2025-06-01
00:03 |
Regulace exprese HOX genů v hematopoéze a leukemogenezi
Rejlová, Kateřina ; Starková, Júlia (vedoucí práce) ; Machová Poláková, Kateřina (oponent) ; Fišerová, Jindřiška (oponent)
Exprese homeoboxových (HOX) genů je během hematopoézy přísně regulována a v průběhu diferenciace hematopoetických buněk dochází postupně k jejímu snižování. Naopak u leukemických buněk je exprese těchto genů velmi často narušena. U akutní myeloidní leukémie (AML) byla popsána rozdílná exprese HOX genů mezi jednotlivými subtypy definovanými dle cytogenetického a molekulárně-genetického vyšetření. V naší práci byla pomocí metody nesupervidovaného hierarchického klastrování podle hladiny exprese HOX genů rozdělena kohorta dětských pacientů s AML do 5 klastrů, které jsou charakterizovány přítomností nebo absencí typických molekulárních aberací. Zároveň byla vyšetřena exprese HOX genů ve zdravých populacích hematopoetických buněk, které odpovídají jednotlivým morfologickým stádiím leukemických buněk. Na základě výsledků lze konstatovat, že exprese HOX genů nekopíruje pouze vývojové/morfologické stádium, ve kterém byla leukemická buňka zastavena v průběhu maligního zvratu, ale změněná hladina HOX genů se přímo nebo nepřímo podílí na procesu leukemogeneze. Prokázali jsme, že hladina exprese HOX genů je také závislá na přítomnosti molekulárních aberací. Pro další studium jsme si vybrali AML pacienty s fúzním genem PML-RARa, kteří mají celkově nejnižší expresi HOX genů. Zajímala nás regulace exprese HOX...
Detailed record
|
2025-06-01
00:03 |
Identifikace prognostických ukazatelů pro imunoterapii karcinomu ovaria
Quaiserová, Lenka ; Palich Fučíková, Jitka (vedoucí práce) ; Říhová, Blanka (oponent) ; Reiniš, Milan (oponent)
Karcinom ovaria patří mezi gynekologické malignity s nejhorší prognózou, která vyplývá z pozdní diagnózy onemocnění a omezených terapeutických možností. Přes nesporný pokrok v chirurgické a chemoterapeutické léčbě je mortalita tohoto nádorového onemocnění stálé vysoká. Z tohoto důvodu se řada preklinických i klinických studií zabývá identifikací nových léčebných postupů včetně imunoterapie a charakterizací nových prognostických a prediktivních ukazatelů, které by pomohly určit vývoj klinického stavu pacientek či jejich odpověď na léčbu. Cílem této práce byla charakterizace imunitního infiltrátu nádorového mikroprostředí (TME, z angl. tumor microenvironment) high-grade serózního karcinomu ovaria (HGSC, z angl. high-grade serous carcinoma) a stanovení jeho případné prognostické role v léčbě pacientek. Z našich výsledků vyplývá, že přítomnost aktivovaných DC-LAMP+ dendritických buněk v TME je asociováno s indukcí protinádorové Th1 (z angl. T helper type 1) imunitní odpovědi s významnou cytotoxickou aktivitou CD8+ T lymfocytů (CTL, z angl. cytotoxic T lymphocyte). Výsledná efektorová aktivita přítomných CTL není oproti očekávání blokována přítomností inhibičních molekul PD-L1 (z angl. programmed death-ligand 1), PD- 1 (z angl. programmed cell death 1), CTLA-4 (z angl. cytotoxic T-lymphocyte-associated...
Detailed record
|
2025-06-01
00:03 |
Dysregulace imunitního systému u pacientů s běžným variabilním imunodeficitem
Milota, Tomáš ; Horváth, Rudolf (vedoucí práce) ; Stříž, Ilja (oponent) ; Freiberger, Tomáš (oponent)
Tato disertační práce je koncipována jako soubor experimentálních prací publikovaných v rámci projektů řešených na Ústavu imunologie 2. lékařské fakulty Univerzity Karlovy. Společným jmenovatelem zahrnutých prací je bazální a aplikovaný výzkum primárních imunodeficitů (PID) se zaměřením na běžný variabilní imunodeficit (CVID). První, teoretická část je rozdělena do dvou sekcí. První sekce je věnována obecné charakteristice PID protilátkového typu. Druhá sekce se zaměřuje na CVID se zaměřením na epidemiologické, etiopatogenetické, klasifikační, klinické a terapeutické aspekty onemocnění. Pozornost je věnována zejména neinfekčním komplikacím, které se významně podílejí na celkové mortalitě a morbiditě pacientů. Druhou část disertační práce tvoří soubor vlastních publikovaných prací, které se věnujíidentifikaci konkrétních mechanismů dysregulace imunitního systému a jejich klinickýmprojevům u CVID a jsou opatřeny stručným komentářem. Spektrum publikovaných prací se dotýká čtyř základních studovaných aspektů CVID: 1) charakteru plicních komplikací, především z pohledu bronchiálního astmatu, 2) charakteru asociovaných malignit, 3) významu genetického pozadí a jeho vztahu ke specifické terapii, 4) terapii se zaměřením na imunoglobulinovou substituci. Experimentální práce, které do koncepce disertační...
Detailed record
|
2025-06-01
00:03 |
Development of extracellular-matrix scaffolds for CNS repair
Výborný, Karel ; Kubinová, Šárka (vedoucí práce) ; Hampl, Aleš (oponent) ; Vandrovcová, Marta (oponent)
Výborný, Karel. Vývoj materiálů na bázi extracelulární matrix pro léčbu centrálního nervového systému. [Development of extracellular-matrix scaffolds for CNS repair]. Praha, 2020. 105 stran, 3 přílohy. Dizertační práce (Ph.D.). Univerzita Karlova, 2. lékařská fakulta, Ústav experimentální medicíny, AV ČR v.v.i. Abstrakt Poranění mozku a míchy jsou vážná onemocnění a navzdory intenzivnímu výzkumu stále neexistuje účinná léčba. Jednou ze studovaných možností reparace poškozené tkáně je použití biomateriálů. Cílem této dizertační práce byla příprava, charakterizace a studium výzkum léčebného a neurotrofního efektu hydrogelů na bázi extracelulární matrix (ECM) připravených decelularizací tkání různého původu (prasečí mozek, mícha, močový měchýř, lidský pupečník) na rekonstrukci poškozené nervové tkáně mozku a míchy u laboratorního potkana. ECM hydrogely byly charakterizovány z hlediska mechanických a reologických vlastností, struktury a složení, buněčné adheze, migrace a proliferace. Na modelu míšní hemisekce jsme srovnávali regenerační efekt ECM hydrogelů připravených z prasečího močového měchýře a prasečí míchy. V této studii jsme neprokázali žádné tkáňově specifické výhody ECM hydrogelu neurálního původu z hlediska neurotrofních vlastností in vitro a in vivo. Přestože je degradace ECM hydrogelu žádoucí z...
Detailed record
|
2025-06-01
00:03 |
Zpracování dat z vysokokapacitního DNA sekvenování pro studium variability genomu a transkriptomu.
Vojta, Petr ; Hajdúch, Marián (vedoucí práce) ; Budinská, Eva (oponent) ; Mokrejš, Martin (oponent)
Procesy analýzy dat z masivního paralelního sekvenování (MPS) jsou často náročné na výkon výpočetní infrastruktury a dobu počítání. Existuje tedy potřeba automatizace a paralelizace jednotlivých úloh na výkonných počítačových klastrech (HPC). V první kapitole představujeme nově vytvořenou platformu určenou pro resekvenační analýzu MPS dat-MOLDIMED a nový anotační nástroj, který je určen k nasazení na HPC. Druhá kapitola popisuje použití MPS v případě Diamond-Blackfanovy anémie (DBA), které je zapříčiněno mutacemi v genech ribozomálních proteinů (RP). Přes známou molekulární patologii, zhruba 25 % případů DBA zůstává neobjasněno na molekulární úrovni. U pacientky s neznámou příčinou DBA jsme provedli RP panelové sekvenování a popsali jsme novou nesynonymní mutacikódující RPS7 p.V134F. Mutace byla následně potvrzena i u dvou asymptomatických rodinných příslušníků, u kterých následně byla potvrzena slabá anémie. Dále jsme provedli komparativní transkriptomovou analýzu všech nositelů RPS7 mutace ve srovnání se zdravým kontrolním souborem a DBA pacientů se známou mutací v RPS19, kde byla sledována dysregulace signálních drah především v procesech translace, rRNA procesování, regulace buněčného cyklu a imunitního systému. Třetí kapitola představuje transkriptomovou studii transgenních odrůd ječmene s...
Detailed record
|
2025-06-01
00:03 |
Mechanické a morfologické vlastnosti lidských chlopenních štěpů v závislosti na délce kryoprezervace
Fiala, Radovan ; Burkert, Jan (vedoucí práce) ; Dominik, Jan (oponent) ; Rosenberg, Josef (oponent)
Cíle: Jedním ze způsobů náhrady semilunárních chlopní je transplantace lidských alograftů srdečních chlopní (ASCH). Aortální a pulmonální ASCH jsou skladovány v kryobance chlopenních štěpů. Exspirační doba kryoprezervovaných chlopenních štěpů byla arbitrárně stanovena na 5 let. Cílem dizertační práce bylo ověření hypotézy, že ASCH ani po 5 letech skladování v tekutém dusíku neztrácejí své příznivé mechanické a strukturální vlastnosti. Materiál a metody: Z celkového počtu 64 lidských ASCH (31 aortálních a 33 pulmonálních) různé délky kryoprezervace (čerstvých, do 5 let, 5-10 let a více než 10 let) byly odebrány vzorky tepenné stěny, cípů, ventrikulo-arteriální junkce a arteriálních ringů. Všechny vzorky byly podrobeny mechanickému testování na trakčním stroji, dokud nedošlo k narušení jejich integrity. Histologické zpracování hodnotilo podíl kolagenu a elastinu ve vzorcích přilehlé tkáně. Získané hodnoty prošly statistickým zpracováním. Výsledky: U aortálních ASCH nedošlo k významným změnám schopnosti deformovat se při působení tahu ani při kryoprezervaci ani v průběhu 10letého skladování v tekutém dusíku. Síla nutná k natržení aortální stěny nebo cípu, byla ve všech skupinách kryoprezervovaných vzorků do 10 let skladování podobná. V případě pulmonálních ASCH byla u vzorků stěn ve skupině s délkou...
Detailed record
|
2025-06-01
00:03 |
Poškození prostorové kognice jako časný markerneurodegenerativních onemocnění
Mokrišová, Ivana ; Hort, Jakub (vedoucí práce) ; Stuchlík, Aleš (oponent) ; Vymazal, Josef (oponent)
Stárnutí populace a s tím spojená stoupající incidence neurodegenerativních onemocnění především Alzheimerovy nemoci (AN), jsou závažným socioekonomickým problémem. V posledních letech jsou předmětem zájmu především časné markery onemocnění a identifikace pacientů v prodromálních stádiích - mírné kognitivní poruchy a preklinických stádiích - subjektivního kognitivního poklesu, kteří jsou v riziku rozvoje AN, ale jejich aktivity denního života jsou stále zachovány. Předkládaná práce přináší základní přehled současného poznání a rozšiřuje známé poznatky v této oblasti se zaměřením především na časné markery. Hlavním tématem práce je prostorová navigace, především její allocentrická složka a integrace dráhy. Vyšetření prostorové navigace může sloužit jako vhodný diagnostický nástroj, který je použitelný i v širší klinické praxi, k monitorování průběhu onemocnění i k hodnocení efektu léčiv. Dále zde prezentujeme i další experimentální testy (dotazníky prostorové navigace a testy vizuální percepce), které mají dostatečnou senzitivitu a specificitu pro identifikaci rizikových pacientů.
Detailed record
|
2025-06-01
00:03 |
Tumor-infiltrating T cells and their role in adoptive cell immunotherapy of cancer
Střížová, Zuzana ; Smrž, Daniel (vedoucí práce) ; Vannucci, Luca Ernesto (oponent) ; Posová, Helena (oponent)
Protinádorová imunoterapie se stala jednou z hlavních terapeutických možností v léčbě metastatických onemocnění. Přestože tato terapie změnila dlouho zavedená terapeutická schémata a zvýšila přežívání onkologických pacientů, část pacientů s nádorovými chorobami stále neodpovídá na tuto léčbu. V našich studiích jsme se pokusili zachytit hlavní příčiny rezistence pacientů k protinádorové imunoterapii. Systematicky jsme definovali hlavní limitace adoptivního buněčného transferu. Zaměřili jsme se na dva klíčové mechanismy, zodpovědné za rezistenci nádoru k imunoterapii. Těmito mechanismy je jednak snížená schopnost adoptivně přenesených imunitních buněk prostoupit do prostředí tuhého nádoru, a jednak apoptóza (buněčná smrt) imunitních buněk v nádorovém mikroprostředí spouštěná prostřednictvím receptorů smrti. V našich experimentech jsme hledali terapeutické cíle a buněčné populace, které by mohly skrývat potenciál pro cílenou intervenci v oblasti rezistence k protinádorové imunoterapii. Z našich dat vyplývá, že imunitní buňky paratumorální tkáně skrývají tento potenciál a přinášejí nové možnosti implementace protinádorové imunoterapie do léčebných algoritmů maligních onemocnění.
