Original title: Software pro extrakci genomických dat z GenBank formátu
Translated title: User interface for data extraction from GenBank data format
Authors: Jurečková, Kateřina ; Škutková, Helena (referee) ; Maděránková, Denisa (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2015
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato bakalářská práce obsahuje literární rešerši na témata databáze GenBank, její nejpoužívanější datový formát gbk a jeho srovnání s dalšími používanými formáty sekvenčních dat. Dále práce popisuje strukturu mitochondriální DNA živočichů a rostlin, u rostlin blíže popisuje i DNA plastidovou. V praktické části se práce zaměřuje na vyhodnocení úspěšnosti automatické extrakce dat z gbk formátu pro celé mitochondriální sekvence pomocí funkce genbankread z Matlabu. A popisuje nově vytvořenou aplikaci na extrakci dat z GenBank souborů. V závěru je tato aplikace využita při analýze mitochondriálních genomů. This bachelor thesis contains a literature review on the topic of the GenBank database, its most used flat file format gbk and its comparison with other formats of sequential data. Furthermore this thesis describes the structure of mitochondrial DNA of animals and plants and plastid DNA of plants. In the practical part of this thesis is evaluation of successful automatic data extraction from GenBank flat file format from whole mitochondrial sequences by genbankread function in Matlab. And it describes also a new application for GenBank data extraction. In the end this application is used in analyses of mitochondrial genomes.
Keywords: GenBank database; genbankread; genus and interspecific variability; mitochondrial DNA; Databáze GenBank; genbankread; mitochondriální DNA; rodová a mezidruhová variabilita

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/40737

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-244707


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses