Original title: Vizualizace značených buněk modelového organismu
Translated title: Visualization of Marked Cells of a Model Organism
Authors: Kubíček, Radek ; Kršek, Přemysl (referee) ; Herout, Adam (advisor)
Document type: Master’s theses
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato diplomová práce, zabývající se zobrazením volumetrických (objemových) dat, má za úkol zobrazit a zvýraznit značené buňky modelových organismů v datech sejmutých konfokálním mikroskopem. Vstupní data tvoří jednolitý volumetrický celek složený z jednotlivých řezů, který je nutno vhodnou metodou zobrazit a poté identifikovat a zvýraznit buňky označené metodou GFP (Green Fluorescent Protein) nebo fluoreskováním chlorofylu. Hlavním cílem této práce je nalézt pokud možno optimální efektivní metodu umožňující toto zvýraznění, pracující ideálně bez manuálního zásahu uživatele. Vzhledem ke struktuře dat je však tento cíl jen těžko splnitelný, proto postačí nalezení metody operující v manuálním režimu. Nakonec je třeba dosažené výsledky práce zaintegrovat do nástroje FluorCam pro zobrazování dat z dekonvolučního konfokálního mikroskopu. This master thesis is focused on volumetric data rendering and on highlighting and visualization of the selected cells of the model organisms. These data are captured by a confocal deconvolution microscope. Input data form one large volumetric block containing separate slices. This data block is rendered by an applicable method and then are identified and visualized the cells marked by the GFP (Green Fluorescent Protein) process or by chlorophyle fluorescency. The principal aim of this work is to find out the preferably optimal effective method enabling this highlighting, most preferably working without a manual check. Due to the data structure, this ambition seems hardly realizable, so it suffices to find out a manual working method. The last step is to embed the results of this work into FluorCam application, the confocal deconvolution microscope data visualizer.
Keywords: 3D textures; biological data rendering; Caenorhabditis elegans; FluorCam; GFP; GPU acceleration; Green Fluorescent Protein; shader; volumetric data; volumetric data rendering; 3D textury; Caenorhabditis elegans; FluorCam; GFP; GPU akcelerace; Green Fluorescent Protein; objemová data; shader; volumetrická data; volumetrické zobrazení; zobrazení biologických dat; zobrazení objemových dat; zobrazení volumetrických dat

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/53993

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-236850


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses