Název:
Ribosom Bacillus subtilis: regulace biosyntézy ribosomální RNA a identifikace nového ribosomálního proteinu YbxF
Překlad názvu:
Bacillus subtilis ribosomes: regulation of ribosomal RNA biosynthesis and identification of the new ribosomal protein YbxF
Autoři:
Sojka, Luděk ; Jonák, Jiří (vedoucí práce) ; Valášek, Leoš (oponent) ; Lichá, Irena (oponent) Typ dokumentu: Disertační práce
Rok:
2011
Jazyk:
cze
Abstrakt: [cze][eng] 1 Abstrakt Tato disertační práce se zabývá biologií bakteriálního ribosomu u gram pozitivní bakterie Bacillus subtilis a zahrnuje studium obou jeho složek - ribosomální RNA (rRNA) a jednoho z ribosomálních proteinů. První část popisuje studium regulace syntézy rRNA. Druhá část popisuje identifikaci a charakterizaci nového ribosomálního proteinu kódovaného genem ybxF. Hlavním regulačním mechanismem tvorby rRNA v buňce je regulace transkripce na úrovni iniciace. Iniciační nukleosid trifosfáty (iNTP) jsou důležitým regulátorem iniciace transkripce na promotorech pro rRNA. Fyziologicky se měnící koncentrace iNTP ovlivňuje aktivitu RNA polymerázy (RNAP) na těchto promotorech. Takové promotory obecně označujeme jako "senzitivní". Nejvíce znalostí o této regulaci bylo doposud získáno ze studia bakterie Escherichia coli, kde je klíčová pro tuto regulaci promotorová sekvence. Avšak pravidla vztahující se na sekvenční požadavky takto regulovaných promotorů u gram negativní bakterie E. coli nejsou platná pro promotory gram pozitivní bakterie B. subtilis, neboť jejich sekvence se diametrálně liší. V rámci disertační práce jsme u B. subtilis, pomocí in vitro a in vivo přístupů určili promotorové sekvenční elementy zodpovědné za senzitivitu promotorů pro rRNA a další vybrané geny ke koncentraci iNTP. Druhá část práce se...1 Abstract The biology of the bacterial ribosome of gram positive bacterium Bacillus subtilis is the central point of this thesis that includes studies of both ribosomal components - ribosomal RNA (rRNA) and one of ribosomal proteins. The first part of the thesis focuses on the regulation of rRNA synthesis and the second part focuses on the identification and characterization of a new ribosomal protein, YbxF. rRNA synthesis is mostly regulated at the level of transcription initiation. Initiating nucleoside triphosphates (iNTPs) are important molecule effectors that regulate this process. Varying iNTP concentration in the cell directly affects RNA polymerase (RNAP) at rRNA promoters as these promoters are sensitive to [iNTP] in vivo. Most of the knowledge about this regulation is derived from Escherichia coli, where the rRNA promoter sequence is key for this regulation. Nevertheless, sequence characteristics of [iNTP]-regulated rRNA promoters from gram positive bacterium B. subtilis do not emulate the sequence characteristics derived from [iNTP]-regulated rRNA promoters from gram negative bacterium E. coli. Using a combination of in vitro and in vivo approaches, we determined promoter DNA elements that are responsible for [iNTP] sensitivity of ribosomal and non ribosomal promoters in B. subtilis. The second...