Detailed record
|
2025-06-01
00:03 |
Patobiochemie inhibinu A a jeho využití v prenatálním screeningu vrozených vývojových vad
Loucký, Jaroslav ; Průša, Richard (vedoucí práce) ; Procházka, Martin (oponent) ; Matouš-Malbohan, Ivan (oponent)
Cíle: Prenatální testování je v současné době založeno na provádění ultrazvukového vyšetřování, stanovení některých biochemických látek a nejnověji také na analýze fragmentů mimobuněčné DNA plodu v krvi matky. Cílem práce bylo ověření, zda stanovení inhibinu A u těhotných žen může přispět ke zpřesnění výsledků prenatálního screeningu (stanovení rizik) Downova syndromu a tím také ke snížení počtu zbytečně prováděných invazivních zákroků, případně k lepší stratifikaci rizik při rozhodování o využití neinvazivního DNA testování. Metodika: Koncentrace inhibinu A byly měřeny pomocí paramagnetické částicové chemiluminiscenční imunoanalýzy na systému Access, Beckman Coulter. Vyhodnocení rizik screeningu bylo provedeno pomocí systému Alpha, LMS. Byly porovnávány výsledky ve dvou skupinách screeningových testů, triple testu a integrovaného testu. V prvním případě byla rizika v těchto dvou skupinách stanovena bez inhibinu A, a zahrnovala pouze výsledky s vysokým rizikem. Následně byly do screeningových protokolů zahrnuty výsledky inhibinu A a stávající rizika byla revidována. Výsledky: První skupina screeningových testů (triple test) zahrnovala celkem 277 těhotných žen. Druhá skupina (integrovaný test) zahrnovala 91 těhotných žen. Výsledná rizika u těhotných byla bez stanovení inhibinu A vyšší nebo rovna...
Detailed record
|
2025-06-01
00:03 |
Structural basis of G-quadruplex biochemical specificity
Sgallová, Ráchel ; Curtis, Edward Arthur (vedoucí práce) ; Trantírek, Lukáš (oponent) ; Stadlbauer, Petr (oponent)
Název práce: Strukturní podstata biochemické specificity G-kvadruplexů Autor: Ráchel Sgallová Katedra: Katedra fyziky nízkých teplot Školitel: Edward Arthur Curtis, Ph.D., Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i. Abstrakt: G-kvadruplexy jsou nekanonické struktury nukleových kyselin tvořené navrstvenými guaninovými tetrádami. Navzdory jejich funkční a strukturní di- verzitě jsou obvykle sekvence s potenciálem tvořit G-kvadruplexovou strukturu popisovány jedinou konsensus sekvencí. Cílem našeho výzkumu je vývoj speci- fičtějších sekvenčních modelů pro G-kvadruplexy. V předchozích pracích jsme funkčně charakterizovali každou sekvenci z knihovny 496 variant monomerického referenčního G-kvadruplexu pro jejich schopnost vázat GTP, katalyzovat mode- lovou peroxidázovou reakci, generovat fluorescenci a formovat multimery. V této práci jsme tyto výsledky statisticky analyzovali pomocí PCA a identifikovali něk- terá spojení mezi primární sekvencí a biochemickou funkcí. Dále jsme použili NMR k získání širokého přehledu o strukturních vlastnostech této knihovny. Po změření 1 H NMR spekter všech 496 sekvencí jsme je roztřídili do tříd, většinu z nichž lze vysvětlit na základě mutačních vzorů v primární sekvenci. Detailnější screen vybraných reprezentativních sekvencí poskytl další informace o spektrál- ních...
Detailed record
|
|
|
|
guest ::
