: Prof. RNDr. Jan Tachezy, Ph.D. Praha, 2011 Abstract Genome sequencing and associated proteome projects has revolutionized research in the field of molecular parasitology. Progress in sequencing of parasite as well as free-living species enables comparative and phylogenetic studies and provides important data sets for understanding of basic biology and identification of new drug targets. The genome sequencing of Trichomonas vaginalis revealed surprisingly large genome size of this organism (~160 Mb) that resulted from expansion of various repetitive elements, specific gene families and large scale genome duplication. I studied genome sizes of other nine selected species from Trichomonadea group to find whether other trichomonads have undergone similar genome expansion. The measurement of nuclear DNA content by flow cytometry revealed relatively large DNA content in all tested species although within a broad range (86-177 Mb). The largest genomes were observed in the Trichomonas and Tritrichomonas genera while Tetratrichomonas contains the smallest genome. The genome sizes correlated with the cell volume however no...Univerzita Karlova v Praze Přírodovědecká fakulta Program: Biomedicína/Parazitologie Abstrakt disertační práce Chromosomy parazita Trichomonas vaginalis Mgr. Zuzana Zubáčová Školitel: Prof. RNDr. Jan Tachezy, Ph.D. Abstrakt Sekvenování genomů a přidružené proteomické studie způsobily převrat ve výzkumu v oblasti molekulární parazitologie. Postupující sekvenování jak parazitických, tak i volně žijících druhů umožňuje srovnávací a fylogenetické studie, a je rovněž zdrojem důležitých dat pro pochopení jejich základní biologie a identifikaci nových cílů terapie parazitárních nákaz. Sekvenování DNA parazita Trichomonas vaginalis překvapivě odhalilo u tohoto lidského patogena genom o velikosti až ~160 Mb. Zjistilo se, že expanze genomu je výsledkem zmnožení repetitivních sekvencí, specifických genových rodin a duplikací rozsáhlých částí genomu. Analýzou obsahu jaderné DNA u 9 příbuzných druhů trichomonád pomocí průtokové cytometrie jsem zjistila, že expanze velikosti genomu není specifická jen pro T. vaginalis, ale i ostatní druhy se vyznačují velkými genomy (86-177 Mb). Největší genomy mají zástupci rodů Trichomonas a Tritrichomonas, nejmenší genom jsme zjistili u druhu Tetratrichomonas gallinarum. Velikosti genomů trichomonád pozitivně korelovaly s objemy jejich buněk. Nepozorovali jsme korelaci mezi velikosti...